WCG - OpenPandemics - COVID-19 fonctionne maintenant sur des machines avec des unités de traitement graphique
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Récapitulatif
Le logiciel qui alimente OpenPandemics - COVID-19 a été adapté pour utiliser la puissance du GPU. Cela aidera non seulement les chercheurs à cribler plus de molécules, mais pourrait également les aider à étudier des molécules plus complexes.
Depuis plusieurs mois, les chercheurs d'OpenPandemics - COVID-19 du Forli Lab de Scripps Research et l'équipe technique de World Community Grid travaillent en coulisses pour adapter AutoDock 4, le logiciel qui alimente le projet, pour une utilisation sur des appareils dotés d'unités de traitement graphique (GPU).
Au cours des tests bêta, nous avons constaté que les unités de travail exécutées sur les GPU de volontaires terminaient en moyenne 500 fois plus rapidement (temps GPU par rapport temps CPU) que la même quantité de travail lorsqu'elle était exécutée avec la version CPU d'AutoDock.
Qu'est-ce qu'un GPU ?
Une unité de traitement graphique (GPU) est un autre nom de la carte graphique à l'intérieur d'un ordinateur utilisé à l'origine pour afficher du texte et des images sur un moniteur. Au fur et à mesure que les GPU évoluaient, ils ont acquis de grandes quantités de puissance de traitement parallèle. Initialement, il s'agissait d'un sous-produit de l'accélération des calculs spécialisés liés aux graphiques, mais les fabricants ont finalement étendu ces capacités pour permettre des calculs à usage général. En conséquence, les GPU modernes peuvent effectuer certains types de calculs beaucoup plus rapidement que les unités centrales de traitement (CPU) qui orchestrent tout le travail dans un ordinateur. Afin d'utiliser un GPU pour des calculs scientifiques, cependant, les applications doivent être modifiées pour pouvoir utiliser des niveaux élevés de parallélisme afin d'exploiter efficacement les capacités de calcul des GPU.
Si un volontaire exécute OpenPandemics - COVID-19 sur un appareil doté d'un GPU approprié et ajuste ses paramètres en conséquence, cet appareil peut compléter les unités de travail beaucoup plus rapidement qu'un appareil utilisant simplement un processeur.
Pourquoi est-il important d'augmenter la vitesse de ce projet ?
AutoDock-GPU (AD-GPU) pourrait augmenter encore plus les chances du projet de trouver une molécule aux propriétés antivirales.
Comparé à AutoDock 4 (la version actuelle du logiciel utilisé pour OpenPandemics - COVID-19), AD-GPU est beaucoup plus rapide, ce qui augmentera considérablement le taux déjà incroyable de résultats ancrés.
En outre, AD-GPU dispose d'un algorithme de recherche amélioré qui présente une plus grande probabilité de trouver des interactions fortes entre les molécules et les protéines virales, et est bien adapté pour ancrer des molécules plus grandes ou plus complexes. Cela signifie que les chercheurs peuvent utiliser AD-GPU non seulement pour cribler plus de molécules, mais aussi pour permettre la recherche de molécules plus complexes.
Comparaison du GPU OpenPandemics au CPU pour les lots initialement ciblés sur le CPU 30010-30019 exécutés pendant les tests bêta. Les jours moyens pour terminer un lot entier (barres bleues) sont indiqués avec les points moyens par lot (barres orange). L'accélération moyenne globale était de 334 fois (le maximum observé était de 516x). La moyenne globale des points par lot met en évidence une augmentation de 1,6 fois de l'efficacité algorithmique du GPU. Cette efficacité accrue sera exploitée dans les packages ciblés par GPU et conduira à des points beaucoup plus élevés par lot de GPU.
Plus de molécules, des molécules plus complexes et en moins de temps ... tout cela est crucial pour aider à trouver des traitements potentiels pour un virus qui non seulement continue de se propager dans la plupart des pays du monde, mais qui continue également de muter.
