Récapitulatif
Le logiciel qui alimente OpenPandemics - COVID-19 a été adapté pour utiliser la puissance du GPU. Cela aidera non seulement les chercheurs à cribler plus de molécules, mais pourrait également les aider à étudier des molécules plus complexes.
Depuis plusieurs mois, les chercheurs d'OpenPandemics - COVID-19 du Forli Lab de Scripps Research et l'équipe technique de World Community Grid travaillent en coulisses pour adapter AutoDock 4, le logiciel qui alimente le projet, pour une utilisation sur des appareils dotés d'unités de traitement graphique (GPU).
Au cours des tests bêta, nous avons constaté que les unités de travail exécutées sur les GPU de volontaires terminaient en moyenne 500 fois plus rapidement (temps GPU par rapport temps CPU) que la même quantité de travail lorsqu'elle était exécutée avec la version CPU d'AutoDock.
Qu'est-ce qu'un GPU ?
Une unité de traitement graphique (GPU) est un autre nom de la carte graphique à l'intérieur d'un ordinateur utilisé à l'origine pour afficher du texte et des images sur un moniteur. Au fur et à mesure que les GPU évoluaient, ils ont acquis de grandes quantités de puissance de traitement parallèle. Initialement, il s'agissait d'un sous-produit de l'accélération des calculs spécialisés liés aux graphiques, mais les fabricants ont finalement étendu ces capacités pour permettre des calculs à usage général. En conséquence, les GPU modernes peuvent effectuer certains types de calculs beaucoup plus rapidement que les unités centrales de traitement (CPU) qui orchestrent tout le travail dans un ordinateur. Afin d'utiliser un GPU pour des calculs scientifiques, cependant, les applications doivent être modifiées pour pouvoir utiliser des niveaux élevés de parallélisme afin d'exploiter efficacement les capacités de calcul des GPU.
Si un volontaire exécute OpenPandemics - COVID-19 sur un appareil doté d'un GPU approprié et ajuste ses paramètres en conséquence, cet appareil peut compléter les unités de travail beaucoup plus rapidement qu'un appareil utilisant simplement un processeur.
Pourquoi est-il important d'augmenter la vitesse de ce projet ?
AutoDock-GPU (AD-GPU) pourrait augmenter encore plus les chances du projet de trouver une molécule aux propriétés antivirales.
Comparé à AutoDock 4 (la version actuelle du logiciel utilisé pour OpenPandemics - COVID-19), AD-GPU est beaucoup plus rapide, ce qui augmentera considérablement le taux déjà incroyable de résultats ancrés.
En outre, AD-GPU dispose d'un algorithme de recherche amélioré qui présente une plus grande probabilité de trouver des interactions fortes entre les molécules et les protéines virales, et est bien adapté pour ancrer des molécules plus grandes ou plus complexes. Cela signifie que les chercheurs peuvent utiliser AD-GPU non seulement pour cribler plus de molécules, mais aussi pour permettre la recherche de molécules plus complexes.
Comparaison du GPU OpenPandemics au CPU pour les lots initialement ciblés sur le CPU 30010-30019 exécutés pendant les tests bêta. Les jours moyens pour terminer un lot entier (barres bleues) sont indiqués avec les points moyens par lot (barres orange). L'accélération moyenne globale était de 334 fois (le maximum observé était de 516x). La moyenne globale des points par lot met en évidence une augmentation de 1,6 fois de l'efficacité algorithmique du GPU. Cette efficacité accrue sera exploitée dans les packages ciblés par GPU et conduira à des points beaucoup plus élevés par lot de GPU.
Plus de molécules, des molécules plus complexes et en moins de temps ... tout cela est crucial pour aider à trouver des traitements potentiels pour un virus qui non seulement continue de se propager dans la plupart des pays du monde, mais qui continue également de muter.
Les appareils sans GPU sont-ils donc toujours importants pour ce projet ?
Oui ! Actuellement, environ 20 % seulement de la puissance de World Community Grid provient d'appareils dotés de GPU, de sorte que la participation de tous les ordinateurs compatibles CPU, appareils Android et Raspberry Pi qui le souhaitent reste cruciale.
Merci à tous ceux qui soutiennent OpenPandemics - COVID-19 !
6 avr. 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=693