World Community Grid – Mises à jour importantes
- Détails
- Catégorie parente: Actualités
- Créé le jeudi 13 juin 2013 14:19
- Mis à jour le jeudi 13 juin 2013 14:22
- Publié le jeudi 13 juin 2013 14:19
- Écrit par Jerome Cadet
- Affichages : 78
(traduit de https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=302 par Zerzi... heu non, Zerizno)
Résumé
Grace à des siècles de temps d’ordinateurs offerts, des volontaires ont terminé les calculs sur plusieurs projets de recherche populaires. Merci! Mais il y a encore du travail, ainsi que de nouveaux projets et de nouvelles fonctionnalités devant nous!
World Community Grid prouve son intérêt
Au début de l’année, il y avait onze projets tournant sur WCG: un record. Grace aux heures, mois et années données par des volontaires comme vous, plusieurs projets ont complété leurs calculs sur la Grille :
- Le projet Help Conquer Cancer s’est terminé en Mai, environ deux ans et demi avant ce qui était prévu. L’ajout des calculs par GPU a permis cette accélération, et les chercheurs de l’Institut sur le Cancer d’Ontario) scrutent déjà les données brutes fournies par WCG. Nous attendons leurs publications au sujet de découvertes excitantes et utiles dans les mois qui viennent.
- Le projet Help Cure Muscular Dystrophy – Phase 2 a été en phase de validation ces derniers mois, et cette partie est maintenant terminée. Les chercheurs ont reçu les derniers résultats et peuvent maintenant commencer leur analyse.
- Discovering Dengue Drugs Together – Phase 2 a eu un succès d’un autre genre. Les chercheurs ont découvert que la méthode de calcul utilisée pendant la dernière phase du projet ne permettait pas de sélectionner les meilleurs médicaments candidats de manière fiable. Ils ont décidé de suspendre le projet le temps de corriger leur technique. Ils sont cependant en train de tester certains composés identifiés durant la première phase de sélection des médicaments. Bien que ce genre d’incident paraisse frustrant, c’est une partie essentielle de l’avancée de la recherche scientifique et du calcul distribué en particulier.
De plus, deux nouveaux projets, Human Proteome Folding- Phase 2 et Go Fight Against Malaria, seront terminés dans les prochaines semaines. Chacun de ces projets a généré des données précieuses durant leur exécution sur WCG. Pour Go Fight Againt Malaria, alors que la première phase de la recherche est terminée, les chercheurs espèrent démarrer une seconde phase dans le futur. Le projet Human Proteome Folding est une initiative plus importante qui doit s’arrêter du fait de coupures budgétaires. Cependant, grâce à WCG, les chercheurs ont amassé une grande quantité de données – données qui ont été rendues publiques et qui sont déjà utilisées par la communauté scientifique.
Lire la suite : World Community Grid – Mises à jour importantes
FightMalaria@Home : premier succès
- Détails
- Catégorie parente: Actualités
- Créé le vendredi 17 mai 2013 12:10
- Mis à jour le vendredi 17 mai 2013 12:10
- Publié le vendredi 17 mai 2013 12:10
- Écrit par Polynésia/JerômeC (trad)
- Affichages : 228
Bonjour à tous,
Les administrateurs du projet annoncent leurs premiers grands succès. Après avoir analysé les données générées dans la première phase (calcul des points d'arrimage des 400 composés MalariaBox avec tous les modèles), ils ont classé les listes des inhibiteurs potentiels pour chaque récepteur.
Mais sont-ils bien réels ? C'est le genre de question qu'ils les empêchent de dormir la nuit, apparemment...
Mais maintenant ils peuvent dormir tranquilles - car ils ont testé les 20 meilleurs candidats en utilisant un modèle de la forme plasmodiale des HDAC (histone déacétylase) dans un laboratoire (Dr Marian Brennan, RCSI, Dublin), et trois nouveaux inhibiteurs ont été trouvés ! Il ne s'agit que de l'un des 1500 récepteurs où ils cherchent les points d'arrimage, en utilisant que les meilleurs résultats d'accueil (CAD seulement les 20 meilleurs ligands).
C'est un résultat fantastique, qu'ils leur donnent de l'espoir que d'autres joyaux n'attendent plus que d'être trouvés dans les données que nous avons générées sur nos ordis !
Bravo à tous!!
PS Ils sont en train d'écrire un manuscrit pour être publié dans une revue à accès ouvert, de sorte que nous soyons en mesure de lire plus en détail et télécharger toutes les données générées à partir de FM@H, une fois qu'ils auront survécu au processus d'examen par les pairs.
Pentathlon 2013
- Détails
- Catégorie parente: Les Infos
- Créé le jeudi 2 mai 2013 09:54
- Mis à jour le jeudi 2 mai 2013 10:04
- Publié le jeudi 2 mai 2013 09:54
- Écrit par Christian
- Affichages : 262
Bonjour à vous, chères et chers membres de l'Alliance Francophone,
Comme chaque année, en ce début du mois de mai, Seti Germany nous invite à un challenge de 2 semaines, où les équipes participantes vont tenter de gagner des médailles comme lors des jeux olympiques.
Cela commençera le 5 mai 2013 2h00(00:00 UTC) et finira le 19 mai 2013 1h59(18 mai 2013 23:59 UTC).
