traduction: JérômeC relecture: Ouser
WU : simulations OPM
Source: GPUGRID
mardi 3 mai 2016 17h08
"Salut tout le monde.
Encore une fois, après quelques années, j'ai décidé de simuler;)
Ceci est pour un nouveau projet où je tente de construire et simuler automatiquement des centaines de protéines membranaires de la base de données OPM sous forme d'un test.
Mais je vais aussi garder un œil pour voir si quelque chose d'extraordinaire qui se passe dans ces simulations, et je suis tout à fait sûr que ce sera le cas.
Les protéines membranaires sont très intéressantes en général, elles sont impliqués dans de nombreuses maladies, et sont simulées assez souvent. Donc, la construction d'un protocole visant à simplifier ce processus aiderait beaucoup de biologistes.
Pour le moment, j'ai envoyé seulement 100 simulations comme un test rapide, mais dans les prochains jours, je vais envoyer environ 3000 équilibrations.
Il faut se méfier! Les simulations sont très très différentes, donc il n'y a pas lieu de les comparer les uns aux autres. J'ai des systèmes qui fonctionnent sur une file d'attente courte en une heure et quelques autres monstrueuses qui durent plus de 10 heures. Les crédits sont mis à l'échelle en proportion de la complexité de la simulation afin que personne ne soit floué pour ses crédits durement gagnés :)
Gardez aussi à l'esprit que le premier lot fera des simulations de minimisation et équilibrage, qui commencent la minimisation en utilisant le CPU durant environ 1 minute, puis devrait passer en GPU pour l'équilibration.
Je pourrais poster ici quelques photos des systèmes aussi bien parce que certaines de ces protéines sont tout simplement superbes!
Edit: je fais quelques gifs pour vous ici ;) "
Stefan
développeur projet et scientifique