Comment
connaitre à l'avance les résultats d'un
vaccin contre le paludisme ? Réponse : à l'aide
d'une grille informatique et du calcul bénévole.Une équipe de recherche de l'Institut Tropical Suisse (ou STI) à Bâle, a étudié le recours à des simulations informatiques pour prédire l'impact épidémiologique de vaccins potentiels contre le paludisme. Ces prévisions ont été obtenus avec l'aide de milliers de bénévoles qui ont mis leurs ordinateurs à la disposition du projet Malariacontol.net, un projet bénévole compatible avec l'infrastructure ouverte de Berkeley pour le calcul en réseau (BOINC).
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| Des milliers de volontaires contribuent au projet partout à travers le monde. Image : Nicolas Maire |
Le
paludisme est l'une des pandémies les plus grave au monde.
On estime que chaque année, plus d'un million de
personnes perdent
la vie après avoir
contracté cette maladie. La
modélisation
mathématique du paludisme, effectuée sur vos
ordinateurs,
peut aider les experts en santé publique à
prédire l'impact
épidémiologique et le rapport
coût-efficacité des vaccins et des plans de lutte
contre le paludisme.
"Ces
modèles de simulation sont extrêmement gourmand en
puissance de calcul", explique Nicolas Maire de l'Institut Tropical
Suisse, "ainsi on comprend toute l'utilité du calcul
bénévole"
Les origines du projet
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| La calcul bénévole a débuté sous la forme d'un écran de veille. Aujourd'hui, la plupart des projets intègrent encore un écran de veille pour permettre aux utilisateurs de visualiser le résultat de leurs calculs. Image : Nicolas Maire |
Malariacontrol.net a
débuté en 2005, ce
fût la première application née de la
collaboration Africa@home,
un partenariat entre le CERN,
le département
d'informatique de l'Université de Genève, ICVolontaires,
Informaticiens sans
frontières, et l'Institut
tropical suisse. Actuellement, plus de 10.000
volontaires font fonctionner ces simulations sur leur PC, ils ont
contribué à hauteur de
10.000 années de calcul cumulées.
Actuellement,
un certain nombre de vaccins contre le paludisme sont en phase de
développement
clinique ou préclinique. Ces vaccins ciblent
différentes
étapes du cycle de vie de Plasmodium falciparum, le parasite
responsable de la forme la plus grave de la maladie. La publication des
résultats des prévisions du projet malariacontrol.net délivre
plusieurs
conclusions qui seront utiles pour développer
de nouveaux vaccins
: la pertinence de l'utilisation de chaque catégorie de
vaccin
dans
des contextes épidémiologiques
différents, la durée minimale de
protection
requise pour qu'un vaccin donné ait un effet
bénéfique, l'idée que la diffusion des
vaccins en
dehors des circuits de distribution traditionnels, tels que le programme
élargi de vaccination
de l'OMS (PEV), pourrait être bénéfique.
Mais aussi
l'importance des projets de
développement clinique qui permettraient de juguler la
transmission de la maladie chez le vecteur de la maladie, c'est
à dire chez le moustique.
Un article a été publié dans la revue scientifique PLoS One, vous y trouverez les résultats des simulations du projet (l'article peut être consulté dans son intégralité en anglais) : Quels types de vaccins devront être développés ? Simulation de l'efficacité des vaccins contre le paludisme
Traduction d'un article de Nicolas Maire et Melissa Penny de l'Institut Tropical Suisse paru la semaine dernière sur International Science This Week
Le projet
Malariacontrol.net vient également de publier un
deuxième article qui est plus axé sur la
présentation de la méthodologie du projet.
Vers
une simulation et l'endiguement de
l'épidémie de paludisme
(article invité dans le journal de l'université
de
Cambridge, le texte n'est donc pour l'instant disponible que pour les
abonnés du journal)
Les calculs actuellement en cours sur malariacontrol.net :
Actuellement, le projet
malariacontrol.net envoit les dernières
unités
d'une autre simulation. Ces unités ont un nom qui commence
par wu_18*
et wu_19*, elles font
partie d'une vaste étude sur la sensibilité
du modèle probabiliste. Les scientifiques
désajustent les paramètres
d'entrée du modèle
et observent l'impact de ces
perturbations sur les résultats prévus.
L'objectif est d'estimer la stabilité des
prédictions du modèle et de distinguer
les
paramètres qui sont
susceptibles d'être des moteurs importants du
système. C'est une méthode très
importante pour étudier tout type de modèles
mathématiques. Dans les modélisations de
maladies infectieuses, c'est ce qui peut potentiellement faire
émerger les données manquantes. Ces
données seraient utiles pour préparer de
manière rationnelle les
interventions, et ainsi choisir vers quels types de recherches
s'orienter
En outre, les scientifiques préparent de nouvelles unité pour une étude qui permettra de comparer différents modèles, pour lesquels les paramètres sont en cours d'estimation. Le besoin en puissance de calcul du projet devrait diminuer au cours des prochains mois, ainsi la création de compte est fermée depuis le lundi 13 octobre.
En outre, les scientifiques préparent de nouvelles unité pour une étude qui permettra de comparer différents modèles, pour lesquels les paramètres sont en cours d'estimation. Le besoin en puissance de calcul du projet devrait diminuer au cours des prochains mois, ainsi la création de compte est fermée depuis le lundi 13 octobre.
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