Depuis lundi, plus de 2000
unités ont été introduites sur le serveur
du projet GPUGrid.
La publication relative au domaine
SH2 ne pourra vraiment être finalisée
que lorsque toutes ces unités auront
été calculées et renvoyées
aux serveurs du projet. De plus, ce vendredi, Ignasi Buch
défendra sa thèse. Il sera heureux
de pouvoir consulter ces résultats pour l'aider dans sa
démonstration. Ignasi vous demande donc de
privilégier les unités appartenant aux
groupes suivants :*-IBUCH_pYEEI_1406-*
*-IBUCH_pYEpYI_1406-*
*-IBUCH_pYIpYV_1406-*
Si vous avez deux unités du même groupe, vous pouvez également donner la priorité aux unités qui ont le chiffre le plus faible après le tag 1406-. Par exemple, l'unité *-IBUCH_pYEEI_1406-0-10-* est plus importante que l'unité *-IBUCH_pYEEI_1406-1-10-*. Ce chiffre qui va de 1 à 10 correspond au nombre d'étapes
Il n'y a pas besoin d'annuler les autres unités, il suffit juste de les suspendre le temps de calculer les unités qui auront le plus d'importance dans la démonstration d'Ignasi. Bien sûr, cette demande un peu inhabituelle ne court que jusqu'à vendredi.
Ignasi travaille sur les
complexes SH2/ligand pour découvrir
une méthode qui permettrait de calculer
systématiquement (mode semi-automatique) et
précisément les affinités entre de
nombreuses paires de protéines. Il n'a pas
été facile de générer les
réglages appropriés pour avancer dans cette
approche, mais, finalement, l'équipe du projet pense avoir
reçu des résultats qui pourraient conforter cette
recherche. Maintenant, tout va se jouer avec les calculs
supplémentaires et les mesures additionnelles.
La thèse d'Ignasi est d'une certaine façon liée à la capacité du projet GPUGrid à calculer les affinités de liaison entre plusieurs conformations de la protéines SH2 avec des ligands (des petits fragments de protéine). Seulement à quelques jours avant de présenter sa thèse, les premiers résultats commencent à arriver. Dimanche dernier, Ignasi a donc généré 3 simulations supplémentaires (groupes de calcul). Ignasi serait très heureux de pouvoir compter sur ces résultats pour défendre sa thèse.
Il précise que cette demande est vraiment inhabituelle puisque, dans le plupart des cas, les projets BOINC peuvent donner manuellement la priorité à certaines unités par rapport à d'autres.
Depuis lundi, date du lancement de son appel, Ignasi a commencé à analyser les premiers résultats. Il est encore trop tôt pour en dire plus, mais "pour le moment les énergies de liaison semblent trop élevés" soupire Ignasi. "Il faut quand même laisser les ligands se lier avec SH2 pendant un peu plus de temps (étape X supérieure à 10) pour voir ce que ça peut donner."
Toutefois, juste au cas où, Ignasi est déjà en train de préparer plusieurs simulations avec des paramètres légèrement différents qui permettront de faire décroître (relax) l'énergie de liaison. Mais, dans tous les cas, ces améliorations ne seront pas prêtes avant vendredi. Ignasi conclut ainsi son dernier message en français dans le texte : '"Mais, c'est la vie".
La thèse d'Ignasi est d'une certaine façon liée à la capacité du projet GPUGrid à calculer les affinités de liaison entre plusieurs conformations de la protéines SH2 avec des ligands (des petits fragments de protéine). Seulement à quelques jours avant de présenter sa thèse, les premiers résultats commencent à arriver. Dimanche dernier, Ignasi a donc généré 3 simulations supplémentaires (groupes de calcul). Ignasi serait très heureux de pouvoir compter sur ces résultats pour défendre sa thèse.
Il précise que cette demande est vraiment inhabituelle puisque, dans le plupart des cas, les projets BOINC peuvent donner manuellement la priorité à certaines unités par rapport à d'autres.
Depuis lundi, date du lancement de son appel, Ignasi a commencé à analyser les premiers résultats. Il est encore trop tôt pour en dire plus, mais "pour le moment les énergies de liaison semblent trop élevés" soupire Ignasi. "Il faut quand même laisser les ligands se lier avec SH2 pendant un peu plus de temps (étape X supérieure à 10) pour voir ce que ça peut donner."
Toutefois, juste au cas où, Ignasi est déjà en train de préparer plusieurs simulations avec des paramètres légèrement différents qui permettront de faire décroître (relax) l'énergie de liaison. Mais, dans tous les cas, ces améliorations ne seront pas prêtes avant vendredi. Ignasi conclut ainsi son dernier message en français dans le texte : '"Mais, c'est la vie".