Comme dans la Grèce antique, le Pentathlon sera composé de cinq "disciplines". Celà signifie que les participants devront cruncher durant les 14 jours sur 5 projets différents, 4 pour une période de 5 jours et la dernière discipline fera office de marathon. Cela signifie que durant les deux semaines à venir, il y aura un projet de fond, qui permettra à celles et ceux qui le souhaitent de ne pas changer chaque cinq jours de discipline.
Pour la discipline marathon (5 mai au 18 mai), le projet vient d'être annoncé, il s'agira de SIMAP
url pour se rattacher: http://boincsimap.org/boincsimap/
rejoindre l'Alliance Francophone sur ce projet: http://boincsimap.org/boincsimap/team_display.php?teamid=37
Petit résumé de l'utilité du projet:
"SIMAP est une base de données des sequences similaires de protéines. Cette base de données contient toutes les proteines actuellement publiées et est continuellement mise à jour. Les séquences similaires de protéines sont calculées en utilisant l'algorithme de FASTA qui fournit une vitesse et une sensibilité optimale. SIMAP est à notre connaissance le seul projet qui combine une assurance complète en ce qui concerne toutes les protéines connues et où il est possible d'accroître la base de données par mise à jour."
Projet numéro 2:
Du 7 mai 2013 (00h00 UTC) au 12 mai 2013(00h00 UTC)
WCG----> sous-projet
The Clean Energy Project – Phase 2
url pour s'attacher: http://www.worldcommunitygrid.org/
http://www.worldcommunitygrid.org/research/cep2/overview.do
Les années précédentes, notre équipe a toujours eu beaucoup de difficultés à s'immiscer dans les premières positions.
En effet, changer très vite de projet est peut-être fort difficile pour une bonne partie de nos membres.
Ce n'est pas grave, si vous ressentez le besoin d'être aidé pour faire ces modifications, nous sommes là sur le forum pour vous soutenir. La centaine de membres réguliers est disponible, accueillante et toujours heureuse de vous donner des conseils. N'hésitez pas à nous rejoindre.
Pour tous les membres de l'Alliance Francophone voulant jouer ce Pentathlon sur les cinq disciplines, vous trouverez bientôt les autres projets et toutes les informations utiles sur notre portail (http://boinc-af.org) et sur notre forum (http://forum.boinc-af.org)
Le topic du Pentathlon se situe ici: topic pentathlon 2013
En espérant, vous retrouver nombreuses et nombreux, l'équipe de L'Alliance francophone vous envoie ses meilleures salutations printanières.
A bientôt,
L'Alliance Francophone
Rejoindre Ibercivis et aider avec le projet Bindsurf
- Détails
- Catégorie parente: Actualités
- Créé le jeudi 16 mai 2013 19:56
- Mis à jour le jeudi 16 mai 2013 20:48
- Publié le jeudi 16 mai 2013 19:56
- Écrit par Jerome Cadet
- Affichages : 153
Rejoindre Ibercivis et aider avec le projet Bindsurf [Linux / CUDA uniquement pour le moment]
En quoi cela consiste ?
Les méthodes de criblage virtuel (CV) peuvent aider grandement dans le processus de découverte de nouveaux médicaments et la recherche clinique, en prédisant comment les ligands interagissent avec des cibles thérapeutiques déterminées. La plupart des méthodes CV présupposent un seul site de liaison avec la protéine, qui est normalement déduite de l'interprétation des informations cristallographiques disponibles sur la protéine. Toutefois, il a été démontré que cette affirmation est inexacte et que, dans de nombreux cas différents ligands interagissent avec différentes parties de la protéine, et la plupart des méthodes existantes de CV, y compris commerciale, ne tiennent pas compte de cet effet.
Pour résoudre ce problème nous avons développé BINDSURF, une nouvelle méthodologie de CV qui analyse en détail la surface de la protéine pour trouver des zones d'interaction potentielles où les ligand pourraient interagir, et qui a été conçue et mise en œuvre pour du matériel massivement parallèle comme le GPU, ce qui permet de traiter rapidement et efficacement de grandes bibliothèques de ligands.
Les prédictions obtenues avec BINDSURF permettent en plus de diriger leur application ultérieure à d'autres méthodes de CV sur des zones de la protéine déjà caractérisées par cette méthode, et donc son utilisation contribue à la découverte et la conception de médicaments, au repositionnement de molécules et à la recherche clinique.
Lire la suite : Rejoindre Ibercivis et aider avec le projet Bindsurf
Nouvelle version de boinc
- Détails
- Catégorie parente: Les Infos
- Créé le mercredi 24 avril 2013 13:29
- Mis à jour le jeudi 25 avril 2013 20:30
- Publié le mercredi 24 avril 2013 13:29
- Écrit par Pascal94/JeromeC/Modesti/Polynésia
- Affichages : 547
BOINC 7.0 est maintenant disponible pour le public. Cette version inclut de nombreuses corrections de bugs et de nouvelles fonctionnalités.
L'équipe de développement tient à remercier tous les testeurs et toutes les personnes qui ont apporté leur soutien au travers des divers projets existants pour leurs efforts inlassables afin de faire de BOINC le meilleur produit possible.
Voici les apports principaux de cette version:
* support des GPU Intel
* Amélioration du planificateur de tâches du client boinc et des stratégies de récupération d'unités de travail
