Depuis 1994
et tous les
deux ans, la prédiction de la structure
des protéines donne lieu au CASP, un concours au cours
duquel
les participants simulent le repliement des protéines dont
la
structure cristalline a été
préalablement
établie. Ce concours est parrainé par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis
(une bibliothèque spécialisée en
médecine et dans les sciences et techniques
associées).Depuis lundi, les six premières cibles de la 8ème édition du concours CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) ont été rendues publiques. Les dernières cibles seront distribuées le 18 juillet et la fin du concours est fixée au 1er Août. Les premiers résultats seront rendus publics à partir du 1er septembre
Lors de la 7ème édition du concours CASP qui s'est tenue en 2006, ce sont plus de 250 équipes de recherche qui ont confronté la qualité de leur technique de prédiction de la structure repliée d'une protéine à partir de sa structure primaire. Ces équipes de recherche sont basées principalement en Europe (Pologne, Suisse, France, Allemagne, Irlande, Suède, Danemark, Lituanie, Italie, Espagne, Royaume-Uni, Portugal, Slovénie, Norvège) aux Etats-Unis et au Japon mais on peut également remarquer la participation d'équipes en provenance de Taïwan, Singapour, Israël, de Russie, du Canada, d'Australie et de Corée du Sud. La majorité des groupes de recherche viennent d'universités ou d'instituts de recherche public, mais une petite minorité appartiennent à des entreprises privées. (voir la liste complète des participants au CASP7)
Le CASP est un moment clé pour la plupart des groupes de recherches dans ce domaine. C'est un moyen pour les jeunes sientifiques de se faire connaitre, un lieu de rencontre pour la profession et un outil extrêmement puissant pour confronter et conserver les meilleures méthodes. Il n'est d'ailleurs pas rare que les groupes de recherche ferment leurs portes durant toute la durée du CASP pour se concentrer uniquement sur la prédiction des cibles du concours.
Le vainqueur du CASP7 a été l'équipe de Dr David Baker (université de Washington) grâce au serveur Robetta et au projet Rosetta@home, suivie de très près par le groupe du Dr Yang Zhang (université du Kansas) appuyé par un supercalculateur Dell (grappe de 474 processeurs)
Les résultats de cette édition ont été publiés dans de nombreux magazines scientifiques et notamment dans la très prestigieuse revue scientifique "Nature". Cette année encore, les participants qui trouveront grâce à leur ordinateur les structures de plus basse énergie seront cités dans ces publications.
Pour participer avec votre ordinateur à la 8ème édition du CAPS, vous avez le choix entre 2 projets :
Le projet Rosetta@home, de l'université de Washington qui tentera de conserver son titre. Au vu des derniers résultats obtenus par l'équipe du Dr Baker, Rosetta fait encore figure d'ultra-favoris de ce concours.
Le projet allemand POEM@home (centre de recherche de Karlsruhe) tiendra très certainement la dragée haute à Rosetta. POEM avait participé à la précédente édition du CASP et y avait déjà fait très bonne figure, alors que le programme de recherche ne bénéficiait pas encore de l'appui du calcul partagé (POEM n'a été lancé sur BOINC qu'en Octobre 2007).
Rosetta@home bénéficie actuellement d'une puissance de calcul de 70 teraflops et POEM@home de 7,5 teraflops
De façon plus générale, les résultats de vos calculs permettront d'informer la communauté scientifique et le public averti sur ce qu'il est actuellement possible de réaliser avec les toutes dernières méthodes de prédiction de la structure des protéines, mais également avec le soutien du calcul partagé.