Url pour s'attacher au projet: http://svahesrv2.bioquant.uni-heidelberg.de/correlizer/
Site du projet : http://svahesrv2.bioquant.uni-heidelberg.de/correlizer/index.php
OS / Clients : 
Délai de retour, RAM, temps de calculs : ICI
|
Liens du Projet
|
L'Alliance Francophone
|
Statistiques
|
Résultats / Publications | Autres |
|
EN CONSTRUCTION
L'organisation séquentielle des génomes, c'est à dire les relations entre les paires de bases éloignées et les régions au sein des séquences, et sa connexion à l'organisation tridimensionnelle des génomes est encore un problème largement non résolus. Longue distance en loi de puissance des corrélations ont été trouvées en utilisant une analyse de corrélation sur presque toute l'échelle observables de 132 chromosomes entièrement séquencé de 0,5? 106 à 3,0? 107 pb des Archaea, Bacteria, Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Drosophila melanogaster, et Homo sapiens. Les coefficients de corrélation locales montrent un comportement spécifique des espèces multi-échelle: près de corrélations aléatoires à l'échelle de quelques paires de bases, un premier maximum de 40 à 3400 pb (pour Arabidopsis thaliana et chez Drosophila melanogaster divisé en deux submaxima), et souvent une région d'une ou plusieurs secondes maxima de 105 à 3? 105 pb. Au sein de ce comportement d'échelle multi-, un montant supplémentaire de structure fine est présente et imputables à l'usage des codons dans tous, sauf les séquences humaines, où elle est liée à la liaison des nucléosomes. Séquences générées par ordinateur aléatoire en supposant un bloc d'organisation des génomes, l'usage des codons, et contraignant nucléosomiques expliquer ces résultats. Mutation par remaniement séquence détruit toutes les corrélations. Ainsi, la stabilité des corrélations semble être étroitement contrôlé et évolutif lié à l'organisation du génome spatiale, en particulier sur de grandes échelles. En résumé, les génomes montrent une organisation complexe séquentielle étroitement liée à leur organisation en trois dimensions.
L'application a été développée aux Pays-Bas à l'Erasmus Medical Center de Rotterdam et distibuted jeté le Erasmus Grille Bureau
Papier
Contactez Anis Abuseiris, Tobias A. Knoch