Message
d'Alessandra
Carbone, scientifique en chef du projet de lutte
contre la dystrophie musculaire (World Community Grid).Message publié sur le forum du projet (anglais/français)
"Chers tous,
J'ai pensé qu'il était nécessaire de faire un point sur l'avancement du projet HCMD. Pour faire court, nous avons accumulé du retard (ce qui arrive souvent en recherche) sur le développement de JET (le programme permettant la détection des sites d'interaction des protéines) qui devra ensuite être couplé avec MaxDO (le programme de docking qui doit être lancé sur la grille) afin de réduire les temps de calcul pour le lancement sur un grand nombre de protéines (environ 4000). Néanmoins, je peux vous assurer que nous faisons de réels progrès dans l'optimisation de JET par l'intégration d'informations biologiques supplémentaires.
Pour vous donner une idée plus précise, JET détecte correctement les sites d'interaction (comme attendu autour de 40 % d'un site) en se basant sur la conservation des acides aminés. Le programme obtient la meilleure performance par rapport aux approches existantes qui utilisent la conservation des acides aminés. Néanmoins, l'ajout d'information concernant les propriétés physico-chimiques des acides aminés peut, en principe, amener à une détection de 50-60% d'un site d'interaction. Dans certains cas, ce pourcentage peut même être plus élevé. L'ajout de ces nouvelles informations pourra améliorer le comportement de MaxDO et nous pensons que ceci justifie le délai supplémentaire.
Nous nous dépêchons afin de réaliser toutes les améliorations rapidement dans un temps qui n'est absolument pas indéfini !!! Moins que deux mois de plus. Nous vous informerons avec un nouveau post dès que nous serons prêt à délivrer MaxDO au WCG.
Dans l'attente de travailler prochainement avec vous.
Alessandra"
J'ai pensé qu'il était nécessaire de faire un point sur l'avancement du projet HCMD. Pour faire court, nous avons accumulé du retard (ce qui arrive souvent en recherche) sur le développement de JET (le programme permettant la détection des sites d'interaction des protéines) qui devra ensuite être couplé avec MaxDO (le programme de docking qui doit être lancé sur la grille) afin de réduire les temps de calcul pour le lancement sur un grand nombre de protéines (environ 4000). Néanmoins, je peux vous assurer que nous faisons de réels progrès dans l'optimisation de JET par l'intégration d'informations biologiques supplémentaires.
Pour vous donner une idée plus précise, JET détecte correctement les sites d'interaction (comme attendu autour de 40 % d'un site) en se basant sur la conservation des acides aminés. Le programme obtient la meilleure performance par rapport aux approches existantes qui utilisent la conservation des acides aminés. Néanmoins, l'ajout d'information concernant les propriétés physico-chimiques des acides aminés peut, en principe, amener à une détection de 50-60% d'un site d'interaction. Dans certains cas, ce pourcentage peut même être plus élevé. L'ajout de ces nouvelles informations pourra améliorer le comportement de MaxDO et nous pensons que ceci justifie le délai supplémentaire.
Nous nous dépêchons afin de réaliser toutes les améliorations rapidement dans un temps qui n'est absolument pas indéfini !!! Moins que deux mois de plus. Nous vous informerons avec un nouveau post dès que nous serons prêt à délivrer MaxDO au WCG.
Dans l'attente de travailler prochainement avec vous.
Alessandra"