Une expérience familiale avec le Neuroblastome
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Septembre est le mois de la sensibilisation au cancer des enfants. Ce mois-ci est spécial pour nous en raison de notre succès avec le projet Help Fight Childhood Cancer, qui a aidé les chercheurs à trouver plusieurs traitements prometteurs pour le neuroblastome, un cancer mortel de la petite enfance. Dans cet article, un volontaire décrit l'expérience de sa famille après que sa jeune fille a été diagnostiqué avec un neuroblastome.
Plus de 200.000 volontaires du World Community Grid ont soutenu le projet Childhood Cancer Aide Fight, qui ont aidé les chercheurs à faire une veritable percée dans le traitement du neuroblastome, un des cancers infantiles les plus meurtriers. Ci-dessous, l'un de ces bénévoles, Mihaela Ciobanu, partage l'histoire de diagnostic et de traitement du neuroblastome de sa fille.
Cela a commencé il y a deux ans, quand ma fille Illinca (photo ci-dessus) avait un an et 10 mois. Elle a vomi à plusieurs reprises au cours du mois de juin, ce qui n'était pas normal pour elle. Nous savions qu'une intervention médicale serait nécessaire.
Le 21 Juillet 2014, nous avons amené Ilinca pour une échographie, et après cela, l'enfer a commencé. Le médecin nous a informés que Ilinca avait une tumeur sur sa glande surrénale droite (une glande qui aide à réguler le métabolisme et le système immunitaire). Illinca a alors eu scanner, mais on n'a pas eu encore un diagnostic écrit pour son état, bien que les médecins qui l'ont examiné nous ont dit verbalement qu'ils croyaient qu'il s'agissait d'un cancer et qu'elle aurait besoin d'une intervention chirurgicale le plus rapidement possible. Nous l'avons emmenée à un spécialiste à Bucarest, qui nous a dit que à cause de l'emplacement de sa tumeur (près de la veine cave, une grosse veine qui transporte le sang vers le cœur), il ne serait en mesure d'éliminer qu'environ 80% de l'excroissance.
Immédiatement, nous avons commencé à chercher des cliniques spécialisées en Europe qui seraient en mesure d'enlever la totalité de la tumeur. Nos amis et collègues nous ont soutenus tout au long de notre recherche, et nous ont aidé financièrement avec les coûts de traitement, un million de merci à eux! Après trois semaines de recherche, nous avons réussi à obtenir un rendez-vous pour Illinca à l'Institut Gustave Roussy à Paris. Nous y sommes arrivés le 11 août, et les médecins nous ont donné rapidement un diagnostic: neuroblastome, un cancer qui se forme sur le tissu nerveux et commence souvent dans la petite enfance.
L'opération a été fixée pour le août 25. Ilinca était à un mois de son deuxième anniversaire. Après une opération de quatre heures, le chirurgien, issu de l'hôpital Kremlin Bisetre à proximité, est sorti pour nous dire qu'il avait réussi à enlever toute la tumeur. Maintenant, nous avions besoin d'attendre les résultats de plusieurs tests. Si les résultats des tests étaient positifs, Illinca aurait besoin de commencer la chimiothérapie immédiatement. Si elles étaient négatives, nous pourrions la ramener chez nous, et elle aurait seulement besoin des échographies et des analyses d'urine périodiques.
Le 11 septembre, nous avons reçu les résultats du test: ils étaient négatifs et nous avons pu prendre notre fille à la maison! Ce fut la meilleure nouvelles que nous ayons jamais reçu dans notre vie !
Suite à cela, nous avons commencé à aller régulièrement pour des examens en France, d'abord tous les trois mois et maintenant, après deux ans, tous les six mois. Selon le médecin à l'Institut Gustave Roussy, Ilinca devra passer périodiquement des examens durant cinq ans après la chirurgie.
