C'est parti pour le Décrypthon. Il vient enfin de démarrer, faites chauffer les CPU!
Le Projet s'appelle Help Cure Muscular Dystrophy est fonctionne comme prévu sur la plateforme multi-projets World Community Grid. Il correspond à l'un des trois projets de grid computing en cours sur le Decrypthon: le projet A. Carbone. Les 2 autres projets sont présent uniquement sur des grilles universitaires (Bordeaux I, Lille I, Paris VI, Orsay, l’ENS Lyon et du Crihan à Rouen). Les recherches du Decrypthon sont financées en partie par les dons reçus lors du Téléthon. Donner son temps libre processeur à Help Cure Muscular Dystrophy c'est donc un complément aux mobilisations effectuées tout les ans lors du Téléthon. Les programmes du Decrypthon sont sélectionnés et mis en oeuvre par l'AFM (Association Française contre les myopathie) et le CNRS.
Le projet se déroulera en 2 phases :
La première phase devrait durer 2 mois, et ne sera disponible que sur l'UD Agent et sur Windows. Après ces 2 mois, les scientifiques du projet vont examiner les résultats. Si les résultats sont concluant, les chercheurs mettront en place les bases de la deuxième phase du projet.
Cette deuxième phase commencera en Août 2007, elle sera beaucoup plus longue puisque cette fois-ci on entrera dans le vif du sujet.
Si vous voulez participez à la première phase du projet, il va donc falloir installer l'UD Agent :
Guide D'installation et de mise en route de l'UD Agent
Pour ceux qui choisiront de s'orienter vers ce projet, N'oubliez pas de Rejoindre l'Alliance Francophone, et de revenir sur Boinc lorsque la première phase du projet sera terminée, 2 mois ça va passer très vite.
Merci Xter pour l'assemblage.
- Qu'est-ce que le Programme Décrypthon ?
- Quelles sont les fonctions des protéines ?
- Quelle est la structure d'une protéine ?
- Qu'est-ce que le docking entre une protéine et un ligand ?
Qu'est-ce que le Programme Décrypthon ?
Le Programme Décrypthon, lancé en mai 2004, est né d'un partenariat entre l'AFM (Association Française contre les Myopathies), le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) et IBM. Ce programme a pour objectif d'accélerer la compréhension des maladies génétiques, notamment des maladies neuromusculaires, en fournissant des moyens technologiques, financiers et humains à des équipes de recherche en génomique et protéomique.
Le programme inclut la mise à disposition d'une plate-forme technologique de pointe reposant sur les technologies de grille (Grid Computing). Celle-ci permet aux chercheurs de bénéficier de moyens de calcul très importants pour effectuer leurs travaux (IBM). Il fournit également aux chercheurs l'expertise et le support nécessaires au portage de leurs applications scientifiques sur la grille (CNRS), ainsi qu'un financement (AFM) de leur projet. En complément de ces trois partenaires fondateurs, le programme s'appuie sur la participation d'universités partenaires ainsi que sur le réseau à très haut débit RENATER (Réseau National de Télécommunications pour l'Enseignement et la Recherche), sur lequel sera connecté l'ensemble des ressources.
Quelles sont les fonctions des protéines ?
Les protéines sont à la base des mécanismes biologiques :
* ce sont des éléments biologiques qui catalysent toutes les réactions biochimiques dans le fonctionnement cellulaire (ce sont les enzymes).
* ce sont les éléments structuraux de base qui constituent les os, les muscles, les vaisseaux sanguins, etc.
Dans la mesure où les protéines jouent un rôle fondamental en biologie, les scientifiques ont séquencé le génome humain, qui constitue la « matrice » pour ces protéines. Il contient le code génétique qui spécifie la séquence en acides aminés, briques élémentaires qui constituent les protéines.
L'un des objectifs de la biologie moderne est de comprendre le rôle des protéines et comment elles interagissent dans la cellule.
Quelle est la structure d'une protéine ?
Les protéines sont de grosses molécules constituées par l'assemblage d'unités de base : les acides aminés. Les protéines ne restent pas à l'état de simples chaînes d'acides aminés, mais se replient en une forme compacte particulière (structure tridimensionnelle) qui donne la spécificité de sa fonction à la protéine.
Ainsi, la seule connaissance de la séquence en acides aminés ne suffit pas à nous indiquer le rôle de la protéine dans la cellule. Pour pouvoir assurer sa fonction, une protéine doit avoir une conformation particulière nommée « repliement tridimensionnel ». Pour jouer leur rôle, les protéines se replient par elles-mêmes. Ce processus de repliement des protéines qui est une étape fondamentale en biologie, reste un mystère.