Les appareils sans GPU sont-ils donc toujours importants pour ce projet ?
Oui ! Actuellement, environ 20 % seulement de la puissance de World Community Grid provient d'appareils dotés de GPU, de sorte que la participation de tous les ordinateurs compatibles CPU, appareils Android et Raspberry Pi qui le souhaitent reste cruciale.
Merci à tous ceux qui soutiennent OpenPandemics - COVID-19 !
6 avr. 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=693
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WCG - Africa Rainfall Project : Mise à jour d'avril
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Récapitulatif
Les chercheurs continuent de faire connaître le projet et s'efforcent de rendre les données faciles à partager.
Contexte du projet
Dans le cadre du projet Africa Rainfall Project, des chercheurs de l'Université de technologie de Delft créent des simulations informatiques à haute résolution de tempêtes de pluie localisées en Afrique subsaharienne. Grâce à la puissance de calcul massive et participative de World Community Grid, ils peuvent exécuter ces simulations à une résolution beaucoup plus élevée, exactement ce qui est nécessaire pour les orages localisés.
Cela n'a jamais été fait pour les orages dans cette région.
Ceci est important car 95 % de l'agriculture en Afrique dépend des précipitations. Le projet utilise des données générées à partir de World Community Grid, des données de The Weather Company et d'autres informations pour fournir des prévisions de précipitations plus précises. Ces informations peuvent aider les agriculteurs à mieux cultiver leurs cultures.
Présentations
En mars, le professeur Nick van de Giesen (chercheur principal du projet) a fait une présentation du projet à un groupe d'employés d'IBM. Vous pouvez lire une grande partie des informations qu'il a présentées dans leur dernière mise à jour de projet.
Camille Le Coz, membre de l'équipe de recherche, donnera une présentation à l' Assemblée générale de l'EGU 2021, une conférence virtuelle pour l'Union européenne des géosciences. La conférence est prévue pour la fin avril.
Stockage et partage de données
Les chercheurs continuent de travailler pour obtenir les données dans un format qui peut être facilement partagé avec d'autres scientifiques et le grand public. Pour faciliter cela, ils espèrent avoir une première version d'une interface Web prête dans plusieurs mois.
État actuel des unités de travail
World Community Grid envoie actuellement la génération 59.
(Une génération est un ensemble de travaux - dans ce cas, un ensemble de simulations informatiques des précipitations en Afrique subsaharienne.)
9 avr. 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=695
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WCG - OpenPandemics - COVID-19 : Mise à jour de mars
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Récapitulatif
Des tests bêta sont en cours pour les unités de travail GPU, ce qui peut aider à accélérer le processus d'identification des traitements potentiels pour la COVID-19.
La Dre Martina Maritan, membre de l'équipe de recherche,a créé une infographie (partie illustrée ci-dessus) sur le projet pour aider à décrire le processus de recherche complet.
Vous pouvez cliquer ici pour voir les détails complets.
Contexte
OpenPandemics - COVID-19 a été créé pour aider à accélérer la recherche de traitements potentiels contre la COVID-19. Le projet vise également à créer une boîte à outils open source à réponse rapide qui aidera tous les scientifiques à rechercher rapidement des traitements en cas de futures pandémies.
Fin 2020, les chercheurs ont annoncé avoir sélectionné 70 composés (parmi un groupe initial d'environ 20.000) qui pourraient être prometteurs pour être étudiés en tant qu'inhibiteurs potentiels du virus responsable de la COVID-19. Des tests en laboratoire sont actuellement en cours pour 25 de ces composés.
Test bêta pour les unités de travail GPU
Nous effectuons actuellement des tests bêta pour les unités de travail GPU.
(Les tests bêta sont généralement la dernière étape avant qu'un programme ou un produit ne soit mis à la disposition du grand public.)
Jusqu'à présent, l'équipe technique de World Community Grid a terminé quatre cycles de ces tests et a récemment lancé un cinquième cycle, que vous pouvez lire sur notre forum.
