Message de Nicolas Maire sur le forum Malariacontrol.net
Nous avons cloturé il y a quelques temps la création de nouveaux comptes lorsque nous avons atteint un niveau de performance optimal. Il y a actuellement 12 simulations qui évaluent les paramètres du modèle pour differentes formulations. L'ajustement des paramètres pour chaque modèle prend un peu plus de temps que nous l'avions prévu. Cependant, nous ne pouvons pas accélérer ce processus en augmentant simplement le nombre d'ordinateurs et en permettant à de nouveaux utilisateurs de s'inscrire (créer un compte). La raison est qu'il est difficile de trouver un bonne optimisation de l'algorithme dans un environnement aussi parallèlisé et où les délais de calcul des unités de travail sont relativement longs et très variables d'un utilisateur à l'autre. Ceci signifie que le gain à calculer plus d'unités de travail en parallèle n'est pas très grand à l'heure actuelle car nous avons atteint la limite de ce que nous pouvions faire. Par conséquent, nous réouvrirons l'inscription à plus d'utilisateurs, lorsque :
- Nous serons allés plus loin dans l'amélioration et l'optimisation de l'algorithme, ou
- Que nous aurons plus de simulations à faire fonctionner simultanément, ou
- Si une baisse de production des unités de travail se produit en raison de la lassitude des utilisateurs.
Entre les séries qui relient les paramètres aux données, nous faisons fonctionner des séries d'unités qui font des prévisions en fonction des différents plans d'action : nous étudions actuellement l'impact épidémiologique de différents vaccins et leurs rapport coût/efficacité en fonction de différents modes de distribution. Nous étudions l'effet d'utiliser différentes versions du modèle sur ces prévisions ainsi que l'effet de faire différentes hypothèses suivant certaines caractéristiques des vaccins (leur efficacité protectrice, la durée de l'effet protecteur, la population couverte par l'intervention, etc.). Malariacontrol.net fournit de ce fait uniquement une prévision de l'impact que ces interventions ont sur l'épidémiologie. Ici à Bâle, nous avons une base de données (écrite dans le langage de programmation Ruby en utilisant un cadre d'applications en rails) qui relie ces résultats aux données concernant les coûts afin de prévoir l'efficacité de ces plans d'intervention. Cette partie n'est pas gourmande en puissance de calcul au contraire de la réalisation de prévisions épidémiologiques.
Nous analysons actuellement la première série complète de modèles prédictifs. Nous sommes maintenant à un moment où nous pouvons envisager d'ajouter plus de plateformes. Nous projetons de faire fonctionner l'application sur Mac et sur Linux 64-bits. Nous avons demandé le matériel et les compilateurs nécessaires et commencerons à y travailler dans les semaines qui viennent. L'application map predictor (prédiction géographique) que nous avons mise en marche il y a quelques jours, semble plus stable mais ne fonctionne toujours pas parfaitement sur l'ensemble des ordinateurs. La raison est que ce n'est pas une application scientifique , mais une adaptation de cette dernière à BOINC, qui parfois ne copie pas le dossier dans le répertoire prévu.
Je vous tiendrai informé, sous peu, de la façon dont nous procèderons par la suite.
Nick.