Le nombre de conformations que peut prendre une protéine est en théorie très grand. Cependant, une seule structure correspond au repliement correct de la protéine trouvée dans l'organisme. Les cellules ont développé des mécanismes permettant d'aider les protéines à se replier correctement pour jouer leur rôle spécifique dans l'organisme.
Par ailleurs, quand les protéines ne se replient pas correctement, elles peuvent conduire à des développements pathologiques tels que la maladie d'Alzheimer, Huntington, Parkinson ou différents cancers.
Les informations obtenues sur la structure des protéines sont importantes. Elles permettent non seulement d'identifier les protéines partenaires, mais également de déterminer la manière dont ces interactions pourraient être perturbées par des mutations naturelles ou créées artificiellement dans l'une des protéines partenaires, ou encore par des molécules médicaments.
Qu'est-ce que la modélisation moléculaire ?
La modélisation moléculaire fait appel à des méthodes théoriques et à des moyens informatiques pour modéliser le comportement des molécules. Les méthodes de modélisation sont utilisées pour étudier la structure de systèmes biologiques comme le repliement des protéines, ou les interactions moléculaires entre une protéine et un ligand allant de systèmes biologiques simples (petites molécules) à des systèmes plus complexes (complexes de protéines).
Toutes les techniques de modélisation moléculaire décrivent les systèmes modélisés au niveau atomique. Le plus petit niveau d'information est l'atome ou un groupe d'atome.
Les interactions entre les atomes voisins (les atomes sont les plus petites unités élémentaires de la matière) peuvent être représentées par des interactions élastiques (ressort qui représente les liaisons chimiques). Un modèle mathématique complexe qui prend en compte la somme des énergies potentielles (force) décrit ces interactions entre les atomes.
Ainsi, pour des structures complexes comme les protéines (composées de centaines d'atomes pour les plus petites), la modélisation tridimensionnelle nécessite des moyens de calcul important.
Qu'est-ce que le docking entre une protéine et un ligand ?
Le rôle biologique de la plupart des protéines connues à ce jour n'est pas complètement élucidé. Les protéines qui participent à des processus biologiques bien décrits peuvent avoir des interactions avec d'autres protéines ou avoir d'autres fonctions qui sont sans rapport avec le processus dans lequel elles ont été identifiées initialement.
De la même manière, un grand nombre de protéines « hypothétiques » ont été décrites lors du programme de séquençage du génome humain. Pour ces protéines, la séquence en acides aminés est la seule information disponible. Aussi, pour chaque protéine, les chercheurs tentent-ils de trouver : le(s) protéine(s) partenaire(s) in-vivo, la structure tridimensionnelle de la protéine et de ses complexes ainsi que le type d'interaction (forte ou faible) entre les partenaires.
Le docking d'une protéine et de son ligand est une technique de modélisation moléculaire qui tente de prédire la position et l'orientation (la structure tridimensionnelle) d'une protéine en relation avec un ligand (une autre protéine, de l'ADN, un médicament, etc.).
Les méthodes de docking sont fondées sur des principes purement physiques. Même les protéines de fonction inconnue (ou qui ont été très peu étudiées) peuvent être « dockées ». Le seul pré requis est que la structure tridimensionnelle ait été déterminée expérimentalement, ou qu'elle puisse être estimée par une approche théorique.
Les techniques de docking peuvent être utilisées pour différentes approches, principalement dans le screening de banques de molécules chimiques pour sélectionner des médicaments potentiels.
Qu'est-ce que le docking entre une protéine et un ligand ?
Le rôle biologique de la plupart des protéines connues à ce jour n'est pas complètement élucidé. Les protéines qui participent à des processus biologiques bien décrits peuvent avoir des interactions avec d'autres protéines ou avoir d'autres fonctions qui sont sans rapport avec le processus dans lequel elles ont été identifiées initialement.
De la même manière, un grand nombre de protéines « hypothétiques » ont été décrites lors du programme de séquençage du génome humain. Pour ces protéines, la séquence en acides aminés est la seule information disponible. Aussi, pour chaque protéine, les chercheurs tentent-ils de trouver : le(s) protéine(s) partenaire(s) in-vivo, la structure tridimensionnelle de la protéine et de ses complexes ainsi que le type d'interaction (forte ou faible) entre les partenaires.
Le docking d'une protéine et de son ligand est une technique de modélisation moléculaire qui tente de prédire la position et l'orientation (la structure tridimensionnelle) d'une protéine en relation avec un ligand (une autre protéine, de l'ADN, un médicament, etc.).