Récapitulatif
OpenPandemics - COVID-19 lancé en mai, et les travaux ne font que commencer. Apprenez-en davantage sur les progrès des scientifiques jusqu'à présent, ainsi que sur les collaborations qui aideront à faire avancer la recherche dans les semaines et les mois à venir.
L'équipe de recherche OpenPandemics
En haut : Stefano Forli, Paolo Governa, Andreas Tillack, Jérôme Eberhardt
Au milieu : Giulia Bianco, Batuujin Burendei, Diogo Santos-Martins, Martina Maritan
En bas : Matthew Holcomb, Christina Garza
Cliquez ici pour en savoir plus sur l'équipe.
Contexte
OpenPandemics - COVID-19 a été créé pour aider à accélérer la recherche de traitements COVID-19.
Vous pouvez en savoir plus sur les détails des travaux sur le site Web de l'équipe de recherche.
L'analyse des données
Depuis le lancement d'OpenPandemics - COVID-19 en mai, le projet a examiné des millions de composés chimiques qui pourraient être des traitements potentiels pour la maladie. Le dépistage est toujours en cours, mais l'équipe de recherche a analysé les résultats obtenus jusqu'à présent (45,7 millions de pistes et 2,3 milliards de questions posées) et a réduit le groupe initial à environ 1500 composés (0,00003% du total des ligands amarrés ! ) qui ont été sélectionnées pour leurs interactions avec les protéines cibles et qui justifient une analyse plus approfondie.
À partir du groupe actuel de 1 500 composés, les chercheurs effectueront une analyse manuelle pour identifier environ 100 des plus prometteurs, qui seront ensuite transmis à leurs collaborateurs pour des tests en laboratoire supplémentaires.
(Vous pouvez voir une liste de collaborateurs vers le bas de la page Participants à la recherche.)
Pendant que ces tests se poursuivent, ils continueront d'analyser les données qu'ils reçoivent de notre part et continueront à nous envoyer de nouveaux travaux.
Collaborations additionnelles
Le chercheur principal est en contact avec l'équipe de scientifiques européens du Coronavirus Structural Taskforce pour aider à améliorer la qualité des résultats de toutes les recherches fondamentales sur le SRAS-CoV-2. L'équipe recueille et conserve les données structurelles des protéines disponibles sur les virus SARS-CoV et SARS-CoV2 qui sont constamment produites par des chercheurs du monde entier. Ils affinent les données publiées et effectuent des validations statistiques et des diagnostics sur les structures pour corriger les erreurs ou fluctuations expérimentales.
Attribution des subventions
Le laboratoire Forli a récemment reçu un prix du jeune chercheur de la Fondation Baxter pour l'identification de nouveaux composés chimiques en tant que candidats prometteurs pour le développement de médicaments.
Version GPU
L'équipe de développement de World Community Grid commence à créer des unités de travail pour les premiers tests alpha. Leur problème actuel est de créer des unités de travail qui peuvent fonctionner à la fois sur le CPU et le GPU, plutôt que de devoir créer deux versions différentes, ce qui ajouterait de la complexité au projet. La prochaine étape au sein d'IBM sera une revue de sécurité de la nouvelle version. Les travaux sont en cours et il n'y a actuellement aucune estimation de la date à laquelle ils seront terminés.
Publications potentielles
Les chercheurs travaillent sur plusieurs articles. L'un des articles concerne l'histoire d'AutoDock (le logiciel qui exécute OpenPandemics, qui a été créé par Scripps Research). Si l'article est accepté, il sera publié au début de 2021.
Ils ont également soumis un article décrivant le développement et l'application de protocoles pour l'étude des inhibiteurs covalents (y compris le protocole d'amarrage réactif utilisé dans l'OpenPandemics).
Un autre article a été soumis décrivant leur travail de collaboration avec l'équipe du Oak Ridge National Laboratory et NVIDIA pour exécuter des simulations afin d'identifier de nouvelles molécules contre le virus SARS-CoV2.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement: 4882 lots
- En cours: 2 052 lots (16 101 394 unités de travail)
- Terminé: 5459 lots (2587 lots au cours des 30 derniers jours, soit une moyenne de 86 lots par jour)
- Reste-à-faire estimé: 56 jours
Cliquez ici pour en savoir plus sur les mises à jour mensuelles des projets de World Community Grid.
13 août 2020
traduit de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=635&linkId=97049398