Test bêta du GPU OpenPandemics - 26 mars 2021
Bonjour à tous,
Nous allons commencer un nouveau test bêta pour le GPU OpenPandemics. Ce sera pour les 9 versions de l'application GPU (Windows, Mac, Linux sur AMD, Intel, NVIDIA). Le numéro de version de cette application est 7.28. Ce test comprendra une modification des résultats renvoyés et un correctif pour un problème détecté dans les versions bêta précédentes. Nous avons également apporté quelques modifications à la manière dont le temps maximum écoulé est autorisé par résultat pour éviter que les machines ne signalent le dépassement du temps maximum. Je commencerai par quelques lots au début pour m'assurer que tout fonctionne correctement, puis j'en mettrai plus dans la file d'attente une fois que je me sentirai à l'aise avec le déroulement de la bêta. Pour cette raison, je n'ai pas d'estimation exacte du nombre de lots / unités de travail qui seront envoyés. Si tout va bien, vous verrez peut-être plus d'unités de travail libérées au cours des prochains jours.
Merci encore pour votre aide,
-Uplinger
Chaque série de tests permet d'identifier les erreurs, qui sont ensuite corrigées avant la publication de la version finale. Nous sommes très reconnaissants à tous les bénévoles qui participent à ces tests en faisant don de leur puissance GPU et en documentant leurs résultats.
Même après la sortie des unités de travail GPU pour tous les volontaires avec des appareils équipés de GPU, nous continuerons à créer et à publier des unités de travail régulièrement qui utilisent la puissance du processeur (CPU). Cela aidera à maintenir le travail à un bon rythme et garantira que tous ceux qui souhaitent apporter une puissance de calcul puissent participer.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour le téléchargement : 1.682 lots
- En cours : 2 602 lots (18.377.085 unités de travail)
- Terminé : 30.576 lots
3071 lots au cours des 30 derniers jours
Moyenne de 102 lots par jour
- Reste-à-faire estimé : 16 jours*
* Nous allons créer plus d'unités de travail, car il n'y a plus de travail à faire pour ce projet.
26 mars 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=692
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WCG - Smash Childhood Cancer - Mise à jour de mars
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Les chercheurs poursuivent les tests en laboratoire sur des médicaments-candidats qui peuvent être efficaces contre des protéines et d'autres molécules qui jouent un rôle clé dans certains cancers infantiles.
Contexte
L'équipe de recherche du projet Smash Childhood Cancer a identifié des protéines et d'autres molécules qui jouent un rôle clé dans certains cancers infantiles. L'enjeu est maintenant de trouver des médicaments-candidats chimiques qui ciblent spécifiquement ces molécules clés et contrôlent donc les cellules cancéreuses.
Analyse des données
L'équipe de recherche continue d'analyser les données des lots de travaux précédents exécutés sur World Community Grid.
Vous trouverez ci-dessous les protéines clés qui ont été examinées jusqu'à présent et pour lesquelles nous avons de nouvelles mises à jour. Chaque protéine répertoriée est impliquée dans le développement d'au moins un type de cancer infantile.
- Bêta caténine : À la fin de l'année dernière, les chercheurs ont identifié un composé qui pourrait être efficace pour cibler cette protéine. Ce composé est actuellement en cours de test.*
- Ostéopontine : Les tests ont maintenant commencé sur plusieurs composés qui pourraient être efficaces pour cibler cette protéine.*
- PAX3 : FOX01 : À la fin de l'année dernière, les chercheurs ont identifié un composé qui pourrait être efficace pour cibler cette protéine, et les tests en laboratoire ont maintenant commencé pour le composé.*
* Les tests d'efficacité des composés en laboratoire nécessitent généralement plusieurs phases, et chaque phase peut prendre au moins plusieurs mois.
État actuel des unités de travail
Projet suspendu
18 mars 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=691
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WCG - Mapping Cancer Markers : Mise à jour de mars
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Les chercheurs continuent de travailler sur le World Community Grid tout en travaillant sur un article sur les marqueurs du cancer du poumon.
