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Recherche de traitements pour lutter contre le SIDA URL du projet : http://www.worldcommunitygrid.org/ Début du projet : le 21 novembre 2005
Configuration minimale : 250 Mo de Mémoire Vive et 50 Mo d'espace disque disponible.
Description du projet en vidéo (sous-titrage en français) : cliquez ici |
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SOMMAIRE :
- Comment rejoindre l'Alliance Francophone
Cliquez ici, puis appuyez sur le bouton vert "rejoindre cette équipe".
- Comment sélectionner le projet FightAIDS@Home une fois inscrit
Mes Projets (sélectionner FightAIDS@Home, éventuellement cocher l'option pour recevoir des unités d'autres projets lorsque aucune unité FightAIDS@Home n'est disponible), valider en appuyant sur enregistrer (en bas à droite)
- Les résultats : Domaine public
Le World Community Grid met sa technologie à disposition des seules organisations publiques ou à but non lucratif pour qu'elles l'utilisent dans des recherches humanitaires qui, autrement, risqueraient de ne pas aboutir en raison du coup élevé de l'infrastructure informatique nécessaire en l'absence d'infrastructure publique. Dans le cadre de notre engagement à faire progresser le bien-être de l'homme, tous les résultats seront versés au domaine public et transmis à la communauté scientifique mondiale.
Liens vers le site du World Community Grid :
Le Programme commun des Nations Unies sur le VIH/SIDA estime que plus de 40 millions de personnes dans le monde sont porteuses du VIH, le virus de l'immunodéficience humaine. Parmis elles, 4,3 millions ont contracté la maladie en 2006 soit 400 000 de plus qu'en 2004. Malgré un accès amélioré aux antirétroviraux, le VIH poursuit sa progression meurtrière. Dans les pays en développement, les antirétroviraux restent encore peu accessibles. Selon l'OMS, l'ONUSida et l'Unicef seul 28% des malades des pays à revenu faible ou intermédiaire bénéficient d'une trithérapie (contre 85% en France).
Le Laboratoire Moléculaire du Professeur Arthur J. Olson, de l'institut The Scripps Research Institute (TSRI) étudie les moyens informatiques de concevoir de nouveaux médicaments anti-VIH à partir des structures moléculaires. Le calcul consiste à comparer des centaines de milliers de molécules naturelles à des centaines de protéases du VIH. La recherche peut alors se résumer à rechercher une molécule qui pourrait parfaitement s'adapter à une protéase. C'est un peu comme si on avait devant nous des centaines de milliers de clés et une centaine de serrures, les différentes combinaisons sont extrêment nombreuses. C'est Emil Fischer, qui en 1894, a proposé l'idée que les enzymes et leurs substrats doivent s'adapter ensemble comme une serrure et une clef. Si les recherches aboutissent les éventuels vaccins ou médicaments seraient accessibles aux pays pauvres, qui auraient les droits pour les produire et les distribuer sur place à la population atteinte par le virus.
- Progression du projet
La page qui présente l'avancement des recherches menées sur le projet FightAids@home a été actualisée le 3 décembre 2008 :
http://fightaidsathome.scripps.edu/status
Le dernier point sur le projet a été effectué il y a 6 mois (voir ici), depuis les expériences 19, 19a et 20 ont été calculées en totalité. L'expérience 21 a été calculée à 25%, l'expérience 22 à 48%.
L'expérience 17 (unités faah3145 à 3201) est terminée à 88%, mais elle a été interrompue suite à la découverte d'une erreur dans le code de l'application (pour plus d'explications voir le détail de l'expérience 18 qui est également suspendue à 55%).
Entre temps, deux autres expériences on été lancées et voici leur statut :
Expérience 24 (100%), unités faah 4998 à 5017 :
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Similaire à l'expérience 12. Cette expérience est suivie par le Dr. Ruth Huey, et consiste en un amarrage croisé de la protéase du VIH (c'est à dire, que cette expérience est un test de la nouvelle application Autodock, et de la nouvelle fonction qui attribue les scores aux amarrages effectués entre toutes les protéases connues du VIH et 100 structures cristallines de la protéase du VIH).
