QMC - les molécules analysées

Détails: Écrit par : Heyoka; Catégorie parente: Les Projets BOINC; Publication : 27 janvier 2007

Les Molécules Analysées

Unités actuelles : Effets d'empilement

Unités actuelles 2 : réaction d'isomérisation

Anciennes unités : Conformation de peptides

Anciennes unités 1 : pliage d'alcane

Anciennes unités 2 : paires de bases de l'ADN (Wikipédia pour en savoir plus sur l'ADN)

Anciennes unités 3 - Anciennes unités 4 (bêta test) - Anciennes unités 5 (alpha test)

Unités actuelles : Effets d'empilement

Avec ces calculs, nous voulons nous faire une idée des différents effets d'empilement pour des systèmes saturés et insaturés.

Le nom de ces unités est construit de la manière suivante : *_nm/nd/dm/dd/ad/adb/agd_hexadeca/anthracene.*

QMC QMC2 QMC3

QMC4 QMC5 QMC6

Unités actuelles 2 : réaction d'isomérisation (Conversion d'une molécule chimique en un de ses isomères)

Avec cette recherches sur les réactions d'isomérisation, nous espérons en apprendre plus sur ce que l'on appelle l'erreur des noeuds fixés (fixed node error). Cette erreur est l'une des principale limite de la méthode QMC.

Le nom de ces unités est construit de la manière suivante : one/two/three_e(duct)/p(roduct)NUMBER_isomerexp

Anciennes unités : Conformation de peptides

Nous nous intéressons aux conformations de peptides en tant que modèle quantique de base dans les processus de repliement (vous pouvez en apprendre davantage au sujet des isomères conformationels sur Wikipédia)

	PHE-GLY-GLY 114 Nom: 114 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 215 Nom: 215 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 224 Nom: 224 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 300 Nom: 300 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 357 Nom: 357 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 366 Nom: 366 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 412 Nom: 412 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 444 Nom: 444 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 470 Nom: 470 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 691 Nom: 691 temps processeur: 24 heures
	PHE-GLY-GLY 099 Nom: 099 temps processeur: 24 heures

Anciennes unités 1 : pliage d'alcane

Nous voulons utiliser le pliage d'alcane en tant que modèle quantique simplifié.

C14H30 replié

Nom: 14f temps processeur: 9 heures

C14H30 déplié

Nom: 14l temps processeur: 9 heures

C22H46 replié

Nom: 22f temps processeur: 36 heures

C22H46 déplié
Nom: 22l temps processeur: 36 heures

C30H62 replié
Nom: 30f temps processeur: 72 heures

C30H62 déplié
Nom: 30l temps processeur: 72 heures

Anciennes unités 2

Ensemble du repère JSCH2005-S22

Ces molécules servent d'étalonnage en chimie quantique. Cet étalonnage devrait démontrer le bon fonctionnement de QMC pour les systèmes faiblement liés. De bonnes valeurs d'étalonnage viendraient confirmer nos excellents résultats obtenus lors du calcul des interactions des paires de base de l'ADN.

Seuls les dimères sont représentés par une image, voilà la liste complète des monomères : 1a Ammoniaque ; 1 Dimère de l'Ammoniaque ; 2a Eau ; 2 Dimère de l'eau ; 3a Acide Formique ; 3 Dimère de l'Acide Formique ; 4a Formamide ; 4 Dimère de Formamide ; 5a Uracile ; 5 Dimère d'Uracile ; 6a 2-Pyridoxine ; 6b 2-Aminopyridine ; 6 2-Pyridoxine/2-Aminopyridine ; 7a Adénine ; 7b Thymine ; 7 Watson-Crick Adénine-Thymine ; 8a Méthane ; 8 Dimère de Méthane ; 9a Ethène ; 9 Dimère d'Ethène ; 10 Benzène/Méthane ; 11a Benzène ; 11 Dimère du Benzène ; 12a Pyrazine ; 12 Dimère de la Pyrazine ; 13 Dimère d'Uracile ; 14a Indole ; 14 Indole/Benzène ; 15 Adénines/pile de Thymine? ; 16b Ethine ; 16 Ethene/Ethine ; 17 Benzène/Eau ; 18 Benzène/Ammoniaque ; 19b Cyanure d'Hydrogène ; 19 Benzène/Cyanure d'Hydrogène ; 20 Dimère du Benzène ; 21 Indole/Benzène ; 22a Phénol ; 22 Dimère de Phenole

Nom de l'unité : benchXX (où XX représente le nombre de molécules)
Temps processeur : 10-24 h

1 Dimère de l'Ammoniaque 2 Dimère de l'eau

3 Dimère de l'Acide Formique 4 Dimère de Formamide

5 Dimère d'Uracile 6 2-Pyridoxine/2-Aminopyridine

7 Watson-Crick Adénine-Thymine 8 Dimère de Méthane

9 Dimère d'Ethène 10 Benzène/Méthane

11 Dimère du Benzène 12 Dimère de la Pyrazine

13 Dimère d'Uracile 14 Indole/Benzène

15 Adénines/pile de Thymine? 16 Ethene/Ethine

17 Benzènes/Eau 18 Benzène/Ammoniaque

19 Benzène/Hydrogène 20 Dimère du Benzène

21 Indole/Benzène 22 Dimère de Phenole

Anciennes unités 3

Note :

En ce moment, nous effectuons encore de nombreux calculs sur les paires de bases de l'ADN pour approfondir un peu plus nos bons résultats obtenus pour ces systèmes. Vous pouvez trouver les molécules en suivant le lien "Anciennes unités 4", cependant les temps de calcul donnés ne sont pas exacts, en fait beaucoup de ces calculs ont des durées sensiblement différentes.

Anciennes unités : molécules liées complexes

Projet en parallèle : Isomérisation de la Fluoropentane

dimère de Cytosine