NEWSLETTER Numéro 3 - octobre 2023
SENSIBILISATION DES LYCÉES
Le World Community Grid est une plateforme publique de calcul à haute de calcul à haute performance permettant une recherche et des données ouvertes qui profitent à l'humanité. Alors que nos partenaires scientifiques, financiers, nos partenaires contributeurs et nos bénévoles nous permettent de répondre à certaines des questions les plus urgentes au monde en réduisant le temps de calcul nécessaire, nos partenariats avec les écoles secondaires et les universités nous permettent de préparer la prochaine génération pour l'avenir de la découverte scientifique. World Community Grid a la capacité d'enrichir l'éducation des étudiants et de leur donner les moyens de contribuer à la recherche avancée.
Cette année, nous prévoyons d'étendre notre programme de sensibilisation et de développer plusieurs nouveaux partenariats avec des écoles secondaires. Cette opportunité est ouverte à tous les lycées, mais nous sommes particulièrement enthousiastes à l'idée d'étendre les partenariats aux lycées des communautés isolées où l'accès aux établissements d'enseignement susceptibles de favoriser l'apprentissage des élèves en matière de calcul de haute performance et de vastes domaines de recherche peut être limité. Si vous êtes un enseignant ou un élève intéressé, ou si vous connaissez quelqu'un qui pourrait l'être, veuillez nous contacter directement.
Nos partenariats actuels avec des écoles secondaires comprennent la Sisler High School Cyber Academy à Winnipeg (Manitoba) au Canada, et la Boca Raton Community High School à Palm Beach County, Floride, États-Unis. Le WCG a été intégré de manière transparente dans dans leurs salles de classe et leurs activités extrascolaires afin d'enrichir l'apprentissage des élèves. Par exemple, la Sisler Cyber Academy a d'abord intégré le WCG dans son programme avec un devoir permettant aux élèves d'exécuter le WCG sur plusieurs ordinateurs. En 2019, un étudiant passionné de la Sisler Cyber Academy et son professeur, M. Esposito, ont visité l'institut de recherche Krembil à Toronto en Ontario, au Canada, devenant ainsi les premiers volontaires du WCG à rencontrer l'équipe du Dr Jurisica sur place. L'intérêt des élèves pour les WCG s'est accru, l'intérêt des étudiants pour les WCG a conduit à la création d'un club WCG qui enseigne aux étudiants comment comment mettre en place des grappes de calcul à haute performance, participe au WCG et soutient les découvertes scientifiques, suscite des conversations sur les questions de sécurité et d'environnement., de découvertes scientifiques, suscite des conversations sur les nouveaux développements de recherche et organise des concours de calcul en grille. Pour en savoir plus sur la Sisler Cyber Academy, lisez notre article sur la sensibilisation dans cette école.
Au lycée communautaire de Boca Raton, les élèves ont également créé un club WCG et l'intérêt pour ce club a été tel que plus de 130 élèves se sont inscrits pour en savoir plus sur WCG lors de leur "Club Rush" cette année. WCG a également été intégrés dans leur programme de sciences par le biais de présentations sur les projets de recherche soutenus par les projets des WCG. Vous pouvez en savoir plus sur les activités de sensibilisation de cette école secondaire dans notre article sur le club des WCG de Boca Raton.
Au-delà de ces exemples de partenariats entre les WCG et les lycées, nous explorons de nouvelles options de sensibilisation pour l'année à venir.
Par exemple, nous avons commencé à explorer la possibilité de travailler avec les coopératives des lycées et d'établir un lien avec leurs programmes de bénévolat, car toutes les écoles secondaires de l'Ontario exigent une expérience de bénévolat. Nous offrons également aux élèves la possibilité de développer leurs compétences en matière de rédaction scientifique. Les étudiants auront notamment la possibilité de définir des termes scientifiques pour un public général et de créer du contenu sur les projets de recherche du WCG pour nos comptes de médias sociaux, sous le mentorat d'étudiants universitaires. Nous sommes ravis de ces possibilités d'étendre notre portée et d'enrichir l'apprentissage de la prochaine génération. Et comme nous planifions la phase d'expansion du WCG, tout nouveau bénévole et partenaire augmente la capacité à soutenir davantage de projets.
(la suite ci-dessous)
MISES À JOUR DES PROJETS EN COURS
African Rainfall Project
Le transfert des données du stockage de SURF, une coopération d'instituts d'enseignement et de recherche aux Pays-Bas, vers Amazon Web Services est presque terminé. Tous les fichiers de données ont été déplacés et la dernière étape consiste à vérifier si les fichiers ont été copiés correctement. Pour ce faire, nous comparons ce que l'on appelle les "hachages", qui sont une sorte d'empreinte numérique de 128 bits (ou 16 caractères). Si un bit a changé pendant la copie, les hachages des deux côtés seront différents. Jusqu'à présent, aucun bit n'a été égaré après avoir vérifié environ 300 To.
L'étape suivante consiste à rendre les fichiers plus facilement accessibles, ce qui ne devrait pas prendre trop de temps. Dans un premier temps, il s'agira d'une liste de fichiers, de leurs coordonnées et de la période couverte. L'équipe de l'ARP prévoit qu'à un stade ultérieur, les fichiers pourront être sélectionnés de manière plus interactive. A court terme, il reste à terminer les dernières simulations pour lesquelles nous sommes très reconnaissants à nos volontaires. Nous espérons toujours que toutes les simulations seront prêtes d'ici la fin de l'année.