Ce qui a commencé comme une visite d'urgence chez le médecin pour un ventre fortement contrarié s'est transformé en quelques-uns des jours les plus difficiles de notre vie. Lorsque vous vous sentez que tous vos plans et vos espoirs s'effondrent, et vous vous rendez compte combien les difficultés de la vie sont cruelles, tout ce qui reste est de se battre. La vie ne demande jamais si vous êtes prêt à faire face à des problèmes. Vous ne choisissez pas vos batailles, et elles ne vous donnent pas de préavis avant de vous surprendre. Ne demandez pas s'il est trop tôt ou trop tard ... si vous obtenez une chance de vivre, vous atteignez une partie de vos rêves! La vie vous donne seulement une chance de survie, puis vous laisse vous débrouiller avec ça.
Ilinca va maintenant très très bien, et ce mois-ci, le 25 septembre, elle aura quatre ans.
Illinca vient de commencer l'école, elle en est à son deuxième jours!
Note de l'éditeur: les chercheurs de "Help Fight Childhood Cancer" commencent les tests de laboratoire pour les traitements potentiels découverts par le World Community Grid. Ils prévoient également une deuxième phase du projet, qui permettra d'élargir leur recherche pour inclure d'autres types de cancers infantiles.
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Les données du projet Help Stop Muscular Dystrophy Project utilisées pour examiner la fonction des protéines
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Récapitulatif
Le Dr. Alessandra Carbone, chercheur principal pour le projet "Help Stop Muscular Dystrophy" a récemment co-écrit un document qui utilise les données du World Community Grid pour faire la lumière sur la façon dont fonctionnent les protéines et interagissent les unes avec les autres.
Le Dr. Alessandra Carbone, qui dirige le projet HSMD, a récemment publié un document qui a utilisé les données du projet pour examiner la fonction des protéines et de l'interaction protéine-protéine.
Les protéines sont des molécules très importantes impliquées dans les processus biologiques et la machinerie des cellules. Leurs interactions entres elles et avec d'autres molécules déterminent et mettent en œuvre leurs fonctions. Ainsi, il est important de comprendre lorsqu'elles interagissent, et plus précisément la façon dont elles interagissent. La surface complexe des protéines comporte des schémas de charges électriques attractives et répulsives qui correspondent à un degré variable à des schémas opposés de charges sur d'autres surfaces de molécules. Comprendre lesquelles des nombreuses parties de la surface d'une protéine sont les plus responsables des réactions avec d'autres molécules et les protéines sont essentielles à la compréhension de leurs fonctions.
Le présent document en "accès ouvert" décrit les efforts et les techniques utiles pour identifier et classer les sites d'interaction de surface des protéines en utilisant les résultats calculés dans la phase un du projet Help Cure Muscular Dystrophy, qui a fonctionné sur le World Community Grid de Décembre 2006 à Juin de 2007 de chercheurs.
Information
Titre: Great interactions: Comment les partenaires de liaison incorrectes peuvent nous en apprendre sur la reconnaissance et la fonction des protéines
Auteurs: Lydie Vamparys, Laurent Benoist, Alessandra Carbone, Sophie Sacquin-Mora
La citation ci-dessus est issue de l'article. Pour une future étude, les chercheurs envisagent d'appliquer les outils d'analyse de cette expérience pour les résultats de la phase 2 du projet Help Cure Muscular Dystrophy.
