14 août 2006
Predictions du jour : Félicitation à [AF>HFR>Corsica] DocMaboul (Equipe L'Alliance Francophone ) pour avoir prédit la plus basse structure énergétique de l'unité t335__CASP7_ABRELAX_SAVE_ALL_OUT_nohistag_hom001__778_0.clean.sc !
Rosetta - Message de David Baker sur le forum de Rosetta
Vous effectuez actuellement des calculs pour le défi d'amélioration des structures du CASPR. Ici, plutôt que de prévoir la structure d'une protéine à partir de son seul sequençage, on nous donne le sequençage de la protéine ainsi qu'un modèle de départ qui lui est assez proche. Le défi est d'affiner les caractéristiques de la structure au plus près de la structure réelle. Par analogie dans le cas de la recherche d'un lieu géographique, celà correspondrait à être dans une vallée possédant un point ou l'altitude est la plus basse, mais dont on ne connaitrait pas la localisation exacte de ce lieu.
La méthodologie améliorée est similaire durant la deuxième étape « haute résolution » de notre protocole standard de prévision. Nous utilisons essentiellement le même code afin d'effectuer ces calculs améliorés, sauf que certaines parties du modèle de départ sont aléatoirement reconstruites à basse fréquence pour permettre une recherche plus large autour du modèle de départ. Comme vous l'avez sans aucun doute déjà noté, il y a relativement peu de mouvement pendant le protocole d'amélioration haute résolution, et cette reconstruction aléatoire élargit considérablement la recherche .