Les Projets BOINC
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Le projet Lattice (la grille multi-projets de l'Université du Maryland) vient d'ajouter une option très utile qui permet de choisir le sous-projet que l'on désire soutenir.
Pour avoir accès à cette option, il faut se rendre sur son compte à la rubrique Préférences utilisateurs. Puis appuyer sur Edit The Lattice Project preferences pour faire son choix.
Il est possible de choisir parmi 3 applications, bien que pour le moment seul le projet GARLI distribue du travail.
- GARLI : Recherches heuristiques sur la phylogénétique en utilisant un modèle de substitution des nucléotides basé sur le GTR (Temps Général Réversible) à l'aide d'une distribution gamma des taux d'hétérogénéités et de sites invariants.
- HMMPfam : Calcul des domaines Pfam (Pfam est une collection d'alignements multiples de séquences peptidiques construits de façon semi-automatique en utilisant des modèles de Markov cachés (HMMs) ). C'est exactement le même travail qui a été réalisé sur Simap.
- MARXAN : Ce programme est utile pour sélectionner une réserve naturelle lorsque l'on dispose d'un grand nombre de sites possibles qui pourraient satisfaire certains critères écologiques, sociaux et économiques. Le projet MARXAN, mené en collaboration entre l'Université du Maryland, le WWF, et l'institut national sud-africain de la biodiversité, a pour but d'étudier l'impact du choix des réserves naturelles lorsque l'on dispose de données de mauvaises qualités ou incomplètes concernant les différentes espèces locales à sauvegarder.
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Traduction de la page Research Projects. Actuellement, c'est l'application GARLI qui est utilisée sur la grille Lattice. Il faut un minimum de 1 Go de mémoire vive pour pouvoir y participer : l'application GARLI peut utiliser jusqu'à 384 Mo.
Au cours de ces dernières années, nous avons convié le corps enseignant, les post-doctorants, et les étudiants du premier cycle de l'université du Maryland à se servir du projet Lattice pour leurs projets de recherche.
Le travail avec différents chercheurs, notamment le fait de les aider à organiser et soumettre leurs travaux, écouter leurs impressions, nous a poussé à améliorer constamment le système et nous a démontré que davantage de travail était nécessaire. Dans l'ensemble, le contenu des projets que nous avons décidé de soutenir est extrêmement diversifié. The Lattice Project est cité dans un certain nombre de publications résultant de ces recherches. Ci-dessous, sont fournies des informations relatives aux calculs effectués sur Lattice, les applications utilisées pour ces calculs, et les projets spécifiques.
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Lire la suite : Les projets de recherche sur la grille Lattice
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- Écrit par : pas93
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Cette semaine la nouvelle application Spinhenge pour Linux a été mise en ligne, elle est toujours en phase de test. Toutes les personnes qui voudraient la tester sont invitées à le faire. La seule difficulté qui empêche cette application d'être stable à 100% est un problème dû au nouvel économiseur d'écran. La première image pose encore des problèmes, même si c'est sur le point d'être résolu. Dans le même temps, la version Windows reste elle aussi en phase de test, en vue d'effectuer une comparaison directe pour mettre en oeuvre une optimisation.
Si vous voulez tester sur cette nouvelle application, il faudra activer l'option se trouvant sur votre compte ( Edit Spinhenge@home preferences - Run test applications? yes)
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BOINC : Une séance d'une journée (le jeudi 15 novembre) sera consacrée à BOINC lors du rassemblement
Advanced Computing and GRID technologies for Research (Technologies des Grilles Informatiques et du Calcul haute performance pour la Recherche) organisé par l'École
Do-Son qui se tiendra du 5 au 16 Novembre à l'institut des technologies de l'information de Hanoï (Viêt Nam). Ce rassemblement organisé en partenariat avec le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) et l'Académie des
Sciences et Technologies du Viêt Nam a pour but de former des étudiants et de jeunes chercheurs venus de tout le continent asiatique aux toutes nouvelles innovations ayant trait aux technologies des grilles informatiques. Toutes les séances sont organisées en langue anglaise avec des experts venus d'Asie ou d'Europe.
À noter également la participation de l'INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et Automatique) du ministère français des affaires étrangères et européennes et de la grille européenne de calcul EGEE (Enabling Grid for E-sciencE)
PS3GRID : les premiers résultats du projet ont été présentés lors du colloque "Ionic Transport : from Nanopores to Biological Channels" (transport ionique : des nanopores aux circuits biologiques) qui s'est tenu du 20 au 22 septembre au CECAM (Centre Européen de Calcul Atomique et Moléculaire) à Lyon (France)
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- Écrit par : Heyoka
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Introduction au Repliement des Protéines et à la Simulation Moléculaire
Ce document powerpoint (673 Ko) présente en 3 sections les fondements et les objectifs de la recherche effectuée sur le projet Tanpaku :
Le repliement des protéines, la dynamique moléculaire et la dynamique brownienne.
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- Écrit par : pas93
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La nouvelle application GARLI est enfin arrivée ! Une version native de l'application pour Windows et Linux a été distribuée en guise de test. Si tout va bien, une application pour Mac OS X (Intel et Power PC) devrait suivre juste après. Si vous rencontrez des problèmes avec cette nouvelle application (qui intègre des points de sauvegarde (checkpoint) toute les minutes), faites le savoir sur le forum du projet.
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