Optimizer, le calibrage des paramètres du modèle malariacontrol.net

L'application "optimizer" a quitté le statut d'application test pour être distribuée à tous les participants du projet malaricacontrol.net. Cette application s'intéresse plus particulièrement à la distribution des durées d'infection dans l'organisme des individus atteint par le paludisme.

Alors que l'application malariacontrol.net s'intéresse à la dynamique globale d'une épidémie de paludisme, l'application "optimizer" tente de calibrer les paramètres utilisés dans le modèle afin d'obtenir une simulation qui retranscrit au mieux la dynamique de la maladie sur le terrain.

L'un des paramètres clés dans la simulation de la dynamique d'une épidémie de paludisme consiste à savoir durant combien de temps le parasite va perdurer dans l'organisme d'un individu infecté. Plus longtemps l'infection durera dans l'organisme des individus, plus la probabilité qu'un moustique soit infecté sera grande (Les jeunes moustiques ingèrent le parasite pour la première fois lorsqu'ils se nourrissent du sang d'un sujet humain infecté), plus il y aura de moustiques infectés et plus les individus seront infectés, etc, etc, ....

A première vue, la durée d'infection semble facilement mesurable : il faut juste regarder à partir de quel moment une personne est infectée, et effectuer des prélèvements sanguins jusqu'à ce que cette personne ne soit plus infectée.

Cependant, il est très difficile de savoir dans la réalité combien de temps dure une infection de paludisme dans l'organisme d'un individu, puisque vous n'avez qu'une chance sur 2 de détecter le parasite. Ainsi vous êtes face à un problème : vous ne savez pas quand l'infection a commencé, et vous ne saurez pas exactement quand elle finira.

De plus dans les zones les plus touchées par le paludisme, la population peut contracter jusqu'à dix infections simultanément. Ainsi vous ne pourrez jamais savoir si ce que vous observez est toujours la même infection ou une nouvelle.

C'est là qu'intervient l'application optimizer et le calcul partagé. En calculant un grand nombre de simulations pour différentes distributions de la durée dé séjour du parasite dans l'organisme des individus, il est possible d'isoler les distributions qui permettent de reproduire au mieux la dynamique de la maladie observée sur le terrain.

L'application "optimizer" :

Dans votre manager Boinc, cette application porte le nom de "Estimation of parameters of infection dynamics (max 2h, variable duration) 1.54". Les unités durent au maximum 2h00 quel que soit l'ordinateur, mais peuvent aussi très bien se terminer au bout de quelques minutes. La barre de progression fonctionne mais n'est pas encore tout à fait au point (donc ne vous étonnez pas que les calculs continuent durant un certain temps après les 100%). Cette application est pour le moment uniquement disponible sous Windows et utilise environ 3,7 Mo de mémoire vive, les points de sauvegarde sont présent.

Pour de plus amples renseignements sur le travail effectué par cette application, veuillez vous référer à cet article