Help Stop TB
Nous sommes ravis que l'équipe HSTB ait déménagé au cours de l'été pour s'installer à l'université de Loughborough (prononcer luf-bu-rah). Loughborough possède des atouts particuliers dans les domaines de l'IA et des techniques d'apprentissage automatique, tout en mettant fortement l'accent sur la santé. L'équipe espère que cet environnement, et l'atmosphère de collaboration, contribueront à renforcer le travail du programme Help Stop TB, en apportant de nouvelles idées et pistes de travail. Bien que le déménagement ait entraîné quelques perturbations pour le projet HSTB pour reprendre rapidement le travail avec de nouvelles unités de travail, celles-ci sont en cours d'élaboration, parallèlement à la préparation des unités de travail existantes, tout en préparant les travaux existants en vue de leur publication. L'équipe a L'équipe a transféré les scripts existants sur les nouvelles machines et a procédé à des tests pour confirmer que tout est toujours compatible et fonctionne.
Mapping Cancer Markers
Les recherches de l'équipe MCM sur les biomarqueurs du cancer du poumon ont permis d'identifier 26 gènes présentant les meilleurs scores pour toutes les signatures considérées. Nous avons travaillé à la caractérisation de ces gènes, notamment VAMP1, FARP1, GSDMB et ADH6.
Nous continuons à explorer deux types de signatures de sarcomes, l'une pour distinguer le léiomyosarcome utérin (ULMS) et le sarcome pléomorphe indifférencié (UPS) des autres sous-types histologiques, et l'autre pour distinguer les 7 sous-types histologiques de notre ensemble de données sur les sarcomes les uns des autres. Nous avons exécuté plus de 224 millions d'unités de travail pour chacune d'entre elles, testant plus de 7,7 trillions de signatures pour distinguer les ULMS et les UPS des autres sous-types histologiques.
Comme indiqué dans la mise à jour de la recherche de septembre, nos résultats pour le cancer de l'ovaire n'étaient pas homogènes et nous avons donc décidé d'organiser des unités de travail supplémentaires sur le cancer de l'ovaire. Le 26 septembre, le projet sur les sarcomes a été interrompu et nous avons relancé le projet sur le cancer de l'ovaire. Tout en effectuant, en améliorant et en élargissant nos analyses des trois types de cancers jusqu'à présent, nous étudions les futurs ensembles de données qui seront utilisés pour la MCM. Nous sommes en train de dresser une liste de priorités qui sera communiquée aux volontaires avant de passer à l'action.
Open Pandemics
L'équipe OPN a sélectionné environ 30 molécules pour des tests expérimentaux en laboratoire. Ces unités de travail ont fonctionné au cours des derniers mois et ont amarré des molécules fabriquées par Enamine, ChemBridge et ChemDiv. La sélection s'est faite sur la base d'une inspection visuelle des poses d'amarrage et également sur la base d'une analyse de la structure de la molécule. sur la question de savoir si les molécules amarrées interagissent avec l'hélicase d'une manière qui ressemble au mode de liaison des ligands connus.
Ces interactions consistent principalement en des liaisons hydrogène et le positionnement de groupes polaires dans la poche de liaison. Les unités de travail actuelles arriment les molécules d'énamine à la protéine NS5 de Zika. Enfin, l'équipe souhaite présenter un nouveau membre : Manuel Llanos a rejoint le laboratoire Forli en tant que chercheur postdoctoral et travaillera sur les projets WCG sur différents fronts, y compris la préparation des unités de travail et l'analyse des résultats.
CAMPAGNE DE COLLECTE DE FONDS
Nous vous remercions de nous faire don de votre puissance pour soutenir des projets de recherche et réduire les les goulets d'étranglement informatiques pour la science ouverte. Nous sommes immensément reconnaissants de la passion des bénévoles qui soutiennent le WCG et sa mission d'accélération de la la science.
Au cours des 19 dernières années, 910 467 bénévoles ont donné plus de 2,5 millions de CPU-GPU/années de calcul et nous apprécions grandement votre dévouement. Au cours de l'année l'année dernière, nous avons lancé la campagne de collecte de fonds pour soutenir le fonctionnement du WCG. En tant que groupe universitaire, nous sommes confrontés à d'importants défis financiers (et techniques) pour fournir le même niveau de soutien à la communauté mondiale des chercheurs, comme IBM a pu le faire. Il n'est pas viable d'utiliser uniquement les fonds de recherche des laboratoires pour soutenir le fonctionnement du WCG. De septembre 2021 à août 2023, 64 % des coûts de fonctionnement du WCG proviennent du financement de la recherche en laboratoire (couvrant l'administration du système, le développeur d'applications et les communications).
Plus que jamais, nous avons besoin de votre soutien. Nous continuons à rechercher des partenaires à long terme qui pourraient nous aider à compléter les fonds de recherche que nous utilisons pour soutenir le fonctionnement du WCG. Si vous avez des contacts qui pourraient nous aider, n'hésitez pas à nous en faire part. Si vous Si vous disposez de ressources supplémentaires pour nous soutenir, vous pouvez faire un don au WCG de plusieurs façons qui sont mises en évidence ci-dessous.
- Don unique directement au WCG à la Fondation UHN
- Don mensuel directement à la Fondation des WCG à l'UHN
- Si vous souhaitez recevoir un reçu fiscal américain, veuillez appeler la UHN Foundation au 416-603-5300 ou sans frais au 1-877-846-4483 (UHN-GIVE).
Nous vous remercions ! Ensemble, nous fournirons la plateforme nécessaire pour des recherches importantes au bénéfice de l'humanité
Source : https://www.worldcommunitygrid.org/images/prismic/WCG_Newsletter_Oct_2023.pdf