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Le projet allemand POEM@Home lancé, il y a un peu plus d'un mois, par le centre de recherche de Karlsruhe monte constamment en puissance. Actuellement ce sont 800 personnes qui calculent activement sur le projet, produisant une puissance de calcul d'environ 800 Gigaflops.
Ci-dessous, vous trouverez la traduction d'un message posté par le Dr Wolfgang Wenzel, directeur du projet POEM@home. Il explique les buts du projet, et rentre dans le détail des maladies étudiées.
"Le projet vise la réalisation de deux objectifs à des horizons différents :
1) A court terme : notre groupe se concentrera sur les protéines : Il s'agira notamment d'un projet lié au paludisme et à l'onchocercose (aussi appelée cécité des rivières), et d'une approche assez générique : la méthylation de l'ADN dans le cadre d'un cancer (ces deux recherches sont menées en collaboration avec des groupes travaillant dans le domaine de la recherche expérimentale). Nous venons juste d'obtenir le financement d'un de ces groupes qui travaille sur la conception de médicaments, plus spécifiquement sur les chimiokines. Les chimiokines sont des protéines qui permettent l'orientation des cellules du système immunitaire (par exemple vers le site d'une inflammation). POEM@HOME appuiera ce projet en modélisant les interactions des chimiokines avec leurs récepteurs. Le but de ce projet sera de mettre au point des molécules qui bloqueront ces sites et ainsi désactiveront la fonction du chimiokine.
Nous travaillons également, comme le reste de la planète, sur les agrégats de bêta-amyloïde, responsables de la maladie d'Alzheimer et d'un certain nombre d'autres maladies dégénératives du système nerveux. Très franchement, je ne parierai pas sur les méthodes de calcul pour apporter un remède à la maladie d'Alzheimer, mais, en tout cas, je pense que ces études sont importantes pour notre compréhension fondamentale. Les autres projets résumés ci-dessus ont une incidence plus directe sur les maladies citées.
2) Long terme : L'objectif à long terme est de mettre au point des méthodes plus efficaces pour prévoir la structure des protéines, de les tester dans le cadre d'une expérience CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction : évolution fondamentale des techniques de prédiction de la structure des protéines) ou d'autres méthodes de validation. Puis de les mettre ensuite à disposition des biologistes, des pharmaciens et des médecins. Les membranes sont composées pour beaucoup de protéines (elles représentent 50% de tous les médicaments ciblés), mais il n'existe aucune méthode de routine qui permettrait de mesurer la structure protéique des protéines membranaires. C'est pourquoi nous disposons actuellement de la structure d'environ 40 000 protéines gravitant en dehors des membranes, mais ce chiffre diminue à 150 pour les protéines situées à l'intérieur des membranes et beaucoup d'entre elles sont des protéines apparentées. L'homologie pour la prédiction de la structure des protéines membranaires est limitée par le fait qu'il y a très peu de structures disponibles. Donc, si nous sommes capables d'utiliser POEM@HOME pour prédire la structure des protéines membranaires, nous et d'autres personnes pourrons faire de nombreux progrès contre de nombreuses maladies qui menacent actuellement l'humanité. Notre contribution à cet effort sera essentiellement le développement de la méthode, plutôt que le travail sur des maladies spécifiques".