L'illustration ci-dessus (à partir d'une mise à jour antérieure du projet) représente des protéines regroupées par des interactions similaires et des fonctions biologiques similaires.
Le réseau d'interaction protéine-protéine humaine hautement interconnecté permet aux chercheurs de voir comment des protéines individuelles remplissent diverses fonctions moléculaires et contribuent ensemble à un processus biologique spécifique. Bon nombre de ces interactions changent entre les états sains et pathologiques, ce qui à son tour affecte les fonctions que ces protéines portent.
En analysant les données, les chercheurs de Mapping Cancer Markers visent à construire des modèles de ces processus qui pourraient à leur tour être utilisés pour concevoir de nouvelles approches thérapeutiques.
Contexte
Le projet Mapping Cancer Markers vise à identifier les marqueurs associés à différents types de cancer. Le projet analyse des millions de points de données collectés à partir de milliers d'échantillons de tissus de patients sains et cancéreux. Ceux-ci comprennent les tissus atteints de cancer du poumon, de cancer de l'ovaire et de sarcome.
Jusqu'à présent, le projet a terminé d'exécuter des données sur le cancer du poumon et les marqueurs du cancer de l'ovaire sur le World Community Grid. Les chercheurs étudient actuellement les marqueurs du sarcome, qui est un groupe de cancers qui commencent dans les os, les muscles ou d'autres tissus. Vous pouvez en savoir plus sur les résultats de l'équipe de recherche à ce jour ici.
Publication sur les marqueurs du cancer du poumon
Une ébauche du document est en cours de finalisation. L'équipe de recherche attend des données supplémentaires d'un collaborateur pour avancer.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 606 lots
- En cours : 1109 lots (10 492 542 unités de travail)
- Terminé : 70937 lots
1220 lots au cours des 30 derniers jours
Moyenne de 40,66 lots par jour
- Reste-à-faire estimé : 14,9 jours
16 mars 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=689
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WCG - Microbiome Immunity Project : Mise à jour de mars
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Les travaux se poursuivent sur trois articles sur le projet et l'un des chercheurs parlera du projet lors d'une conférence plus tard ce mois-ci.
Contexte
Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le projet Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul du World Community Grid pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela peut aider les scientifiques à comprendre le rôle du microbiome dans la maladie.
Jusqu'à présent, les chercheurs ont exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans leur réseau et ils auront encore plus de séquences à exécuter à l'avenir.
RosettaCon d'hiver 2021
Le Dr Julia Koehler Leman, l'un des membres de l'équipe de recherche, parlera du projet à la Winter RosettaCon 2021, une conférence virtuelle pour les utilisateurs du logiciel Rosetta.
(Rosetta, qui a été créé pour la modélisation moléculaire, est utilisé par l'équipe de recherche du Microbiome Immunity Project pour étudier les protéines produites par les bactéries à l'intérieur du microbiome intestinal humain.)
Articles en cours
Les chercheurs travaillent simultanément sur trois articles qui se trouvent à différentes étapes du processus de création. L'un des articles a déjà été soumis à une revue universitaire pour examen et les chercheurs analysent des ensembles de données pour les deux autres.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 5 759 lots
- En cours : 3 352 lots (5 852 847 unités de travail)
- Terminé : 327167 lots (1237 lots au cours des 30 derniers jours, soit une moyenne de 41,23 lots par jour)
- Reste-à-faire estimé : 139 jours
11 mars 2021
traduction de l'article de WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=688
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- WCG - Africa Rainfall Project : Mise à jour de mars
- Un supercalculateur composé d'unités centrales inutilisées rembobine des flux stellaires
- WCG - Smash Childhood Cancer - Mise à jour de janvier / février
- WCG - Africa Rainfall Project : Mise à jour de janvier / février
- WCG - Mapping Cancer Markers : Mise à jour janvier / février
- WCG - Microbiome Immunity Project : Mise à jour de janvier / février
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