Plus que quelques semaines avant la reprise du projet de luttre contre la dystrophie musculaire

Depuis l’achèvement de la première phase du projet, les efforts d'Alessandra Carbone et de son équipe de recherche se sont portés sur cinq directions : La finalisation et les tests du programme JET, l’analyse des données produites par la phase 1, l’interfaçage entre JET et MAXDo, l’amélioration du programme MAXDo, et enfin la constitution de la base de données protéiques qui sera étudiée lors de la phase 2. L’essentiel de ces tâches a été réalisé et l'équipe de recherche est prête à aborder la seconde phase du projet. Les techniciens de la World Community Grid estiment que le projet débutera aux environs de la mi-avril 2009.

HCMD 2

La seconde phase du projet de lutte contre la dystrophie musculaire (HCMD2) étudiera 2246 protéines humaines par docking* croisé. Les protéines étudiées dans le cadre de la phase 2 ont été sélectionnées par des experts au sein de trois catégories : Maladies neuromusculaires, structures déterminées expérimentalement (groupes Guicheney et Carbone), ou prédites (Laboratoire de Bioinformatique et Génomique Intégratives, IGBMC); autre (liées aux activités cardiaques ou neurologiques) structures expérimentales (groupe Carbone). Cette liste de départ a ensuite été filtrée de manière semi-automatique afin d’éliminer des protéines trop proches. 

L'expérience apportera des informations précieuses sur la manière dont les protéines cibles interagissent avec le corps humain (environ 1800 structures protéiques, dont on ignore encore le rôle exact dans les myopathies, seront analysées), ce qui permettra d’aider la recherche biomédicale à développer de nouvelles stratégies de neutralisation de ces cibles et par conséquent de nouvelles thérapies pour les maladies neuromusculaires.

Au total, nous aurons à "docker" 2246x2246 interactions possibles. Cela signifie que 913 627 781 945 positions initiales de docking devraient être calculées par docking croisé complet. Avec JET (qui prédit les interfaces protéine-protéine), nous allons réduire l'espace de docking de 87%, c'est-à-dire que MAXDo aura seulement 118 771 611 652 conformations à analyser.

L'ensemble des 2246 protéines qui seront dockées contient toutes les protéines connues pour jouer un rôle dans les maladies neuromusculaires (MN). Dans l'ensemble complet, la vaste majorité des autres protéines sont des cibles potentielles de l'ensemble des MN et, dans le projet, nous allons évaluer les interactions potentielles entre elles.

*Docking (ou en français, amarrage moléculaire) : l’ensemble des mécanismes et interactions intervenant lors de la formation de complexes moléculaires.


Les participants

Alessandra Carbone – PI – Professeur, Département d’Informatique, Universite Pierre et Marie Curie.
Stefan Engelen – IR CEA et Postdoc AFM en Informatique, 2006-2008.
Pascale Guicheney – DR INSERM Laboratoire U582, Institut de Myologie, Hôpital Pitié-Salpetrière, Paris.
Richard Lavery - DR CNRS, Institut de Biologie et Chimie des Protéines Département de Biostructures Moléculaires , Lyon.
Yann Ponty – Postdoc AFM et CNRS en Informatique, 2008.
Sophie Sacquin-Mora – CR CNRS et postdoc AFM en 2005-2006, Laboratoire de Biochimie Théorique, Institut de Biologie Physico-Chimique, Paris.