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URL du projet : http://boinc.ucd.ie/fmah/
Optimisation ici : http://optos.sesef.pl/fightmalaria-home
Code source : Ouvert
ATTENTION : pas de point de sauvegarde
Recherches fondamentales de médicaments antipaludiques
Objectif :
Etudes de protéines cibles pour les médicaments antipaludiques.
Contexte :
Le paludisme tue un enfant toutes les 45 secondes. La maladie se répand plus intensivement dans les pays du Tiers-Monde, où elle infecte 216 millions de personnes et tue 650 000 d'entre eux chaque année, principalement des enfants africains de moins de 5 ans [source:OMS].
Le parasite Plasmodium falciparum continue de développer une résistance accrue aux médicaments disponibles. Il est donc devenu urgent de découvrir de nouveaux médicaments destinés à remplacer les anciens. Mais surtout, ces nouveaux médicaments doivent cibler de nouvelles protéines du parasite. Le projet FightMalaria@Home vise à trouver ces nouvelles cibles.
Ressources :
Le génome du Plasmodium falciparum a été séquencé, on a cartographié le protéome (ensemble des protéines synthétisées par une cellule) et les facteurs de transcription de la protéine ont été confirmés à différents stades du cycle de vie de cet apicoplexan(parasite).
Les structures cristallines des protéines cibles sont également disponibles, et le reste a été modélisé à l'aide de modèles structurels disponibles.
Des laboratoires de recherche privés(GSK, Novartis) ont déjà testé des millions de composés et trouvé plus de 18 000 composés qui montrent une activité prometteuse contre le Plasmodium falciparum [MMV].
Mais ils ne savent pas quelle protéine cible est inhibée par ces composés.
Le développement et la découverte de médicaments seront considérablement facilités en connaissant la protéine cible sur laquelle agit tel ou tel composé.
Problème :
Nous prévoyons d'analyser chacun des 18 924 composés au sein de chacune des 5 363 protéines du parasite de la malaria. La puissance de calcul nécessaire est phénoménale.
Solution :
Nous visons à mettre à profit la puissance de calcul donnée des ordinateurs du monde. La plupart des ordinateurs utilisent seulement une fraction de leur puissance CPU disponible pour le calcul au jour le jour. Nous avons développé un serveur BOINC qui distribue les applications aux ordinateurs donnés « client », et qui ensuite font le travail en arrière-plan.
En connectant plusieurs milliers d'ordinateurs de cette façon, nous serons en mesure d'atteindre la puissance équivalente de gros supercalculateurs.
Merci à Ousermaastre et Modesti pour la traduction...
[quote] Message de dudumomo le 15/07/2012
Malariacontrol.net est bien different. Il s'occupe principalement de l'evolution de la malaria. Comment la maladie se propage, dans quel regions (En fonction des vents, des migrations, etc...) et aussi l'impact des solutions preventives actuelles (Moustiquaires, etc...)
Cependant, je me pose la meme question avec le projet WCG. Go fight malaria.[/quote]
[quote] Infos de Damien le 15/07/2012
Ce projet irlandais FightMalaria@Home a pour but de créer de nouveaux médicaments contre le paludisme, puisque ceux qui existent actuellement perdent progressivement toute efficacité. Car au fur et à mesure que le parasite les rencontre, il mute et devient plus résistant, particulièrement à Asie du Sud.
Tandis que l'autre, MalariaControl, est un projet suisse qui ne cherche pas du tout à créer de nouveaux vaccins ou médicaments, mais il aide à déterminer quand et dans quelles zones géographiques il faut employer les remèdes disponibles ainsi que d'autres moyens de prévention d'après l'établissement, grâce à BOINC, de modélisations informatiques d'extensions de cette maladie.
Pour mémoire, il a également existé l’éphémère projet UCT : Malariacontrol.net[/quote]
Différence avec le projet de WCG :
Le projet GoFightAgainstMalaria dirigé par Alex Perryman au Scripps a pour but de trouver de nouveaux petits inhibiteurs de molécule pour des cibles protéiques connues. L'astuce qu'ils utilisent est de ce concentrer sur les mutations qui ont déjà été trouvées au niveau des cibles utilisées par les médicaments contre la Malaria. En pratique c'est l'Homme contre le parasite - round 2, avec les Hommes adaptant le combat en prenant en compte les adaptations qu'ont réalisé les parasites de la Malaria pour résister au premier round.
Pour cela le projet GFAM a besoin de tester des millions de petites molécules avec quelques récepteurs de structures protéiques.
Nous faisons quelque chose de très différent. Nous utilisons les petits composés ayant déjà été utilisés contre le Malaria, et essayons de trouver avec quelle protéine ces composés se lient. Les grosses entreprises pharmaceutiques ont testé environ 3 millions de composés et en ont trouvé 19.000 qui sont actives contre la Malaria. Mais trouver où ces composés se lient avec le parasite et comment ils fonctionnent sera difficile. Nous espérons faire cela en testant chaque composé avec chaque structure protéique.
Le principale avantage que nous avons par rapport au projet GFAM est que nous savons que les composés que nous utilisons sont efficaces contre la Malaria. Si nous trouvons quelle protéine ils inhibent, alors cela ouvrira un tout nouveau domaine de recherche - que fait la protéine (biochimie)? à quoi ressemble t-elle (cristallographie aux rayons X)? peut on trouver de meilleurs inhibiteurs (chimie médicale)?
Le désavantage principale est que nous ne serons jamais capable de couvrir l'ensemble du protéome. Certaines protéines sont naturellement déséquilibrées, et resteront opaque à la cristallographie et à la modélisation. Mais nous ferons de notre mieux. Nous avons déjà des structures (X-ray ou modélisations) pour 1426 des 5363 protéines (26%) et nous continuerons de faire de la modélisation pour les protéines les plus complexes. Si nous essayons cela avec seulement un composé, nous n'aurions qu'une chance sur 4. Mais nous l'essayons avec près de 19.000 fois, nous devrions avoir une assez grande chance de succès.
Je serai enchanté même si rien qu'un seul réussisse à trouver une nouvelle cible contre la Malaria, ceci pouvant être le talon d’Achille que nous pourrons utiliser avec la toute puissance de la chimie médicale.
Les nouveaux médicaments développés à partir de ce projet seront contre des cibles nouvelles pour lesquelles le parasite n'a pas encore eu une chance de développer une résistance. Comme tous les médicaments, eux aussi finiront par ne plus marcher, mais au moins nous essayons de trouver de nouveaux médicaments plus rapidement que le développement de résistance par le parasite. Le combat continue...
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