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Le projet Proteins@home reprendra avant la fin de l'année
Les premières
unités de la troisième phase du
projet Proteins@home devaient être distribuées fin
décembre 2008. Cette phase de calcul
s'intéressera plus
particulièrement aux variations à
l'intérieur de quelques domaines
SCOP (Structural
Classification Of Proteins ; classification structurale des
protéines) plutôt qu'aux
variations entre les domaines SCOP.
Aider à vaincre la dystrophie musculaire (Help Cure Muscular Dystrophy)
Traduction
du message d'Alessandra Carbone sur le forum
du projet
L'analyse des données issues de la première phase du projet est maintenant terminée, nous serons bientôt en mesure de lancer la deuxième phase du projet ! Nous avons réussi à obtenir une très bonne complémentarité entre JET et MAXDO (JET est un programme de prédiction des sites de liaison, et MAXDO est un programme de docking moléculaire adapté au calcul partagé). Cette bonne complémentarité réduira considérablement le nombre de liaisons moléculaires qui seront calculées entre chaque protéine.
Le code de l'application MAXDO sera finalisé dans les prochaines semaines puis il sera remis aux techniciens du World Community Grid, dans environ 3 semaines. Cela ne signifie pas que l'équipe du World Community Grid sera en mesure de travailler dessus immédiatement, ils devront faire en fonction de leur emploi du temps. Dès qu'ils auront reçu le code, ils pourront communiquer une date approximative pour le début de la seconde phase du projet.
Dans le même temps, nous portons les dernières retouches à la liste des protéines qui seront utilisées pour les liaisons moléculaires de la phase II et nous allons faire tourner JET sur nos propres machines pour détecter les sites de liaison potentiels. Ces calculs permettront un premier filtrage des données de l'application MAXDO, ils réduiront le nombre des liaisons moléculaires qui devront être calculées à l'aide du calcul partagé.
Je tiens à vous remercier pour l'intérêt que vous avez montré au cours des derniers mois et pour la puissance de calcul que vous avez offert auparavant. Nous sommes impatient de travailler avec vous.
Cordialement,
Alessandra
L'analyse des données issues de la première phase du projet est maintenant terminée, nous serons bientôt en mesure de lancer la deuxième phase du projet ! Nous avons réussi à obtenir une très bonne complémentarité entre JET et MAXDO (JET est un programme de prédiction des sites de liaison, et MAXDO est un programme de docking moléculaire adapté au calcul partagé). Cette bonne complémentarité réduira considérablement le nombre de liaisons moléculaires qui seront calculées entre chaque protéine.
Le code de l'application MAXDO sera finalisé dans les prochaines semaines puis il sera remis aux techniciens du World Community Grid, dans environ 3 semaines. Cela ne signifie pas que l'équipe du World Community Grid sera en mesure de travailler dessus immédiatement, ils devront faire en fonction de leur emploi du temps. Dès qu'ils auront reçu le code, ils pourront communiquer une date approximative pour le début de la seconde phase du projet.
Dans le même temps, nous portons les dernières retouches à la liste des protéines qui seront utilisées pour les liaisons moléculaires de la phase II et nous allons faire tourner JET sur nos propres machines pour détecter les sites de liaison potentiels. Ces calculs permettront un premier filtrage des données de l'application MAXDO, ils réduiront le nombre des liaisons moléculaires qui devront être calculées à l'aide du calcul partagé.
Je tiens à vous remercier pour l'intérêt que vous avez montré au cours des derniers mois et pour la puissance de calcul que vous avez offert auparavant. Nous sommes impatient de travailler avec vous.
Cordialement,
Alessandra