PROJET COVID-PHYM
Aidez-nous à bloquer le mécanisme de réplication du virus SARS-CoV-2
À propos du projet
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Trouver un médicament utilisé dans le traitement d'autres maladies virales agissant contre le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) est le but du projet de science citoyenne COVID-PHYM , promu par le Conseil supérieur de la recherche scientifique (CSIC) et la Fondation Ibercivis . Étant donné que certains médicaments utilisés se sont déjà révélés suffisamment sûrs pour la santé humaine, ils peuvent être disponibles pour traiter les patients atteints de COVID-19 beaucoup plus tôt qu'un nouveau composé et accélérer ainsi le contrôle de la pandémie.
Dans ce cadre, le groupe Biophym de l'Institut de la structure de la matière du CSIC a proposé d' effectuer des simulations de l'interaction des médicaments utilisés contre Ebola, l'infection à VIH, la grippe ou l'hépatite B avec les mécanismes de réplication du génome du Virus SARS-Co-V . Pour ce faire, il recourra aux techniques informatiques et à l'aide des ordinateurs de milliers de bénévoles connectés via la plateforme informatique distribuée d'Ibercivis . Ces opérations montreront si l'une des molécules parvient à inhiber une protéine clé dans la multiplication du virus appelée «ARN polymérase ARN dépendante». D'être comme ça,le médicament deviendrait un candidat idéal pour les tests dans les essais cliniques humains.
Clés pour bloquer le virus
"La possession de médicaments efficaces contre le coronavirus est essentielle pour réduire la gravité et la mortalité de la maladie", explique Javier Martínez de Salazar, chef du groupe Biophym. "La protéine choisie comme cible joue un rôle central dans la réplication et la transcription du matériel génétique du virus; S'il est neutralisé, il peut ralentir la propagation du virus dans le corps et aider à la guérison », ajoute-t-il. Cependant, prévient-il, "rechercher un composé capable de neutraliser une protéine spécifique, c'est comme essayer un grand nombre de clés pour ouvrir une serrure et, lorsque ce processus est simulé par ordinateur, il nécessite une grande puissance de calcul".
"Comme une clé dans une serrure, l'efficacité d'un médicament dépend de la façon dont sa structure s'adapte à celle de la zone où la protéine développe son activité", ajoute-t-il. "Il existe des modèles basés sur la physique et la chimie qui peuvent prédire l'efficacité des composés à l'aide de techniques de calcul - appelées in silico - avant de les tester dans des essais cliniques. Mais ces modèles impliquent d'effectuer des centaines de milliers de calculs pour mesurer la force de l'interaction de chacune des associations possibles entre le médicament et la protéine ", explique Javier Ramos Díaz, l'un des chercheurs du groupe.
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Un supercalculateur citoyen contre la pandémie Un ordinateur conventionnel prendrait plusieurs années pour exécuter les calculs nécessaires à la réalisation de l'enquête. Pour cette raison, le projet bénéficiera du soutien des milliers d'ordinateurs personnels qui font partie de la plate-forme informatique distribuée d'Ibercivis («Ibercivis BOINC») , à laquelle toute personne souhaitant collaborer peut adhérer. Les opérations seront divisées en petits colis qui seront envoyés à chaque appareil. De cette manière, une capacité de calcul similaire à celle d'un supercalculateur sera atteinte et toutes les activités du projet pourront être réalisées. Les bénévoles doivent uniquement télécharger le programme BOINC, une application open source développée par l'Université de Berkeley, et rejoindre «Ibercivis BOINC» au moment de l'installation. Ce faisant, ils peuvent facilement choisir quand et comment participer. Par exemple, quiconque ne souhaite pas que la capacité de calcul de son ordinateur soit affectée lors de son utilisation, il suffit de quitter la configuration par défaut pour que le programme ne s'exécute qu'en temps de pause, lorsque l'économiseur d'écran saute. Lorsque BOINC est activé, l'ordinateur recevra une collection de données et des instructions pour l'analyser. Les résultats obtenus seront restitués au projet pour être étudiés par l'équipe de recherche. |
 Télécharger le dossier scientifique (PDF espagnol) |
De la recherche de la vie extraterrestre à la lutte contre le coronavirus
Francisco Sanz , directeur exécutif d'Ibercivis, précise que «loin d'être une expérience, l'informatique distribuée est une réalité qui au cours des deux dernières décennies a permis le développement de nombreuses investigations nécessitant une grande capacité de traitement. Le programme BOINC a été créé en 2002 pour aider le projet SETI à analyser un énorme volume de signaux radio provenant de l'espace et à y trouver des preuves de vie extraterrestre. Depuis lors, il a été utilisé dans des domaines aussi divers que la physique, les mathématiques, la climatologie ou l'astrophysique . Grâce à la collaboration volontaire de tous, il peut désormais devenir un outil de plus pour trouver des solutions permettant de faire face à la crise provoquée par le coronavirus. »
Bien qu'elle se consacre actuellement à la promotion de toutes sortes d'initiatives de science citoyenne, la Fondation Ibercivis trouve son origine dans les premières initiatives d'informatique distribuée lancées en Espagne. Son infrastructure basée sur BOINC compte plus de 20 000 bénévoles qui transmettent la puissance de calcul de leurs ordinateurs et a soutenu plus de 15 projets de recherche.
L' Institut de bio-informatique et de physique des systèmes complexes (BIFI ) de l' Université de Saragosse, le CSIC, le CIEMAT et RedIRIS ont collaboré sur cette plateforme . Les trois premiers font partie du conseil d'administration de la Fondation, créé en 2011, en collaboration avec le ministère des Sciences et de l'Innovation, la Fondation de la ville de la connaissance de Saragosse et le gouvernement d'Aragon.