Résumé des auteurs :
Les interactions protéine-protéine jouent un rôle clé dans la plupart des processus biologiques et la compréhension de leur mécanisme est un problème fondamental qui conduit à de nombreuses applications pratiques. La prédiction des sites de liaison de protéines, en particulier, est d'une importance primordiale car les protéines représentent désormais une grande classe de cibles thérapeutiques. Parmi les autres méthodes, simulations d'amarrage entre deux protéines connues pour interagir peuvent être un outil utile pour la prédiction des correctifs susceptibles de liaison sur une surface de la protéine. De l'analyse des interfaces protéiques générés par une expérience de cross-docking massif en utilisant les 168 protéines de la Docking Benchmark 2.0, où toutes les paires de protéines possibles, et pas seulement celles expérimentales, ont été amarré ensemble, nous montrons qu'il est également possible de prédire les résidus de liaison d'une protéine sans avoir aucune connaissance préalable concernant ses partenaires d'interaction potentiels. L'évaluation de la performance des prévisions de cross-docking en utilisant l'aire sous la spécificité-sensibilité courbe ROC (AUC) conduit à une valeur AUC de 0,77 pour l'indice de référence complet (par rapport à la valeur AUC 0,5 obtenu pour les prédictions aléatoires). En outre, une nouvelle analyse de la concentration effectuée sur les patchs de liaison qui sont dispersés sur la surface montrent des protéines que leur distribution et la croissance dépendront du groupe fonctionnel de la protéine. Enfin, dans plusieurs cas, les prédictions-site de liaison résultant des simulations de cross-docking vont conduire à l'identification d'une autre interface, ce qui correspond à l'interaction avec un partenaire biomoléculaire qui ne sont pas inclus dans l'indice de référence d'origine.
Source : http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=493
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Les chercheurs publient des résultats sur le potentiel de nouveaux traitements pour la leishmaniose
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Par: Dr. Carlos López Muskus
Coordinateur, biologie moléculaire et informatique Unité, Université PECET d'Antioquia
8 septembre 2016
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L'équipe de "Drug Search for Leishmaniasis" a récemment publié ses résultats dans le "Journal of Computer-Aided Molecular Design". En utilisant la puissance de calcul du World Community Grid, ils ont identifié plusieurs composés médicamenteux qui peuvent conduire à l'amélioration des traitements pour cette maladie négligée et parfois mortelle.
L'un des meilleurs ligands liés à la déshydrogénase dihydrorootate (DHODH) de la Leishmania major.
(a) la liaison prédite à l'intérieur de la structure cristalline
(b) Superposition des conformations du ligand prédit se lier à chacune des conformations de protéines extraites à partir DHODH la simulation MD
Contexte
La Leishmaniose, l'une des maladies tropicales les plus négligées dans le monde, infecte plus de deux millions de personnes chaque année. La maladie est provoquée par un parasite (genre Leishmania) qui est transmis entre les humains et les animaux femelles par phlébotomes. Le nombre de cas continue d'augmenter dans les pays tropicaux tels que le Bangladesh, l'Inde, le Soudan, l'Ethiopie, le Brésil, la Colombie, le Pérou et d'autres.
Les traitements existants pour la leishmaniose peut provoquer des effets secondaires graves. En outre, les parasites résistants aux médicaments sont à l'origine des problèmes majeurs dans de nombreux pays. Pour ces raisons, il y a un un besoin urgent de nouveaux composés médicamenteux anti-leishmaniose, sûrs et peu coûteux.
Aperçu
Dans notre article, nous décrivons en détail les étapes que nous avons prises pour identifier les cibles de médicaments protéiques, qui comprenait la projection de 600.000 molécules afin de déterminer ce qui pourrait conduire au développement de nouveaux traitements pour la maladie. Plus précisément, nous avons cherché des médicaments qui ciblent les protéines qui sont essentielles à la survie du parasite qui provoque la leishmaniose. En trouvant des molécules qui se lient à ces protéines, ils peuvent potentiellement être désactivées, arrêtant ainsi l'infection et permettant de guérir la maladie.
Le document décrit la façon dont certaines des cibles de protéines peuvent se plier et changer de forme, ce qui présente des difficultés à trouver de bonnes molécules candidates. Nous discutons de notre approche pour faire face à ces problèmes.
En utilisant les résultats calculés sur le World Community Grid, nous avons sélectionné les dix meilleurs candidats de médicaments pour les expériences de laboratoire, ce qui a donné des résultats très prometteurs. En particulier, l'un des composés semble être capable de tuer le parasite de la leishmaniose, sans affecter les cellules humaines in vitro. Trois autres composés ont également montré des résultats prometteurs.