Les calculs ont débuté le 11/08/2008 et ont pris fin le 31/08/2008
Expérience 23 (6%), unités faah 4726 à 4791 :
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Similaire aux expériences 19 et 19a, cette expérience utilise la méthode de modélisation des structures flexibles ("Relaxed Complex"). Elle modélise la dynamique moléculaire observée lors de l'amarrage moléculaire (docking) de plusieurs inhibiteurs de la protéase du VIH (et de plusieurs composés en cours de développement) sur le site actif de 2000 modélisations fixes de la protéase du VIH-1b de type sauvage. Ces inhibiteurs ont été homologués par la Food and Drug Administration (l'administration américaine des denrées alimentaires et des médicaments). Les modélisations ont été obtenues lors des simulations moléculaires effectuées durant l'expérience 19. Cette expérience effectue également des liaisons moléculaires entre ces composés de référence et la protéase du super-VIH multi-résistant aux médicament, V82F/l84V. La performance de ces composés dans cette expérience seront comparés aux affinités calculées lors des expériences 19 et 19a
Les composés de référence utilisés dans les expériences 19, 19a et 23 englobent les médicaments homologués par la FDA (l'administration américaine des denrées alimentaires et des médicaments) : l'amprenavir, l'atazanavir, le darunavir, l'indinavir, le lopinavir, le nelfinavir, le ritonavir, le saquinavir et le tipranavir ainsi que les composés en développement : AB2, AB3, JE-2147, KNI-272, TL3 et TMC-126.
Les calculs ont débuté le 1/12/2008
Expérience 22 (48%), unités faah4417 à 4622 :
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Cette expérience utilise la méthode de modélisation des structures flexibles ("Relaxed Complex"), elle présente de nombreuses similarités par rapport à l'expérience 21, mais cette fois, au lieu les amarrer (docking) sur le site actif du VIH, un tiers des composés du programme de développement thérapeutique américain (Developmental Therapeutics Program) seront amarrés à un site inhibiteur allostérique à la surface du VIH ("l'exo site") (l'objectif est de déformer une des enzymes du VIH pour rendre le virus inactif, les enzymes du VIH ont pour fonction de transcrire l'ARN viral en ADN viral, d'intégrer cet ADN viral à l'ADN cellulaire et de participer à l'assemblage du virus). Ces composés seront également amarrés à une sélection de conformations de la protéase du VIH mutant V82F/I84V multi résistante aux antirétroviraux obtenue par décomposition QR. Vous pouvez vous reporter à la description des expériences 21 et 22 pour avoir une définition de la "méthode QR".
Les calculs ont débuté le 18/10/2008
Expérience 21 (25%), unités faah 4314 à 4416, 4623 à 4725 et 4792 à 4997
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Cette expérience utilise la méthode de modélisation des structures flexibles ("Relaxed Complex"), elle teste une nouvelle collection de ligands et une nouvelle méthode qui sera utilisée pour sélectionner des modélisation figées caractéristiques de la dynamique moléculaire de la protéase du VIH "amarrée" à ces ligands (les médicaments potentiels). Le tiers des ligands issus de la librairie de composés du programme de développement thérapeutique de l'institut national américain du cancer (National Cancer Institute, NCI) ont été testés de cette manière. Les composés restants (les deux tiers de la base de données) seront préparés en vue des expériences futures.
**Mise à jours du 31/07/2008** : La totalité des composés ont été préparés par le Dr. Stefano Forti. Les 2/3 de composés restant ont également été soumis au calcul.
Ces composés sont décrit comme étant "modérement actif" suite aux tests cellulaires effectués par le NCI, mais nul ne sait à quelles cibles ces composés pourraient se lier et comment ces composés seraient en mesure d'inhiber leur cible. Ces composés seront "amarrés" aux conformations sélectionnées par décomposition QR lors des simulations moléculaires de la protéase du VIH mutant V82F/I84V multi résistante aux médicaments (c'est à dire, une cible obtenue lors de la plus grande défaillance observée sur le super-virus du VIH résistant aux médicaments). La méthode QR est un nouvel outil qui permet de sélectionner, à partir d'un groupe de structures différentes aux séquences similaires, une série de conformations composites et non redondantes du point de vue de leur structure.
Nous remercions John Eargle du laboratoire Luthey-Schulten à l'Université de l'Illinois Urban Champaign pour son aide dans l'élaboration de cette méthode. Pour plus d'information sur QR, voir P. O'Donoghue and Z. Luthey-Schulten; Evolutionary profiles derived from the QR factorization of multiple structural alignments gives an economy of information; J. Mol. Biol., 346, 875-894, (2005). Voir également MultiSeq of VMD: Elijah Roberts, John Eargle, Dan Wright, and Zaida Luthey-Schulten; MultiSeq: Unifying sequence and structure data for evolutionary analysis; BMC Bioinformatics, 7:382 (2006).
Les calculs ont débuté le 28/08/2008
Statistiques du projet - Progression du projet
La Gestion de son compte
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