Trouver de nouvelles voies pour attaquer le virus Ebola
traduction: Maugou
Par : Erica Ollmann Saphire, de l'Institut de recherche Scripps
6 octobre 2015
Récapitulatif
Les efforts visant à simuler les correspondances entre les composés candidats et une protéine clé du virus Ebola sont en grande partie achevés. Les simulations de correspondance avec une autre protéine cible, nouvellement découverte, commencent maintenant. Alors que le travail de simulation continue, l'équipe est en train d'analyser ces résultats et se concentrent sur des composés qui pourraient constituer la base de nouveaux médicaments efficaces contre le virus Ebola et d'autres maladies connexes. Grâce à votre aide, et une nouvelle subvention, le travail se déroule bien.
Image du dessus: Deux structures de banques de données de protéines pour le domaine de la ribonucléase H de la transcriptase inverse du VIH. Nous avons utilisé des données structurelles et expérimentales pour ce domaine afin d'optimiser nos protocoles d'analyse pour le site d'exonucléase Lassa NP.
Merci pour les efforts de milliers de membres du World Community Grid, mon équipe a continué à faire des progrès sur Outsmart Ebola Together, un projet dont l'objectif est de trouver de nouveaux médicaments pour guérir le virus Ebola et les fièvres virales hémorragiques mortelles connexes.
OET a commencé par une étude des attaques potentielles de médicaments contre le site de liaison aux récepteurs de la glycoprotéine de surface Ebola (GP). Nous avons ensuite annoncé le début des travaux sur une deuxième cible de la drogue: la nucléoprotéine (NP) du virus de la fièvre de Lassa. Plus précisément, nous recherchons les médicaments qui attaquent le site exonucléase de Lassa NP nouvellement découvert. Ce site exonucléase aide à dissimuler la présence du virus, à la cellule humaine infectée, en détruisant la production excédentaire de l'ARN double brin propre au virus.
Nous avons depuis préparé des tâches de recherche pour tester le site exonucléase Lassa NP contre des millions de médicaments potentiels. Ces tâches sont maintenant prêtes à l'emploi, et seront envoyées aux bénévoles de World Community Grid au cours des prochains mois.
Notre laboratoire a également étudié les protéines Eobla NP et VP35. NP et VP35 doivent se livrer à une série d'interactions spécifiques l'une avec l'autre lors de la réplication du virus Ebola. Ces interactions nouvellement découvertes pourraient être perturbées par de nouveaux médicaments, ce qui rend NP et VP35, un objectif d'étude futur possible pour OET.
A ce stade du projet, nous avons rassemblé suffisamment de données nous permettant de commencer à nous concentrer sur les procédures d'analyse pour les données déjà retournées par des bénévoles du World Community Grid. Nous devons analyser les données à la fois pour le site de liaison au récepteur Ebola GP et le site exonucléase Lassa NP; et nos procédures d'analyse doivent être suffisantes pour filtrer les faux positifs de la grande quantité de résultats retournés.
Pour chaque site de protéine virale que nous testons contre des médicaments potentiels, nous assurons la validité de notre analyse comme suit: Nous sélectionnons un site sensiblement analogue (généralement à partir d'un virus différent) pour lequel il existe des données expérimentales sur les médicaments potentiels qui se lient ou ne se lient pas sur le site. Puis nous affinons nos protocoles d'analyses de sorte que, lorsqu'ils sont appliqués à ce site, nos résultats d'analyses correspondent étroitement aux résultats expérimentaux connus. Seulement quand cela est fait, nous sentons que nous pouvons en toute confiance appliquer les mêmes protocoles d'analyses pour le site actuel.
En particulier, cet été, nous avons examiné de près l'optimisation d'analyse pour le site exonucléase Lassa NP. Comme le site analogue bien étudié, nous avons choisi le domaine ribonucléase H de la transcriptase inverse du VIH, qui a de fortes similitudes avec le site exonucléase Lassa NP dans sa structure de la protéine et l'utilisation d'ions métalliques catalytiques. L'optimisation de nos protocoles d'analyse de données expérimentales, pour le domaine ribonucléase H du VIH, est maintenant terminée, et nous sommes impatients de l'arrivée des données sur exonucléase Lassa NP qui sont traitées par les bénévoles de World Community Grid. Les médicaments candidats qui passent l'étape de l'analyse serviront à une prochaine série d'expériences, menées dans le laboratoire plutôt que par simulation sur ordinateur.
Nous sommes également heureux d'annoncer qu'une subvention de 50000 $ pour soutenir ce travail a été fournie par "Robert Wood Johnson Foundation President’s Grant Fund of the Princeton Area Community Foundation". Grâce à cette subvention et les vastes ressources informatiques de World Community Grid, notre chemin vers la réussite du projet est clair.
Comme toujours, nous terminons avec un mot de remerciement aux bénévoles qui ont effectué ce travail pour nous. Comme vous pouvez le voir, nous avons déjà fait des progrès considérables, mais il y a encore beaucoup de travail à faire. Assurez-vous que vous êtes connecté pour contribuer à ce projet, et de passer le mot sur notre travail pour sauver des vies!
source: article Outsmart Ebola together