Nous prévoyons maintenant de travailler à modifier les trois composés prometteurs médicamenteux identifiés pour améliorer leur efficacité, la solubilité et pour minimiser la toxicité. Nous allons également évaluer d'autres meilleurs candidats en fonction des fonds que nous pouvons soulever. En outre, nous développons une plate-forme de données ouvertes avec des résultats World Community Grid's afin que d'autres chercheurs puissent exploiter nos données pour détecter des cibles de médicaments supplémentaires ou des prospects.
Vous pouvez lire un résumé de l'article ici. Nous sommes reconnaissants à tous les bénévoles du World Community Grid qui ont rendu cette recherche possible en faisant don de leur puissance de calcul à ce projet.
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Le projet "Help Fight Childhood Cancer" cherche un remède pour un cancer particulier de l'enfance
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Le projet "Help Fight Childhood Cancer" cherche un remède pour un cancer particulier de l'enfance. Les chercheurs ont constaté que certains des composés prometteurs qu'ils ont identifiés montrent également une capacité d'antidépresseur.
Résumé
Les chercheurs du projet "Help Fight Childhood Cancer" ont publié un document sur les résultats fortuites qu'ils ont trouvé de la recherche candidat médicament course sur le World Community Grid. Le projet initialement recherché des composés candidats ciblant des protéines spécifiques pour aider à guérir un cancer du cerveau chez l'enfant appelé neuroblastome. Certaines des protéines ciblées sont également impliqués dans plusieurs troubles psychologiques. Ils ont découvert que certains des composés identifiés présentent une capacité d'antidépresseur. En outre, la recherche supplémentaire pourrait conduire à des traitements potentiels pour la maladie de Huntington et la maladie d'Alzheimer. Le document a été publié dans la revue Neurochemistry International.
Titre de la publication: Effets des nouveaux petits composés ciblant TrkB sur la survie des cellules neuronales et le comportement comme la dépression.
Auteurs: Mayu Fukuda, Atsushi Takotori, Yohko Nakamura, Akiko Suganami, Tyuji Hoshino, Yutaka Tamura, Akira Nakagawara
Résumé technique:
facteur neurotrophique dérivé du cerveau (BDNF) et son récepteur de haute affinité du récepteur tyrosine kinase B (TrkB) sont impliqués dans la survie des neurones, la maintenance, la différenciation et la plasticité synaptique.
La carence en BDNF a été signalé à être associée à des troubles psychologiques comme la dépression.
Par conséquent, nous avons examiné l'effet de prolifération des 11 composés candidats TrkB agonistique (qui lutte), TrkB exprimant SH-SY5Y, par l'intermédiaire d'une hypothèse que certains composés candidats identifiés dans notre précédente criblage in silico pour une petite molécule ciblant le domaine de liaison BDNF de TrkB doit activer la signalisation TrkB.
Dans la présente étude, deux composés prometteurs, 48 et 56, ont été identifiés et ensuite évalués pour leur capacité à induire la phosphorylation de TrkB in vitro et in vivo.
De même ceux observés dans le BDNF, les composés médian par la phosphorylation de TrkB a été bloquée par l'inhibiteur de Trk, K252a.
Depuis BDNF TrkB déficit de signalisation est associé à la pathogenèse de la dépression et la réactivation de cette signalisation par les antidépresseurs est une cause de la reprise pathogène de l’état, les composés ont été soumis à l'évaluation pour le test de la nage forcée, qui est un modèle de souris de la dépression.
Nous avons constaté que le composé 48 réduit considérablement le temps d'immobilité de la souris par rapport à l'injection du véhicule témoin, ce qui indique la confirmation de l'efficacité théorique de antidépressif de 48 composé in vivo.
