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En quoi cela consiste ?
Les méthodes de criblage virtuel (CV) peuvent aider grandement dans le processus de découverte de nouveaux médicaments et la recherche clinique, en prédisant comment les ligands interagissent avec des cibles thérapeutiques déterminées. La plupart des méthodes CV présupposent un seul site de liaison avec la protéine, qui est normalement déduite de l'interprétation des informations cristallographiques disponibles sur la protéine. Toutefois, il a été démontré que cette affirmation est inexacte et que, dans de nombreux cas différents ligands interagissent avec différentes parties de la protéine, et la plupart des méthodes existantes de CV, y compris commerciale, ne tiennent pas compte de cet effet.
Pour résoudre ce problème nous avons développé BINDSURF, une nouvelle méthodologie de CV qui analyse en détail la surface de la protéine pour trouver des zones d'interaction potentielles où les ligand pourraient interagir, et qui a été conçue et mise en œuvre pour du matériel massivement parallèle comme le GPU, ce qui permet de traiter rapidement et efficacement de grandes bibliothèques de ligands.
Les prédictions obtenues avec BINDSURF permettent en plus de diriger leur application ultérieure à d'autres méthodes de CV sur des zones de la protéine déjà caractérisées par cette méthode, et donc son utilisation contribue à la découverte et la conception de médicaments, au repositionnement de molécules et à la recherche clinique.
Comment collaborer ?
Il suffit de joindre Boinc sur notre site puis sélectionnez ce projet particulier.
Equipe de recherche
BINDSURF a été développé initialement dans le Groupe de Recherche d'Architecture de Calcul Parallèle de l'Université de Murcie (http://www.um.es/gacop) et est actuellement en cours d'élaboration par le Groupe de Bioinformatique et de Calcul Haute Performance de l'université Université Catholique de Murcie à San Antonio (http://bio-hpc.eu).
Pour en savoir plus
Des informations plus détaillées sur BINDSURF peuvent être trouvées : http://bio-hpc.eu/software/bindsurf/
Source : http://ibercivis.blogia.com/2013/051601-unete-y-colabora-con-el-proyecto-bindsurf.php