traduction: Modesti et Maugou relecture: Augure
Je m'appelle Rocco Moretti et je suis en post-doctorat au laboratoire Baker.
Il se peut que vous voyiez quelque chose d'un peu différent quand vous regarderez votre économiseur d'écran dans un proche avenir. Les tâches que je fais tourner sur Rosetta@home ne sont pas des prédictions de structure ou de la conception d'interaction protéine-protéine, mais de la conception d'interaction protéine-petite molécule. (Ces UT sont repérées par "LigDes", signifiant "conception d'une protéine liant un ligand"). Donc, en plus de la chaîne de protéines normale de l'aperçu, vous verrez aussi une bulle représentant la petite molécule.
Modélisation d'amarrage protéines-petites molécules
11 février 2016
Enfin, après quelques années, je peux faire un point sur ce projet.
Nous avons pu prendre la quantité massive de modèles qui vous étiez en mesure de générer (et vraiment, il y en avait beaucoup - à un moment donné, nous avons même eu des problèmes d'espace disque avec le stockage de tous ces modèles), et examiner toutes les mutations qui ont été suggérées. Le plan initial était de faire et de tester les modèles produits par Rosetta@home tels quels, mais en raison de limitations dans la plate-forme de synthèse de gènes dans le laboratoire Church, nous avons dû découper les modèles en parties (selon la région du site de liaison) et faire des modèles de consensus sur la base de ces parties.
Mais avec les modèles calculés disponibles, nos collaborateurs, dans le laboratoire Church, ont pu les assembler et les tester pour l'efficacité dans la régulation de gènes sensibles aux petites molécules. A partir de ces modèles calculés, nous avons été en mesure d'obtenir des variantes réalisables pour trois des quatre objectifs exécutés sur Rosetta@home, y compris le sucralose (Les modèles gentiobiose mentionnés dans le document n'ont pas été calculés sur Rosetta@home). En utilisant des techniques de biologie moléculaire standard (non calculées), nous avons pu optimiser une protéine pour se lier spécifiquement au sucralose - qui montre également une réponse au saccharose qui est comparable à la façon dont la protéine de type sauvage répond au site de liaison IPTG normal.
L'article scientifique décrivant les résultats est dans le numéro de ce mois-ci de Nature Methods: Taylor, et al. (2016) "Engineering an allosteric transcription factor to respond to new ligands", Nat. Meth. 13, 177–183. (pdf). Un article moins technique sur phys.org.
Merci encore à tous ceux qui ont donné de leur temps d'ordinateur pour Rosetta@Home, et qui ont rendu ce travail possible!