Ainsi, notre étude a démontré que le composé 48, sélectionnés par criblage in silico, est un nouvel activateur de signalisation TrkB et aussi une molécule d'antidépresseur potentiel.
In silico ->https://fr.wikipedia.org/wiki/In_silico
Source : http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=483
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Comment le projet Human Proteome Folding continue à contribuer à la science
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- Écrit par : Modesti
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traduction pour l'AF par Modesti, relecture par Cocagne
29 juil. 2016
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Rich Bonneau, responsable technique du projet Human Proteome Folding, nous a récemment expliqué comment le projet a contribué à des avancées dans son travail, ainsi qu'à des avancées dans la compréhension de la structure et de la fonction des protéines. Cette mise à jour inclut une présentation de diapositives et un enregistrement audio de notre interview ainsi que des extraits écrits.
Le projet Human Proteome Folding (HPF) était la première étude mise en ligne sur le World Community Grid. Le Dr Rich Bonneau, qui a dirigé les deux phases du projet, nous a récemment expliqué comment les données et le code de ce projet continuent à aider à faire avancer les connaissances dans le domaine de la biologie des systèmes, y compris son implication actuelle dans des projets liés aux soins médicaux.
Vous pouvez visionner les diapositives avec l'intégralité de la bande audio de l'interview ci-dessous [en anglais]. Vous pouvez aussi lire des informations sur le contexte du projet et des extraits de l'interview en-dessous des diapositives.
Contexte
Tout ce qui se passe dans les cellules et dans le corps est contrôlé par la forme des protéines qui permet à certaines protéines de s'emboîter avec d'autres ou pas. Les protéines peuvent avoir des fonctions positives, comme aider à maintenir les cellules en bonne santé. Dans certains cas, des maladies peuvent empêcher les protéines d'exécuter leurs fonctions nécessaires pour de maintenir les cellules en bonne santé.
Connaître la forme des protéines aide les chercheurs à comprendre comment ces protéines réalisent les fonctions souhaitées. Les protéines d'un virus ou d'une bactérie, par exemple, peuvent avoir des formes particulières leur permettant de s'introduire à travers la membrane cellulaire et donc d'infecter les cellules.
Pour davantage de contexte sur les fonctions des protéines, vous pouvez lire cette description détaillée de Scitable par Nature Education.
Le projet Human Proteome Folding (HPF) s'est déroulé en deux phases. L'objectif de la première phase était de déterminer la structure des protéines afin de prédire leurs fonctions. L'objectif de la seconde phase était d'augmenter la résolution ou la précision des prédictions pour un ensemble de protéines humaines sélectionnées.
Bonneau Lab, 2016
Dr Rich Bonneau (debout, tout à fait à droite) et des membres de son laboratoire
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Présentation de l'avancement de Help Stop TB (WCG)
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- Écrit par : JeromeC
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Les chercheurs de Help Stop TB (Aider à stopper la Tuberculose) commencent les premières étapes d'analyse des données
21 juil. 2016
Récapitulatif
Dans la première mise à jour du projet Help Stop TB, la chercheuse Athina Meletiou donne un aperçu de l'importance du projet et de ce que l'équipe fait avec les premières données.
Ci-dessus, la chercheuse de Help Stop TB Athina Meletiou lors de la présentation du projet à l’occasion d'une conférence au printemps 2016.
Help Stop TB a été lancé il y a environ quatre mois et l'équipe de chercheurs a commencé les premières étapes d'analyse des données. Nous avons demandé à la chercheuse Athina Meletiou de nous donner un aperçu du projet et une première mise à jour. Nous lui avons également demandé de nous dire comment elle est venue au projet Help Stop TB.
Dans la présentation ci-dessous, Athina parle des objectifs et de l'importance de Help Stop TB; elle nous donne un aperçu des coulisses et de ce qu'il faut pour préparer le lancement d'un projet World Community Grid.
La vidéo de la présentation (anglais)
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