Docking@Home

Projet de l'Université du Delaware. Le but est de mettre en oeuvre la technique de chromatographie en phase gazeuse pour approfondir les connaissances des interactions protéine-ligand.

INSCRIPTION 

Télécharger Boinc (tutorial)

URL du projet : http://docking.cis.udel.edu

• Début du projet : 11 septembre 2006
• Statut : Bêta test

Les résultats : domaine public

Les résultats (meilleurs ligands prévus)

Document en français expliquant le processus de recherche

Cibles étudiées

1hvi	1hvj	1ajv	1ajx	1c70	1d4h
1d4i	1d4j	1dif	1ebw	1ebz	1g2k
1g2k	1g35	1gno	1hbv	1hih	1hps
1hpv	1hpx	1hsg	1htf	1hvk	1hvl
1iiq	1m0b	1ohr	1t7k	2bpv	2bpy

Description du projet

DAPLDS ou Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System (dynamique adaptative d'assemblage moléculaire d'un système Protéine-Ligand ) est un projet en collaboration entre l'université du Texas d'El Paso, l'institut de recherche Scripps (TSRI), et l'université de Californie - Berkeley. Le projet DAPLDS permet, par la mise en exécution et l'utilisation de l'outil internet, une modélisation adaptative multi-échelle dans un environnement Chromatographique en phase gazeuse (GC), il promouvra la connaissance des détails atomiques des interactions protéine-ligand et, de ce fait, accélèrera la découverte d'innovations pharmaceutiques. Les buts du projet sont :

1. D'explorer la nature multi-échelle des algorithmiques adaptés à l'assemblage protéine-ligand

2. De développer des infrastructures internet basées sur des méthodes et des modèles informatiques qui s'adapteront efficacement à ces algorithmes

Pour en Apprendre plus (en anglais) au sujet du contenu scientifique et informatique du projet Docking@Home.

Table des Matières

• 1 - Le Projet
• 2 - L'équipe
• 3 - Publications

1. Le Projet

Comme la plupart d'entre vous le savent dejà, le projet Docking@Home est né de l'idée de Michela Taufer, actuellement Professeur assistant dans le service d'informatique de l'Université du Texas à El Paso (UTEP). Docking@Home consiste en la mise au point d'un système de dynamique adaptative d'assemblage moléculaire d'un système Protéine-Ligand (DAPLDS : Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System ). Ce projet implique une collaboration entre l'Université du Texas à El Paso (UTEP), l'Institut de recherche Scripps (TSRI), et l'Université de Californie à Berkeley. Le projet mettra en oeuvre une modélisation adaptative multi-échelle dans un environnement de calcul volontaire et promouvra la connaissance des interactions protéine-ligand au niveau atomique. Ainsi celà accélèrera la découverte de nouveaux produits pharmaceutiques. Les buts du projet sont :

1. D'explorer la nature multi-échelle des algorithmiques adaptés à l'assemblage protéine-ligand.

2. De développer des infrastructures internet basées sur des méthodes et des modèles informatiques qui s'adapteront efficacement à ces algorithmes.

2. L'équipe

L'équipe du projet Docking@Home est composée d'enseignants, de chercheurs et d'étudiants. Voici la liste :

Directrice du projet (Principal Investigator, PI) : Michela Taufer est Professeur assistant dans le Département d'informatique de l'Université du Texas à El Paso (UTEP) et directrice du projet Docking@Home. Michela a rejoint l'UTEP en janvier 2005. Ses intérêts de recherches incluent de nouveaux algorithmes et architectures pour les ressources et les applications gourmandes en temps de calcul dans la chimie, physique, et la bio-informatique ; migration efficace de simulations à grande échelle aux systèmes de calculs globaux basés sur les ressources publiques ; l'analyse d'exécution, la modélisation et l'optimisation des simulations à grande échelle hétérogènes, sur des systèmes distribués.

Roger Armen, Spécialiste de l'application Charmm (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)

Trilce Estrada, Experte en Scheduling (ordonnancement)

Kevin Kreiser, designer

3. Publications

• M. Taufer, R.S. Armen, J. Chen, P.J. Teller, and C.L. Brooks III: Computational Multi-Scale Modeling in Protein-Ligand Docking. IEEE Engineering in Medicine and Biology Magazine, 2008 (In Press).
• M. Taufer, M. Crowley, D. Price, A.A. Chien, and C.L. Brooks III: Study of an Accurate and Fast Protein-Ligand Docking Algorithm based on Molecular Dynamics. Concurrency and Computation: Practice and Experience. Volume 17, Issue 14, Pages: 1627-1641, December 2005.
• T. Estrada, O. Fuentes, and M. Taufer: A Distributed Evolutionary Method to Design Scheduling Policies for Volunteer Computing. In Proceedings of ACM Computing Frontiers 2008, May 2008, Ischia, Italy.
• G. Lopez, M. Taufer, and P.J. Teller: Evaluation of IEEE 754 Floating-Point Arithmetic Compliance Across a Wide Range of Heterogeneous Computers. In Proceedings of the 2007 Richard Tapia Celebration of Diversity in Computing Conference, October 2007, Orlando, Florida, USA.
• M. Taufer, A. Kerstens, T. Estrada, D.A. Flores, and P.J. Teller: SimBA: a Discrete Event Simulator for Performance Prediction of Volunteer Computing Projects. In Proceedings of the International Workshop on Principles of Advanced and Distributed Simulation 2007 (PADS'07), June 2007, San Diego, California, USA.
• M. Taufer, A. Kerstens, T. Estrada, D.A. Flores, R. Zamudio, P.J. Teller, R. Armen, and C.L. Brooks III: Moving Volunteer Computing towards Knowledge-Constructed, Dynamically-Adaptive Modeling and Scheduling. To appear in Proceedings of the First Workshop on Large-Scale, Volatile Desktop Grids (PCGrid'07), in conjunction with IPDPS'07 March 2007, Long Beach, California, USA.
• T. Estrada, D. Flores, M. Taufer, P. Teller, A. Kerstens, and D. Anderson: The Effectiveness of Threshold-based Scheduling Policies in BOINC Projects. In Proceedings of the 2st IEEE International Conference on e-Science and Grid Technologies (eScience 2006). December 2006, Amsterdam, The Netherlands.
• M. Taufer, P.J. Teller, D.P. Anderson, and C.L. Brooks III: Metrics for Effective Resource Management in Global Computing Environments. In Proceedings of the 1st IEEE International Conference on e-Science and Grid Technologies (eScience 2005). December 2005, Melbourne, Australia.
• M. Taufer, D.P. Anderson, P. Cicotti, and C.L. Brooks III: Homogeneous Technique to Ensure Integrity of Molecular Simulation Results Using Public Resources. In Proceedings of the 14th Heterogeneous Computing Workshop (HCW 2005), with IPDPS 2005, April 2005, Denver, Colorado.
• M. Taufer, M. Crowley, D. Price, A.A. Chien, and C.L. Brooks III: Study of an Fast Protein-Ligand Docking Algorithm based on Molecular Dynamics. In the Third IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology 2004), in conjunction with IPDPS 2004, April 2004, Santa Fe, New Mexico.

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