Dans ce projet, Ibercivis a la collaboration de la chaîne BOINC et de l' Association pour la promotion de la recherche scientifique à domicile .
Pour plus d'informations, un document informatif a été préparé sur le virus SARS-CoV-2, son mécanisme de reproduction et l'approche scientifique du projet.
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Comment à se joindre au projet? Lorsque BOINC est activé, l'ordinateur recevra une collection de données et des instructions pour l'analyser. Les résultats obtenus seront restitués au projet pour être étudiés par l'équipe de recherche.
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Cet article a été traduit depuis la page en espagnol du projet : https://ibercivis.es/project/proyecto-covid-phym/
MISE À JOUR DU PROJET
Lancement du projet de science citoyenne COVID-PHYM.
Aidez-nous à bloquer la machinerie de réplication du coronavirus
- N'importe qui peut collaborer depuis chez lui en téléchargeant un programme informatique et en laissant son ordinateur effectuer des opérations de calcul.
- L'objectif est d'étudier si des médicaments déjà utilisés contre Ebola ou la grippe peuvent inhiber la réplication du virus.
- Les ordinateurs des volontaires formeront un réseau informatique distribué avec une puissance de calcul similaire à celle d'un supercalculateur.
Si vous avez un ordinateur et une connexion Internet, vous avez déjà tout ce dont vous avez besoin pour participer à cette expérience de science citoyenne que nous promouvons avec la SCCI et qui vise à impliquer les citoyens dans la recherche de solutions pour faire face au développement de la pandémie du coronavirus , aidant à arrêter son mécanisme de réplication.
Le groupe Biophym de l'Institut de la structure de la matière de la SCCI a entrepris de simuler l'interaction des médicaments utilisés contre Ebola, l'infection à VIH, la grippe ou l'hépatite B avec les mécanismes de réplication du génome du virus du SRAS-Co -V . Pour ce faire, il recourra aux techniques informatiques et à l'aide des ordinateurs de milliers de bénévoles connectés via la plateforme informatique distribuée d'Ibercivis .
La protéine à inhiber est connue sous le nom d '«ARN polymérase ARN dépendante» et a été choisie car elle joue un rôle central dans la réplication et la transcription du matériel génétique du virus. S'il est neutralisé, il peut ralentir la propagation du virus dans le corps et aider à la guérison.
Un supercalculateur citoyen contre la pandémie
Un ordinateur conventionnel prendrait plusieurs années pour exécuter les calculs nécessaires à la réalisation de l'enquête. Pour cette raison, le projet bénéficiera du soutien des milliers d'ordinateurs personnels qui font partie de la plate-forme informatique distribuée d'Ibercivis («Ibercivis BOINC») , à laquelle toute personne souhaitant collaborer peut adhérer. Les opérations seront divisées en petits colis qui seront envoyés à chaque appareil. De cette manière, une capacité de calcul similaire à celle d'un supercalculateur sera atteinte et toutes les activités du projet pourront être réalisées.
Faites de la science à la maison
Les objectifs du projet sont clairs: d'une part, contribuer à la recherche de solutions possibles à la pandémie de coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) grâce à la collaboration citoyenne, qui transfère ses ressources à l'immense capacité de calcul dont elle a besoin ce projet. Mais aussi, les citoyens volontaires qui s'impliquent reçoivent une formation scientifique sur la pandémie, connaissent les mécanismes que le projet développera et appliqueront la méthode scientifique au cours de la recherche. Chacun peut découvrir en détail la motivation scientifique du projet et télécharger le document qui développe la méthodologie utilisée en cliquant ici.
Comment à se joindre au projet ?
Les bénévoles doivent uniquement télécharger le programme BOINC, une application open source développée par l'Université de Berkeley, et rejoindre « Ibercivis BOINC » au moment de l'installation. Ce faisant, ils pourront facilement choisir quand et comment participer . Par exemple, quiconque ne souhaite pas que la capacité de calcul de son ordinateur soit affectée lors de son utilisation, il suffit de quitter la configuration par défaut pour que le programme ne s'exécute qu'en temps de pause, lorsque l'économiseur d'écran saute.
Lorsque BOINC est activé, l'ordinateur recevra une collection de données et des instructions pour l'analyser. Les résultats obtenus seront restitués au projet pour être étudiés par l'équipe de recherche.
- Téléchargez et installez BOINC à partir de https://boinc.berkeley.edu/ . Suivre les étapes d'installation est simple.
- Depuis l'application BOINC installée sur votre appareil, rejoignez le projet ' Ibercivis BOINC '.
- Une fois que vous avez installé l'application, exécutez-la à partir de votre appareil
- Cliquez sur «Ajouter un projet» et entrez l'url suivante https://boinc.ibercivis.es dans la section «URL du projet» et cliquez sur «Suivant». À partir de là, votre appareil commencera à participer, avec plusieurs milliers d'autres, à l'expérience.
Du groupe qui promeut ce projet scientifique, nous tenons à remercier Canal BOINC ( canalbonic.com ) et l' Association Aficca pour leur implication , dont les membres se sont portés volontaires et ont volontairement participé aux premières étapes du test de la plateforme et Ils ont activement collaboré à son développement.
De là, seule votre participation reste. Aidez-nous à bloquer la machinerie de réplication du coronavirus.
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Cet article a été traduit depuis la page en espagnol du projet :
https://ibercivis.es/puesta-en-marcha-del-proyecto-de-ciencia-ciudadana-covid-phym-ayudanos-a-bloquear-la-maquinaria-de-replicacion-del-coronavirus/