Récapitulatif
Une protéine appelée capside du VIH-1 (CA), qui est cruciale pour la réplication du VIH, peut avoir des vulnérabilités récemment découvertes.
[Rappel : FightAIDS = lutte contre le SIDA]
Contexte de FightAIDS@Home - Phase 1
De nombreuses personnes vivent avec le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) et ne tombent pas malades pendant de nombreuses années. Cependant, parce que le corps humain ne peut pas générer d'anticorps qui peuvent éradiquer le VIH, il peut infecter lentement les cellules clés du système immunitaire et altérer leur fonction ou même les détruire. Finalement, l'infection par le VIH entraîne une déplétion progressive du système immunitaire d'une personne, conduisant au syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA). On dit que le système immunitaire est déficient lorsqu'il ne peut plus remplir son rôle de lutte contre les infections et les cancers.
Le VIH est difficile à arrêter car lorsqu'il se réplique, il ne le fait pas parfaitement et évolue donc continuellement. Les scientifiques étudient intensivement le VIH pour trouver des moyens de stopper l'apparition du SIDA. Le projet FightAIDS@Home a été créé pour rechercher des médicaments qui peuvent désactiver une étape clé du cycle de vie du VIH - en particulier en bloquant la protéase du VIH-1.
Bloquer la protéase du VIH
Les protéines sont les éléments de base de toutes les fonctions de la vie. Les protéines sont de longues chaînes de petites molécules appelées acides aminés. Les enzymes sont des types particuliers de protéines qui accélèrent les réactions biochimiques. Une protéase est une enzyme qui est capable de séparer les protéines à un certain point le long de la chaîne d'acides aminés. Bien que seulement un petit pourcentage de toutes les protéines d'un organisme soient des protéases, elles sont très importantes dans le bon fonctionnement de ses processus biologiques.
Toutes les protéases ne sont pas bonnes. Le VIH fabrique et utilise une protéase particulière, la protéase du VIH-1, qu'il utilise pour fabriquer les différentes protéines du virus.
C'est là que les ligands jouent un rôle important. Les ligands sont de petites molécules qui viennent de l'extérieur de la cellule et qui se lient ou se «plient» aux replis des protéines. Vous pouvez penser à un ligand se liant à son récepteur comme une clé s'insérant dans une serrure. Le projet FightAIDS@Home a spécifiquement recherché des ligands (médicaments), qui peuvent se fixer au récepteur de la protéase du VIH-1 d'une manière qui bloque sa capacité à fonctionner comme une enzyme. Cela empêche le virus de se propager davantage dans le corps et de se transformer en SIDA. Les molécules qui bloquent la protéase du VIH sont appelées «inhibiteurs de protéase».
Nouvelles cibles potentielles pour les antiviraux
Une protéine appelée capside du VIH-1 (CA) est une protéine structurelle cruciale pour le cycle de réplication virale car elle renferme le génome viral. Son implication aux stades précoce et tardif de l'infection a conduit à des efforts de développement d'antiviraux ciblant l'AC.
Structure et assemblage du noyau de capside du VIH-1. La protéine de capside se replie pour former deux domaines reliés par un lieur flexible (A) et forme des hexamères (B) et des pentamères (rouges) dans le noyau mature (C), qui renferme l'ARN viral et abrite finalement la transcription inverse (D).
Dans un article récent, l'équipe de recherche de FightAIDS@Home a détaillé ses découvertes sur de nouvelles régions intéressantes et potentiellement médicamenteuses à la surface de la protéine de capside du VIH-1, qui ont ensuite été ciblées par des projections virtuelles sur World Community Grid pour rechercher des composés capables de se lier sur ces régions.
La caractérisation structurale, les analyses biochimiques et virologiques discutées dans l'article montrent que le site identifié pourrait être susceptible de ciblage antiviral.
Les 5 meilleurs composés à partir d'un écran virtuel du repli NDI.
Les résultats d'amarrage sont présentés comme la superposition de cinq molécules différentes (bâtons jaunes) se liant dans le repli NDI à partir de la structure cristalline aux rayons X de l'AC native (PDB ID: 4XFX).
L'article, que vous pouvez lire ici (PDF en anglais), présente l'analyse des données et les détails des résultats des chercheurs.
Merci à tous ceux qui ont soutenu ce projet.
Par : L'équipe de recherche FightAIDS@Home
1 juil. 2020
traduction de l'article de WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=629