WCG - Nouveau type d'unité de travail et nouveaux membres d'équipe pour FightAIDS@Home - Phase 2

Récapitulatif
FightAIDS@Home - Phase 2 a publié un nouveau type d'unité de travail plus efficace. Ils ont également ajouté quatre nouveaux membres à leur équipe de recherche.

Nouvelles unités de travail

Au cours de la dernière année et demie, l'équipe de recherche de l'Université Temple a travaillé en étroite collaboration avec les développeurs de logiciels World Community Grid (en particulier Keith Uplinger et Jonathan Armstrong) pour créer et mettre en œuvre un schéma de simulation qui imite de plus près les simulations exécutées sur des non-réseaux. ressources informatiques. Ce nouveau protocole d'échantillonnage est appelé échange de répliques asynchrones.

Comment fonctionne l'échange de réplique asynchrone ?

processus précédent : copies multiples d'un complexe protéine-ligand (la structure consistant en un composé candidat médicament arrimé à un récepteur de protéine) ont été envoyés à de nombreux bénévoles et sont simulés sans interaction entre eux. Les informations collectives de toutes ces simulations sont combinées lors de l'analyse à la toute fin.

Nouveau processus : l'échange de répliques asynchrones permet de partager et d'échanger dynamiquement les informations des différentes copies après toutes les simulations. Ce processus permet d'obtenir le bon équilibre de physique statistique nécessaire à notre analyse.

L'échange de répliques asynchrones augmente considérablement l'efficacité des calculs. Cela signifie qu'en plus d'être plus précieux en termes d'analyse, le nombre de lots exécutés simultanément peut être augmenté et chaque lot aura des temps de simulation totaux plus courts.

Nous avons d'abord protoypé cette nouvelle technique sur notre propre réseau alimenté par BOINC à Temple University. Au cours de la dernière année et demie, les développeurs de logiciels World Community Grid ont travaillé avec nous pour tester, affiner et maintenant mettre en œuvre la même technique sur la plate-forme World Community Grid. Cet effort est la plus grande simulation d'échange de répliques (de deux ordres de grandeur) jamais réalisée.

Pour plus d'informations sur ce travail, consultez ces deux articles :
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23996/abstract
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465515002556

Nouveaux membres de l'équipe

Nous sommes ravis d'accueillir quatre nouveaux membres du groupe Levy en tant que membres de l'équipe de recherche pour le projet FightAIDS @Home.

Bin Zhang
Professeur agrégé de recherche

Bin Zhang est professeur agrégé de recherche au sein du Ron Levy's Group de Temple University. Il est titulaire d'un doctorat en physique de l'Université de Pittsburgh. Bin a rejoint le groupe du Dr Levy en 2013. Ses recherches portent sur le développement d'algorithmes avancés d'échantillonnage et de repondération en biophysique et en simulation informatique.

Par Cui
Professeur adjoint de recherche

Le Dr Di Cui est un chimiste en informatique qui s'intéresse à la modélisation biomoléculaire. Actuellement, il est professeur adjoint de recherche au Département de chimie du Centre de biophysique et de biologie computationnelle de l'Université Temple. Ses recherches ont porté sur la compréhension des mécanismes et l'estimation de l'affinité de liaison des ligands à petites molécules aux sites actifs des protéines à l'aide de simulations dynamiques moléculaires. Son travail actuel comprend l'application de techniques de modélisation moléculaire pour analyser les affinités de liaison aux protéines cibles, dans le but de concevoir de nouvelles molécules de ligand qui pourraient servir de pistes et de composés optimisés pour la découverte de médicaments.

Avik Biswas
Etudiant diplômé

Avik Biswas est actuellement étudiant en doctorat (physique) au sein du groupe Ron Levy à Temple University, Philadelphie. Avant de rejoindre le groupe Levy en 2016, Avik a terminé son BS-MS intégré de l'Institut indien de l'enseignement et de la recherche scientifiques (Bhopal, Inde), où ses recherches consistaient à utiliser la dynamique moléculaire et les méthodes ab initio (densité fonctionnelle) pour comprendre la mécanique. de laminage de graphène. Actuellement, ses recherches sont axées sur l'utilisation de modèles hamiltoniens de fitness évolutif des protéines pour étudier les interrelations entre la séquence, la structure et la fitness des protéines, avec un intérêt particulier pour l'évolution de la résistance aux médicaments du VIH.

Shima Arasteh
Etudiante diplômée

Shima Arasteh est une étudiante au doctorat du groupe de Ron Levy à l'Université Temple. Elle est titulaire d'un baccalauréat en physique et d'une maîtrise en biophysique de l'Université de Téhéran. Avant de rejoindre le groupe du Dr Levy en 2015, ses recherches se sont concentrées sur les fonctions et la stabilité des canaux ioniques membranaires. Actuellement, elle étudie les transitions conformationnelles des protéines kinases et développe des algorithmes avancés pour mesurer les changements énergétiques libres de ces transitions.

Merci à tous ceux qui soutiennent FightAIDS @ Home. Nous ne pourrions pas le faire sans votre puissance de calcul donnée.

Traduction de la page du site : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=588