WCG, FightAIDS@Home
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traduction: Maugou, un grand merci pour ce précieux document.
Une décennie de progrès et ce n'est que le début de notre lutte contre le sida
Par: Dr Arthur Olson
Professeur, Institut de recherche Scripps
11 Nov. 2015
Récapitulatif
Dans cette vaste mise à jour, le Prof. Art Olson, chef de l'équipe FightAIDS@Home, récapitule presque une décennie de progrès dans la lutte contre le sida: les nouvelles méthodes de calcul, une nouvelle compréhension des protéines clés du VIH, et d'énormes volumes de résultats de calcul qui ont seulement commencé à être explorés. Bien que la phase 1 se termine, la phase 2 de cet énorme projet continuera à faire avancer la recherche vitale sur le virus le plus meurtrier du Monde.
Le projet FightAIDS@Home (FAAH) a rejoint le World Community Grid il y a près de 10 ans, et, est son plus long projet fonctionnant en continu. la phase 1 est proche de son terme, c'est donc un bon moment pour donner, aux bénévoles du World Community Grid, un résumé sur qui nous sommes, de ce que nos objectifs ont été, de quelles approches de calcul ont été permises par les ressources que vous avez fournies, et de ce que nous avons accompli jusqu'ici. Nous sommes constamment conscients que cette recherche est seulement possible grâce à votre générosité incroyable, et nous espérons que vous pourrez tous rester impliqués dans la phase 2 de notre travail.
Qui est derrière FightAIDS@Home?
FAAH, qui utilise des études numériques pour aider à faire progresser la recherche de nouveaux traitements contre le VIH / sida, a commencé sur Entropia (une plate-forme de calcul distribué aujourd'hui disparue) en 2000 avec une collaboration entre Scott Kurowski, Tim Cusac, Dr. Garrett Morris, et moi-même.
Le 21 Novembre 2005, FAAH a rejoint le World Community Grid. Au cours de la dernière décennie, la puissance de calcul sans cesse croissante, fournie par les bénévoles du World Community Grid, nous a permis d'élargir l'échelle de notre recherche sur le VIH par de nombreux ordres de grandeur. Comme un bonus supplémentaire, ces énormes ressources nous ont aussi inspirés pour créer de nouveaux outils et stratégies afin d'exploiter le potentiel offert par le World Community Grid. Ces outils ne permettent pas seulement d'accroître l'efficacité et la précision de nos propres études numériques axées contre le VIH, mais aident aussi à faire avancer la recherche que la communauté scientifique poursuit contre d'autres maladies.
Le projet FightAIDS@Home a été mené dans le laboratoire Olson par une succession d'ingénieurs de recherche post-doctorants dédiés (postdoctorales Research Associates) au cours des 10 dernières années. Garrett Morris, William "Lindy" Lindstrom, Alex Perryman, et Daniel Santiago ont tour à tour pris les devants dans la gestion de nos expériences de calcul sur le World Community Grid. Ils ont été aidés, au fil des ans, par plusieurs membres du laboratoire, y compris Michael Pique, Ruth Huey, Stefano Forli, Sargis Dallakyan, Alex Gillet, et Max Chang. Comme dans la plupart des laboratoires universitaires, les "postdocs" restent pour une période de 2 à 4 ans et passent ensuite à des postes permanents. Daniel Santiago vient de quitter le laboratoire, et nous passons actuellement des entretiens pour un nouveau post-doctorant afin de prendre sa place.
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Universe@home, réflexions sur la recherche
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traduction: Maugou
écrit par Wojciech Gładysz (collaborateur du projet)
Il y a beaucoup de mots que l'on pourrait utiliser pour décrire un trou noir: étrange, bizarre ou hors de ce monde. Ce sont tous des termes valides, mais ils ne sont pas très spécifiques. Vous ne pouvez pas mesurer objectivement l'étrangeté d'un trou noir, alors les scientifiques ont dû chercher une idée différente pour décrire ces objets ésotériques.
Les trous noirs, comme nous le savons maintenant, peuvent être décrits par trois nombres: leur masse, leur spin et leur charge électrique. Les trous noirs astrophysiques (ceux que nous traitons dans nos recherches) sont soupçonnés d'avoir presque pas de charge électrique, de sorte que notre description se simplifie. Nous sommes généralement très heureux quand quelque chose devient plus simple, mais la difficulté d'origine du problème réduit considérablement l'excitation.
Disons que nous voulons savoir la masse et le spin d'un trou noir donné. Tout d'abord, nous avons besoin de le trouver! Il n'émet pas de lumière et presque pas de rayonnements (sauf pour le Hawking que nous ne savons pas mesurer), ce qui ne rend pas notre travail facile. La seule façon possible d'en trouver un, dans l’immensité de l'espace, est en regardant ses interactions gravitationnelles avec les objets "visibles" (tels que les étoiles). Par conséquent, les interactions des systèmes binaires forment de meilleurs laboratoires cosmiques disponibles pour l'étude des trous noirs.
