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IBERCIVIS

Ibercivis est une plateforme multi-projets gérée par l'Institut de bio-informatique et de Physique des Systèmes Complexes (BIFI, Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos) de l'université de Saragosse. La plateforme héberge 11 projets de recherche et 15 applications. Sans action de votre part, le projet téléchargera ces 15 applications et vous recevrez des unités de calcul en fonction des disponibilités et du besoin en puissance de calcul de ces différents projets. Mais vous pouvez aussi choisir de calculer pour un, plusieurs ou la totalité de ces 11 projets. Pour cela, il faut vous rendre sur la page "Mes projets".

 

L'amylose

L'amylose regroupe des maladies neurodégénératives tels que les maladies d'Alzheimer et de Parkinson, la polyneuropathie amyloïde familiale (PAF, aussi connu sous le nom d'amyloïdose  portugaise ou maladie de Corino Andrade) ou encore l'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB, aussi connu sous le nom de "maladie de la vache folle") et sa forme humaine, la maladie de Creutzfeldt-Jakob. Toutes ces maladies sont caractérisées par la formation d'agrégats de protéines et de plaques  amyloïdes, des formations toxiques pour les cellules nerveuses et responsables de la neurodégénération observée chez les patients.

Alzheimer est une maladie dégénérative du système nerveux central qui se manifeste par une perte progressive de la mémoire et la perte des fonctions cognitives. Aujourd'hui, cette maladie affecte des millions de personnes dans le monde.

La polyneuropathie amyloïde familiale (PAF) est une maladie dégénérative du système nerveux périphérique qui est accompagnée d'une perte de la sensibilité à la température et à la douleur aux extrémités des membres. Les patients évoluent ensuite vers un état de faiblesse physique avec des complications multiples. Le foyer géographique principal de la maladie se situe au Portugal. La PAF a été mise en évidence par Corino de Andrade (1906 - 2005), et depuis, des scientifiques portugais et d'autres dans le monde ont concentré leurs efforts pour caractériser la maladie et étudier les solutions thérapeutiques.

Actuellement, il n'existe aucun remède pour soigner l'amyloïdose portugaise. Cependant, il existe des médicaments qui permettent de traiter les symptômes et freiner la progression de la maladie d'Alzheimer. Jusqu'à maintenant, le seul traitement efficace dans le traitement de la PAF est la transplantation hépatique (greffe de foie). En effet, la protéine responsable de cette maladie (la transthyrétine ou TTR) est principalement synthétisée par le foie. Le prix scientifique Gulbenkian 2009 a été attribué le 20 juillet 2009 à Maria João Saraiva, chercheuse à l'Institut de Biologie Cellulaire et Moléculaire (IBMC) et Professeur à l'Institut des sciences biomédicales Abel Salazar à l'Université de Porto. Cette récompense est venue récompenser ses travaux qui ont permis de faire progresser les connaissances sur les mécanismes génétiques et biochimiques responsables de cette maladie.

Le projet Amiloide s'appuie sur la grille de calcul volontaire Ibercivis pour rechercher des composés qui pourraient entraver la formation de plaques  amyloïdes responsables des maladies neurodégénératives tels que la PAF ou la maladie d'Alzheimer. Ce projet est mené par des scientifiques du Groupe de Biologie Structurale et du Centre informatique en Biologie Cellulaire et Neurosciences (CNC) à l'Université de Coimbra. Ces chercheurs tentent de caractériser les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la formation des plaques amyloïdes, ils collaborent également avec d'autres chercheurs au Portugal et dans le monde.

Dans le cas particulier du PAF, l'une des stratégies du projet Amiloide consiste à rechercher des composés qui pourraient stabiliser la structure tétramérique normale (c'est à dire non toxique) de la transthyrétine. Ce qui permettrait alors d'inhiber la formation des plaques amyloïdes. Cette recherche demande une grosse quantité de calculs pour déterminer les affinités moléculaires entre la cible (la transthyrétine) et plusieurs millions de petits composés issus de différentes chimiothèques