- Partenariat avec les lycées publics
- Résultat des travaux précédents : prévision des complexes protéine-protéine
- Travaux en cours : Modélisation des changements conformationnels de la protéine
- CaSP7 : Niveau d'exactitude sans précédent des prévisions sans visibilitées
- Publication scientifique prévue pour le début de l'année 2007
Partenariat avec les lycées publics :
Aujourd'hui, j'ai rencontré Nancy Hutchinson et son équipe d'éducateurs qui travaillent étroitement avec des professeurs à la mise sur pied dans les lycées d'ateliers scientifiques en biologie moléculaire et des protéines. Nous sommes très heureux à l'idée de travailler conjointement, d'intégrer rosetta@home à ces ateliers, et de développer une version « virtuelle » du cours qui fournira une introduction complète aux protéines et aux fondamentaux scientifiques de rosetta@home sans que les lycéens aient forcément les pré-requis scientifiques. Tim Herman, qui produit de magnifiques modèles de protéines pour les étudiants participera également à cette expérience humaine (voir http://www.rpc.msoe.edu/cbm/ (anglais)). Le programme de Nancy pour les professeurs est décrit à l'addresse suivante : http://www.fhcrc.org/science/education/educators/sep/ (anglais)
Résultat des travaux précédents : prévision des complexes protéine-protéine
Le mois précédent, Chu Wang a obtenu des résultats extrêmement encourageant. Précédemment l'équipe Rosetta était capable de prévoir la structure d'un complexe protéine-protéine en ayant comme point de départ la structure de chacune des deux protéines prises indépendamment, mais ceci uniquement lorsque ces deux structures ne changeaient pas significativement lorsqu'elles interagissaient entre elles. Maintenant Chu est capable de produire des prévisions précises pour les complexes dont la structure des protéines individuelles change considérablement au moment de la liaison. Il est capable d'obtenir de tels résultats en optimisant simultanément la position relative des deux protéines ainsi que leurs structures. Inutile de dire que c'est une recherche extrêmement exigeante en ressource informatique qui ne pourrait être mené sans Rosetta@Home.
C'est une étape extrêmement importante, puisque les recherches de Chu devrait maintenant permettre la prévision des interactions protéine-protéine en général, ce qui est quelque chose d'extrêmement utile en biologie moléculaire.
Travaux en cours : Modélisation des changements conformationnels de la protéine.
Brian Kidd vient juste de me montrer des résultats très prometteurs dans un autre domaine de recherche: la modélisation des changements conformationnels de la protéine. De nombreuses protéines changent leur structure et leur fonction lorsqu'elles se lient à une petite molécule d'activation. Brian vient juste de commencer les calculs sur rosetta@home, et a déjà obtenu des résultats passionnants, en partant de la structure des protéines liées à de tels activateurs, s'il retire la petite molécule, la protéine commute de nouveau à l'état obtenu expérimentalement en l'absence de cette petite molécule. C'est une étape vers la modélisation des mouvements qui sont la base des voies de signalisation utilisées pour la communication à l'intérieur et entre des cellules.
CaSP7 : Niveau d'exactitude sans précédent des prévisions sans visibilité
Notre analyse des prévisions du CASP7 de rosetta@home continue à devenir encore plus passionnante -- il s'avère que plusieurs de ces prévisions sans visibilité ont atteinds un niveau d'exactitude qui est sans précédent, et qui permet aux modèles d'être employé pour des applications, telles que résoudre le problème de phase par diffraction de rayon-X, qui semblait hors de portée lorsque nous avons commencé nos recherches. L'assesseur du CASP7 Randy Read a fait une première découverte importante grâce aux prévisions de Rhiju et de Bin, et il continue de travailler avec nous pour mieux définir les avancés qui ont été faites.
Publication scientifique prévue pour le début de l'année 2007 :
Le mois prochain où le suivant, nous allons commencer à écrire un article scientifique qui décrira tout les progrès effectués grâce à votre contribution. Nous continuerons également de nouvelles recherches dans la prévision de structure de protéine et à améliorer les domaines de recherches dejà ouvert et dont la solution nous parait probable grâce à votre contribution. En outre, comme je l'ais dejà dit dans une précédente intervention, nous allons commencer un travail pour mettre en place une réelle interactivité sur rosetta@home, ainsi vous pourrez être impliqué de façon plus directe dans les recherches !