Message
d'Alessandra
Carbone, scientifique en chef du projet de lutte
contre la dystrophie musculaire (World Community Grid).Message publié sur le forum du projet (anglais)
Voici le compte rendu des développements du projet de lutte contre la dystrophie musculaire.
- Nous optimisons le code de l'application MAXDO (c'est le programme qui effectuera les calculs sur la grille). Le code de l'application MAXDO a été optimisé pour que les récepteurs et les ligands des protéines soient maintenant étudiés parallèlement au processus de minimisation de l'énergie. En conséquence, l'amarrage moléculaire (docking) de deux protéines sera environ 4 à 5 fois plus rapide par rapport à l'ancienne version du programme.
- Nous terminons l'implémentation et l'optimisation de JET (le programme qui permet de prédire la position des sites de liaisons à la surface des protéines) qui fonctionnera en interaction avec l'application MAXDO. En raison de l'importante puissance informatique qu'exige le docking moléculaire, il est important de réaliser les prédictions avec JET avant d'effectuer les calculs avec MAXDO. La prédiction préalable des sites de liaison à la surface des protéines permettra de réduire considérablement la surface de la protéine qui sera examinée par MAXDO sur vos ordinateurs.
- En ce moment, nous travaillons sur la symbiose entre les deux programmes, JET et MAXDO. Nous rencontrons deux problèmes :
1. Pour être certain de disposer de suffisamment d'informations de manière à reconnaître les partenaires appropriés, nous voulons estimer la surface des protéines pour lesquelles nous devons effectuer un amarrage moléculaire.
2. Afin de découvrir les partenaires adéquates, nous voulons développer des critères numériques qui seront intégrés aux prédictions et à l'analyse réalisées par JET et MAXDO. Ces critères seront semblables à ceux qui avaient été développés pour la première phase du projet.
Dès lors que la symbiose entre les deux programmes aura été trouvé, nous apporterons la touche finale au code de l'application MAXDO. Ce travail devrait prendre une bonne semaine. Ensuite, le code sera confié aux techniciens du World Community Grid (pour finir, le portage de l'application sur la grille - audit de sécurité, gridification, alpha et bêta tests, etc- devrait prendre entre 12 et 18 semaines)
Enfin, mais tout aussi important, des chercheurs français nous communiquent tout un ensemble de protéines jouant un rôle dans l'apparition et le développement de la dystrophie musculaire, ces protéines seront testées lors de la phase 2 du projet. Au cours de cette deuxième phase de calcul, nous rechercherons les partenaires des protéines sélectionnées parmis un vaste choix de candidats potentiels.
Au plaisir de travailler avec vous très prochainement sur le projet.
Recevez mes sincères salutations
Alessandra