Source de l'avancement du projet : site internet de Raphaël BOLZE (Laboratoire de l' Informatique du Parallèlisme , Ecole Normale Supérieure de Lyon)
Comme vous le savez, le projet Help Defeat Muscular Dystrophy (Lutte contre la dystrophie musculaire) se déroule en 2 phases distinctes.
- Phase I : 168 protéines appartenant à une base de données de référence sont appariées 2 à 2. Les résultats de cette première étape permettront par la suite aux chercheurs de réduire l'espace d'exploration aux seules zones pertinentes.
- Phase II : à partir des résultats de la phase I, les algorithmes permettant de faire un tri sur les zones pertinentes sera validé sur un ensemble de 4000 protéines
Nous sommes actuellement dans la première phase uniquement disponible depuis l'UD Agent (voir ici pour la méthode d'inscription).
Le graphique et le tableau suivant résument le pourcentage d'avancement de cette première phase du projet. Ils sont mis à jours tout les mercredis.
- La partie verte représente les protéines qui ont été traitées par les internautes participant au WorldCommunityGrid
- La partie rouge représente les protéines en attentes d'être traitées (ou en cours de calcul)
La courbe a une forme exponentielle, les plus petites protéines qui demandent le moins de calcul ont été traitées en premier. Et nous terminerons par les protéines les plus gourmandes en calcul. L'ordre d'envoi des calculs respecte l'ordre croissant des protéines
Les scientifiques espèrent que les calculs de cette première phase seront terminés au cours du mois de juin. C'est pas gagné puisqu'on en est seulement à la moitié des calculs après 5 mois de fonctionnement, d'après mes calculs si on reste à la puissance actuelle (51 000 unités/jours), il faudrait encore 65 jours de calculs pour arriver à bout de la première phase. Donc jusqu'au 10 Juillet
A moins que World Community Grid décide de favoriser le projet au détriment des 3 autres (FightAids, Genome Comparison et HPF2)
| Calculées | Total | |
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Nombre de protéines
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143 ( 85.119 %) |
168 |
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Temps CPU estimé
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7 s 7 a 139 j 56 min 57 s (47.518 %) |
14 s 88 a 237 j 19 h 45 min 54 s |
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Quantité de données
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92 Go (73.341 %) |
126 Go |
Le temps estimé pour terminer la phase I du projet est donc de 14 siècles de calcul pour un processeur AMD Opteron(tm) Processor 246 (2Ghz). Cette estimation a été obtenue en calculant 28 224 unités sur les 600 machines de la grille GRID'5000.
Sur la page du World Community Grid, on peut voir que le projet a dejà consommé 56 siècles de calculs, ce qui est largement supérieur à l'estimation effectuée sur GRID'5000. Ceci pour trois raisons,
- Le processeur utilisé comme référence est moins puissant sur WCG.
- Il n'est pas possible de tirer parti des optimisations qui ont été utilisées lors de l'estimation sur Grid5000.
- Certains résultats sont calculés plusieurs fois sur World Community Grid soit parce qu'ils sont erronés, soit parce qu'ils dépassent le délai d'attente fixé pour obteinir les résultats.
Il y a donc un facteur 10 entre le temps CPU estimé sur la grille Grid'5000 et le temps réel d'exécution sur les machines du WorldCommunityGrid.