On vient d'apprendre le nom du prochain projet du Decrypthon qui fonctionnera sur la plateforme World Community Grid. Ce sera le projet Carbone d'assemblage et de modélisation moléculaire. C'est un projet coordonné par Alessandra Carbone , et piloté par J-M. Chesneaux, R. Lavery, P. Guicheney et coll., Laboratoire d'Immuno-biologie Cellulaire et Moléculaire des Infections Parasitaires - Génomique analytique , INSERM - Faculté de Médecine, Université Pierre et Marie Curie.
Il fonctionnait depuis la fin de l'année 2005 sur la grille universitaire du Décrypthon. Il pourra bénéficier, très certainement à partir de début décembre, de la formidable puissance de calcul développée par la grille WCG.
"L'objectif est d'effectuer la modélisation des interactions protéine/protéine, protéine/ADN des milliers de protéines dont la structure en 3 dimensions (3D) est connue, et disponibles dans la base de données GDB ."
La première phase du projet consistera à étudier 168 protéines dont les interactions sont dejà connues, elle devrait correspondre à 13 siècles de calcul sur un PC de 2 GHz soit 4 à 5 mois de calcul sur la grille WCG.
Dans un deuxième temps, si l'algorithme fonctionne, l'équipe Carbone devrait pouvoir passer au crible environ 4000 protéines.
"L'activité d'une molécule dépend de sa structure en 3 D et de ses interactions avec les autres molécules. Pour comprendre l'activité biologique des molécules qui interagissent entre elles, et si possible la modifier, il faut d'abord identifier leur structure en 3D, mais aussi le nombre d'atomes qui la composent et la nature de chaque molécule, les régions où s'effectuent les interactions et leur mécanisme à l'échelon atomique."
Source : Site internet du Decrypthon
Projet Alessandra Carbone de l'université Pierre et Marie Curie, Paris