Les Projets BOINC
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Le nouveau serveur pour le projet Docking@home est arrivé et nous le configurerons la semaine prochaine. Le serveur sera indisponible jusqu'à ce que nous ayons évalué le système et que nous soyons sûrs que tout soit opérationnel comme prévu. Docktest, notre serveur d'essai devrait aussi arriver la semaine suivante. Comme vous pouvez le voir, le redémarrage du projet est proche.
À savoir que le projet est momentanément suspendu pour cause de migration du serveur dans le Delaware .
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POEM@home est un nouveau projet allemand (le 9ème) porté par le groupe de prédiction des structures moléculaires du centre de recherche de Karlsruhe.
Il est possible de participer au projet sous Linux et Windows (98 et suivants).
Détails techniques :
- Application POEM Protein Folding 0.03
- Date limite de retour des unités : 7 jours.
- Utilisation de la mémoire vive : 26,6 Mo.
- Durée des unités : environ 25 minutes sur un
Pentium 4.
- Pas d'écran de veille.
INSCRIPTION - URL du projet : http://boinc.fzk.de/poem/
Description détaillée du projet
C'est un projet de recherche et de prédiction de la structure des protéines. Maintenant se pose la question de l'originalité de cette recherche par rapport aux autres projets dans le même domaine, et notamment les deux projets majeurs que sont Folding@home et Rosetta@home. Voici l'explication qui vous est apportée par le Dr. Wolfgang Wenzel :
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Le projet Lattice (la grille multi-projets de l'Université du Maryland) vient d'ajouter une option très utile qui permet de choisir le sous-projet que l'on désire soutenir.
Pour avoir accès à cette option, il faut se rendre sur son compte à la rubrique Préférences utilisateurs. Puis appuyer sur Edit The Lattice Project preferences pour faire son choix.
Il est possible de choisir parmi 3 applications, bien que pour le moment seul le projet GARLI distribue du travail.
- GARLI : Recherches heuristiques sur la phylogénétique en utilisant un modèle de substitution des nucléotides basé sur le GTR (Temps Général Réversible) à l'aide d'une distribution gamma des taux d'hétérogénéités et de sites invariants.
- HMMPfam : Calcul des domaines Pfam (Pfam est une collection d'alignements multiples de séquences peptidiques construits de façon semi-automatique en utilisant des modèles de Markov cachés (HMMs) ). C'est exactement le même travail qui a été réalisé sur Simap.
- MARXAN : Ce programme est utile pour sélectionner une réserve naturelle lorsque l'on dispose d'un grand nombre de sites possibles qui pourraient satisfaire certains critères écologiques, sociaux et économiques. Le projet MARXAN, mené en collaboration entre l'Université du Maryland, le WWF, et l'institut national sud-africain de la biodiversité, a pour but d'étudier l'impact du choix des réserves naturelles lorsque l'on dispose de données de mauvaises qualités ou incomplètes concernant les différentes espèces locales à sauvegarder.
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Traduction de la page Research Projects. Actuellement, c'est l'application GARLI qui est utilisée sur la grille Lattice. Il faut un minimum de 1 Go de mémoire vive pour pouvoir y participer : l'application GARLI peut utiliser jusqu'à 384 Mo.
Au cours de ces dernières années, nous avons convié le corps enseignant, les post-doctorants, et les étudiants du premier cycle de l'université du Maryland à se servir du projet Lattice pour leurs projets de recherche.
Le travail avec différents chercheurs, notamment le fait de les aider à organiser et soumettre leurs travaux, écouter leurs impressions, nous a poussé à améliorer constamment le système et nous a démontré que davantage de travail était nécessaire. Dans l'ensemble, le contenu des projets que nous avons décidé de soutenir est extrêmement diversifié. The Lattice Project est cité dans un certain nombre de publications résultant de ces recherches. Ci-dessous, sont fournies des informations relatives aux calculs effectués sur Lattice, les applications utilisées pour ces calculs, et les projets spécifiques.
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Lire la suite : Les projets de recherche sur la grille Lattice
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Cette semaine la nouvelle application Spinhenge pour Linux a été mise en ligne, elle est toujours en phase de test. Toutes les personnes qui voudraient la tester sont invitées à le faire. La seule difficulté qui empêche cette application d'être stable à 100% est un problème dû au nouvel économiseur d'écran. La première image pose encore des problèmes, même si c'est sur le point d'être résolu. Dans le même temps, la version Windows reste elle aussi en phase de test, en vue d'effectuer une comparaison directe pour mettre en oeuvre une optimisation.
Si vous voulez tester sur cette nouvelle application, il faudra activer l'option se trouvant sur votre compte ( Edit Spinhenge@home preferences - Run test applications? yes)
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BOINC : Une séance d'une journée (le jeudi 15 novembre) sera consacrée à BOINC lors du rassemblement
Advanced Computing and GRID technologies for Research (Technologies des Grilles Informatiques et du Calcul haute performance pour la Recherche) organisé par l'École
Do-Son qui se tiendra du 5 au 16 Novembre à l'institut des technologies de l'information de Hanoï (Viêt Nam). Ce rassemblement organisé en partenariat avec le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) et l'Académie des
Sciences et Technologies du Viêt Nam a pour but de former des étudiants et de jeunes chercheurs venus de tout le continent asiatique aux toutes nouvelles innovations ayant trait aux technologies des grilles informatiques. Toutes les séances sont organisées en langue anglaise avec des experts venus d'Asie ou d'Europe.
À noter également la participation de l'INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et Automatique) du ministère français des affaires étrangères et européennes et de la grille européenne de calcul EGEE (Enabling Grid for E-sciencE)
PS3GRID : les premiers résultats du projet ont été présentés lors du colloque "Ionic Transport : from Nanopores to Biological Channels" (transport ionique : des nanopores aux circuits biologiques) qui s'est tenu du 20 au 22 septembre au CECAM (Centre Européen de Calcul Atomique et Moléculaire) à Lyon (France)
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