29 Juin 2006
Aujourd'hui j'ai rencontré les personnes qui
conçoivent les programmes de sciences des lycées
et
collèges publics pour discuter de la
possibilité
d'incorporer rosetta@home dans les cours de science. Je pense
que
participer à un vrai projet de recherche pourrait
être
plus inspirant que de juste apprendre de la théorie ; Je
n'ais
moi même presque jamais trouvé les cours
de science
très amusant ou intéressant -- ce qui est
passionnant
c'est de découvrir les nouvelles choses
davantage
que d'apprendre des choses
découvertes il y a
bien longtemps. Quoi qu'il en soit, ils étaient
très
intéressés et nous devrions avoir quelques
projets
pilotes dans ces écoles.
Ce message board a été ce qui m'a
donné
l'idée pour monter un tel projet -- il m'a
été
vraiment amusant et gratifiant d'essayer d'expliquer notre recherche
et de répondre à toutes vos questions. En vue de
rendre
le projet plus éducatif, nous travaillons, avec l'aide d'un
expert de Microsoft en la matière , pour
accroitre la
réotractivité avec vous les participants en ce
qui
concerne les résultats que vos propres ordinateurs
calculent. Si
tout va bien vous le découvrirez dans peu de temps.
28 Juin 2006
Les cibles du CASP
(Critical Assessment of
techniques for protein Structure Prediction - concours international
des meilleurs programmes de prédiction de repliement des
protéines)
continuent à nous être renvoyés et nous
sommes
pleinement occupés à analyser les
résultats. Nous
avons moins d'un jour pour chaque cible. En comparant ceci avec le
temps nécessaire pour résoudre ce type de
structure
à l'aide de la
cristallographie aux rayon X ou de la R.M.N.
(Résonnance Magnétique Nucléaire)
: il
aurait fallu une bonne année, et souvent grâce
à
l'aide considérable de l'intuition humaine.
Peut-être que
les prédictions de structures expérimentalement
déterminées seraient
légérement meilleure en qualité mais
c'est sans
commune mesure avec le temps qu'il faudrait passer pour arriver
à un résultat finalement très proche.
Deux questions pertinantes ont été
soulevée sur le crunching
boards :
Etant donné
que de nouvelles
méthodologies sont en développement, il y
aurait-t-il un
moyen pour améliorer le mécanisme
utilisé qui
consiste en quelque sorte à chercher une aiguille
dans une
botte de foin et de plutot commencer par exemple à se
concentrer
autour de la structure réelle des proteines ?
Réponse : les bons
modèles seront toujours une fraction infime des
structures
générés juste parce qu'il y a
énormément de conformations
(arrangements) alternatifs pour une chaîne de
protéine.
Mais pour avoir confiance en les prédictions
obtenues, il
doit y avoir une convergence entre les plus basses énergies
obtenues sur une structure simple. Comme nos méthodes
s'améliorent et que la puissance de calcul augmente, trouver
les
bons modèles équivaudra toujours à
trouver une
« aiguille dans une botte de
foin » dans la
totalité de la population globale, mais dominera de plus en
plus
dans cette population les modèles ayant les plus basses
structures énergétiques
Et est-ce que ce le but (d'après ce que je
comprends) du projet se déplace vers une phase de conception/d'assemblage moléculaire?
Réponse : Non, alors
ça c'est la solution au problème de
prévision de
structure, ce n'est pas nécessaire pour la
réussite de la
conception et de l'assemblage moléculaire (certainement, bien que, des
méthodes plus précises de prévision
effectuent les
deux domaines). Nous avons déjà eu des
succès
considérables avec la conception et la modélisation moléculaire.
Après le
CASP nous mettrons en place la phase d'assemblage moléculaire et nous
concevrons
des calculs sur l'application rosetta@home, tout comme
nous continurons à améliorer nos
méthodes de
prévision de structure.
21 juin 2006
Les cibles de CASP continuent à entrer, et nous
avons plus
à faire que jamais--notre « salle de
commande du
CASP » avec Rhiju, Bin et d'autres
personnes qui passent rageusement à travers les cibles, des
morceaux de papier avec diverses informations sur
chacune des cibles dispersé un peu partout dans la
pièce, etc. vous pouvez imaginer la scène
!
Les structures de quelques unes des cibles ont maintenant
été publié , mais ils sont tous dans
la catégorie
« comparative modeling » (modélisation
comparative) c'est à cet endroit que la copie
d'une structure connue donne déjà une bonne
solution (nous essayons d'affiner ces modèles
commençants en utilisant la partie du protocole de Rosetta
fonctionnant en haute résolution). Nous n'avons pas
employé Rosetta pour calculer ces
protéines car ils
prennent moins du temps. Nos résultats sont bons
comparés à ceux des serveurs automatiques, mais
nous ne saurons pas de quelle façon ils s'assemblent
comparé aux résultats des autres participants et
ceci jusqu'à la
réunion de novembre.
Nous avons obtenu plusieurs nouvelles passionnantes hier d'une
expérience analogue de prévision
appelé CAPRI sur un assemblage protéine-protéine. Pour
ce problème, qui consiste à trouver la plus basse
énergie pour un
arrangement couplé de deux structures de
protéine et qui donne les coordonnées des
protéines prisent isolement, notre
approche est très semblable à ce qui fonctionne
sous
rosetta@home--il y a une première recherche en basse
résolution suivie de l'affinage au niveau atomique. Chu
Wang, un étudiant agrégé du groupe, a
fait une
prévision pour la série la plus
récente de CAPRI, et elle s'est
s'averée être mieux faite que toutes les autres
prévisions fait par le groupe :
http://capri.ebi.ac.uk/round10/R10_T26/ (déroulez
jusqu'en bas « medium
predictions »(
« prévisions
moyennes ») ; nous en sommes au
groupe 80).
En conclusion, pour répondre à une question
posée
sur le forum de discussion, beaucoup de protéines se
composent
d'une multitude de
« domaines »
indépendamment pliés. Dans la plupart des cas, il
est possible
d'identifier l'ordre de l'acide aminé à
l'endroit même où sont situés les
frontières entre les domaines, et dans ces cas nous
effectuons des calculs de repliement séparément
pour chaque domaine. Ceci à fin de produire des
modèles pour différentes parties d'un
ordre d'acide aminé, et nous devons alors assembler ces
derniers
dans une structure cohérente. Pour celà nous
employons un
protocole
encore très semblable à celui que vous faites
fonctionner,
sauf que
la seule variation permise est dans l'éditeur de liens entre
les
domaines, en général autour 10
résidus, alors que
la structure à l'intérieur du domaine est
maintenue fixe (c'est tout à fait
analogue au problème d'assemblage moléculaire que j'ai
mentionné
ci-dessus).