Les derniers calculs de la première phase du projet

Les dernières unités de la première phase de calcul s'intéressaient à la leishmaniose. Ce travail est réalisé en collaboration avec des scientifiques de l'université d'Antioquia (Colombie). La leishmaniose affecte 12 millions d'habitants des régions tropicales, subtropicales et du Sud de L'Europe. Chaque année, on recense deux millions de nouveaux cas. La maladie est transmise par la piqûre de certaines espèces de phlébotomes parasités par la leishmania. Même si il existe quelques médicaments pour traiter certaines formes de la maladie, de nombreuses questions se posent sur leur efficacité voire même sur leurs effets négatifs (le parasite devient résistant à ces médicaments) et les scientifiques s'interrogent sur la manière de les administrer. Il est donc utile de découvrir de nouvelles molécules pour élargir la palette des traitements. Les scientifiques colombiens ont identifié plusieurs enzymes indispensables à la survie du parasite. Les 3 millions de molécules "drug like" de la base de données initiale ont donc été confrontées à ces enzymes pour isoler les molécules qui empêchent le fonctionnement de l'enzyme.

La seconde phase du projet permettra de réduire le pourcentage de faux positifs pour ne pas avoir à les tester en laboratoire. Voici comment les calculs vont se dérouler :

- Sélectionner plusieurs milliers de molécules sur la base des calculs effectués lors de la première phase (les meilleurs "hits").
- Calculer l'énergie libre de chacune de ces molécules.
- Eliminer la plupart des faux positifs.

La seconde phase devrait produire une nouvelle base de données qui renfermera environ 80% de "vrais positifs" (et donc 20% de "faux positifs"). Ainsi, les tests en laboratoire seront beaucoup plus productifs et efficients que si ils avaient été effectués en sortie de la première phase de calcul. Par exemple, pour découvrir en laboratoire 25 petites molécules qui arrêtent la réplication du virus de la dengue, les scientifiques auraient dû synthétiser et tester 250 à 500 molécules issues de la base de données actuelle (la base de données obtenue suite aux calculs de la première phase). Grâce aux calculs de la seconde phase, ils n'auront besoin que de 30 molécules pour obtenir le même résultat. Les calculs de la seconde phase permettent donc d'augmenter nos chances de découvrir le bon médicament (la probabilité passera de 10 à 80%)

L'alpha test de la seconde phase du projet devrait commencer tout prochainement. Le programme Autodock était utilisé lors de la première phase, la seconde phase utilisera le programme CHARMM. Le programme est actuellement optimisé par les informaticiens du Texas Advanced Computing Center (TACC) à Austin. Cette phase consistera à calculer la dynamique moléculaire des petites molécules confrontées à différentes protéases des virus afin de calculer les énergies libres de liaison et d'isoler les molécules les plus prometteuses.

En terme de calcul à effectuer, la seconde phase du projet devrait représenter le quart de la première phase. On peut donc estimer que le projet "Ensemble, découvrons un médicament contre la dengue" sera terminé avant Novembre 2009.


3 autres projets ou phases de calcul devraient se terminer en 2009 :
Fin de la série S5R5 sur Einstein@home : Septembre 2009 (source)
Fin de la première phase du projet "Energie propre" : Octobre 2009 (source)
Fin du projet Enigma@home : Novembre 2009 (source)

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