Traduction du message du Dr Bonneau sur le site internet du projet HPF2
Ces derniers mois, nous avons accompli des progrès significatifs dans de nombreux domaines de la recherche sur le Protéome humain. Une grande partie des progrès réalisés est le résultat du développement de la grille de calcul (merci à vous les gars et les filles) et aux unités renvoyées toujours en plus grand nombre à une vitesse dingue. Quelques essais doivent toujours être exécutés mais il est évident que la PREMIÈRE partie du "repliement" de l'ensemble des données sur la malaria est maintenant terminée. C'est une fantastique prouesse dans un laps de temps aussi court. Les organismes négatifs au test de Gram (test de caractérisation de types de bactéries) sont actuellement en cours de calcul et ces résultats donneront des pistes aux chercheurs sur la fonction de nombreuses protéines aux fonctionnalités encore inconnues au sein des insectes les plus méchants au monde.
Vous avez travaillé dur et nous aussi. D'excellents progrès ont été accomplis en combinant les résultats "de la grille" avec l'information limitée dont nous disposons sur ces protéines spécifiques. C'est le début de la découverte et de l'amélioration de la description générale que l'on se fait de ces différentes protéines. Cependant du travail reste à faire, mais les résultats préliminaires sont prometteurs, et dans le futur nous vous tiendrons informés en vous donnant plus de détails sur la méthode.
Un autre point pour lequel nous avons accompli un progrès significatif est sur l'interface internet et sur les dernières retouches apportées à notre base de données. Plusieurs de ces avancées sont des progrès qui se déroulent "en coulisse", ainsi elles ne sont pas immédiatement évidentes aux yeux des utilisateurs, mais elles seront évidentes une fois que la base de données sera entièrement utilisable. Lars a travaillé d'arrache-pied au réagencement de la base de données pour augmenter la vitesse des requêtes, augmenter la capacité de génération des résumés de résultats de génomes complets et ainsi faciliter la maintenance de la base de données.
En outre, Mike a travaillé sur certaines améliorations de l'interface internet : une nouvelle page de recherche qui permet aux chercheurs de rechercher un organisme spécifique, "annotation de l'ontologie GO" ou "code d'évidence des ontologies de gène" (code qui permet de qualifer les annotations, selon leur qualité). Ces outils de recherche sont communs à de nombreuses bases de données accessibles sur internet, et ainsi les utilisateurs seront déjà au courant de leur mécanisme. En outre, ces ajouts seront très utiles aux primos utilisateurs et permettront à tous les utilisateurs d'aller vers un ensemble de gènes qui les intéresse en quelques clics.
Formulaire de recherche (note : actuellement seul saccharomyces cerevisiae a été intégré à la base de données).
Encore une fois, nous apprécions tous vos calculs et votre intérêt pour notre recherche.