Pour ceux qui ne l'auraient pas vu, je cite ci-dessous le message de Rhiju qui décrit le contenu scientifique des nouvelles unités ARN (acide ribonucléique). En outre, j'espère que vous appréciez les nouveaux graphiques ! Il est maintenant beaucoup plus facile de comprendre le problème de la conformation des chaînes latérales que vos calculs essayent de résoudre. Observez attentivement et vous serez prêts pour être les gagnants de la prochaine version interactive dans laquelle vous pourrez guider manuellement la protéine vers une meilleure conformation de basse énergie. Un très grand informaticien, Adrien Treuille, travaille actuellement sur ce problème et nous espérons pouvoir lancer un prototype dans quelques mois. Ainsi vous pourrez vous "amuser" avec les protéines.
Voici le message de Rhiju :
Rosetta@home est utilisé pour prévoir la structure des protéines et pour concevoir de nouvelles protéines. L'Amélioration d'une enzyme impliquée dans la photosynthèse, la conception d'une protéine vaccin contre le VIH, et l'amélioration des connaissances fondamentales sur les principes physiques du pliage de protéine. Toutes ces recherches sont effectuées par les unités que vous calculez ou allez calculer très prochainement. Pourquoi alors étudier cet autre biopolymère, l'ARN ?
En effet, pendant longtemps, les biologistes avaient attribué à l'ARN un rôle de messager passif, une sorte de copie provisoire de l'ADN (la machinerie cellulaire produisant les protéines). Cette vision des choses a nettement changé à partir des années 80 avec la découverte que l'ARN faisait plus que diffuser l'information -- comme les protéines, elle peut se plier dans des stuctures complexes et catalyser des réactions chimiques. En fait, sa capacité à effectuer aussi bien la fonction de l'ADN que des protéines fournissent une réponse commode au problème de la poule et de l'oeuf, qui de la protéine ou de l'ADN est arrivé en premier… Aucune des 2, l'ARN est arrivé en premier ! Pour en savoir plus sur le petit monde des ARN, voir sur Wikipedia.
En plus d'être importantes dans l'apparition de la vie, les fonctions de l'ARN dans nos cellules éclatent actuellement au grand jours. "La percée de l'année" ("Breakthrough of the Year") sur les petit ARN en 2002 dans le revue scientifiques "Science", et le sujet du prix nobel gagnant de l'année dernière sur le coeur catalytique du ribosome formé d'ARN, l'ARN a un rôle beaucoup plus fondamental qui dépasse largement la simple fonction de transmettre passivement les messages. D'un point de vue médical, la plupart des antibiotiques visent l'ARN dans le ribosome ; les génomes du VIH, du SRAS, et d'autres rétrovirus sont des virus à ARN ; et les aptamères ARN (des ARN artificiels sélectionnés "in vitro") commencent à être employés en tant que médicaments evolutifs.
Avec Rosetta, nous nous donnons pour but de résoudre un des puzzles les plus fondamentaux sur cette molécule intéressante… comment se plis l'ARN. Nous commençons avec de petits ARN, cependant certaines des molécules que vous verrez sur vos écrans sont des parties importants du VIH. L'espoir est que nous puissions bientôt prévoir les repliements de plus grands ARN -- un défi qui est encore plus important car il est difficile de résoudre expérimentalement des structures d'ARN. Dans un avenir proche, nous pourrons utiliser cet outil de prédiction de structures pour concevoir ou augmenter les ribozymes (c'est-à-dire, des enzymes d'ARN) pour une thérapie médicale, ce serait presque impensable à croire … restez à l'écoute!