Trouver la masse d'un trou noir est assez simple - nous pouvons la calculer une fois que nous savons la masse de son étoile compagnonne et les paramètres du système binaire qu'ils forment (par exemple, la séparation des objets). Qu'en est-il de son spin? Et, ce qui est plus important, qu'est-ce qu'un spin? Le spin n'est rien de plus qu'un nom imaginaire pour le moment angulaire. Notre planète tourne et possède ainsi un certain moment angulaire - si rien ne le perturbe, il continuera à garder la même vitesse angulaire pour toujours. En effet, dans notre univers, le moment angulaire est conservé! Si vous souhaitez changer le mouvement de rotation de la Terre, vous auriez à agir sur elle grâce à un couple externe (un astéroïde par exemple). Le spin d'un trou noir est donc une mesure de la vitesse à laquelle ce trou noir tourne.
Il y a au moins trois méthodes d'observation qui vous permettent d'estimer le spin. Aucune d'entre elles n'est parfaite et les principes physiques sous-jacents sont grandement simplifiés. Par conséquent, les valeurs de spin obtenues sont très incertaines. Voilà pourquoi nous voulons examiner comment nos modèles astrophysiques évolutifs s'insèrent dans ce tableau. J'ai utilisé le mot «modèles» à dessein, il y en a un tas. Quand une étoile interagit avec un trou noir, elle peut transférer sa masse et rendre le trou noir plus lourd. Cette masse en écoulement transmet un couple et peut augmenter le spin du trou noir. Mais la question est - quelle fraction de cette masse en écoulement est transférée au trou noir? 100% ou peut-être 50%? Et quel était le spin initial du trou noir à sa formation? Comment l'évolution de la rotation serait affectée si on changeait la valeur initiale de 0 à 0,5 sur une échelle de 0 à 1? La valeur du spin initial est encore une question ouverte en astrophysique. Si nous trouvions un système binaire dans lequel un trou noir serait alimenté uniquement par les vents stellaires venant de son compagnon, et aurait un spin très élevé, cela signifierait que la rotation vient de stades évolutifs antérieurs, et est innée plutôt qu'acquise par accrétion de masse (ce qui est négligeable dans le cas de systèmes alimentés par les vents stellaires).
Les trous noirs interagissant dans des binaires peuvent être alimentés par les vents stellaires provenant de leurs compagnons et par davantage de transferts de masse directs (débordements de Lobe de Roche). Nous avons des modèles prêts à examiner l'influence de ces deux phénomènes physiques sur l'évolution de spin. Voilà ce que nous voulons examiner avec votre aide!
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Seconde lettre d'informations d'Einstein@home
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traduction: ElGrande relecture: Maugou
Chers volontaires d'Einstein@Home,
La mise à jour des détecteurs LIGO s'est achevée après 5 ans de travaux et nous avons fait un grand pas en nous rapprochant de la première détection directe d'ondes gravitationnelles laquelle marquera le début d'une nouvelle ère de l'astronomie. Au moment de l'écriture de cette lettre d'information, Advanced LIGO a commencé sa première série d'observation « 01 », après sa phase de mise en service étendue et une batterie de test techniques. L'équipe d'Einstein@Home est vraiment excitée et attend avec impatience les données de la plus sensible onde gravitationnelle jamais enregistrée.
Dans la première semaine de Septembre, plus de 200 scientifiques des ondes gravitationnelles de la collaboration du LIGO Virgo se sont rassemblés pour leur réunion d'automne. De nombreux membres de l'équipe Einstein étaient présents et ont rendu compte de leurs recherches en cours sur les ondes gravitationnelles. Pendant cette réunion, le 7ème numéro du LIGO magazine, comportant un article de 4 pages sur Einsten@Home, est sorti. Vous pouvez le lire gratuitement ici [1].
Notre seconde lettre d'informations de cette année comporte des nouvelles de l'administration et des mises à jour du projet de nos trois recherches sur les étoiles à neutrons à rotations rapides (à travers les ondes gravitationnelles, les ondes radio et les rayons gamma). Nous sommes très heureux de déclarer 3 nouvelles découvertes ! Une a été réalisée grâce aux données du télescope spatial Gamma-Ray Fermi de la NASA et 3 autres grâce aux données du télescope radio d'Arecibo. Voir ci-dessous pour plus de détails sur ces découvertes.
Notez que nous communiquons sur un poste d'ingénieur informatique à Einstein@Home à l'UWM de Milwaukee [2] . Si vous avez les compétences requises et que vous êtes intéressé, veuillez faire votre demande.
Bruce Allen, Directeur, Einstein@Home
Nouvelles sur la recherche des ondes gravitationnelles (M. Alessandra Papa)
La recherche plein ciel d'Einstein@Home de signaux continus d'onde gravitationnelle dans la gamme de fréquence de 50 à 510 Hz en est aux dernières étapes. Grâce à votre soutien constant, nous avons assez de puissance de calcul (de traitement) pour mettre en œuvre une hiérarchie de suivi. Chaque étape était plus délicate que la précédente et agrandirait un signal s'il était présent et rejetterait de plus en plus de fausses alarmes (variations aléatoires du bruit imitant un signal).
A la date de la première lettre d'information, nous avions terminé le premier suivi (FU1), lequel portait sur un total de 16 millions de candidats. A partir de cela, le prochaine étape (FU2) suivait environ 5,5 millions, en utilisant une configuration différente pour augmenter la sensibilité. Les données étaient divisées en 40 segments, chacun avec un temps d'observation uniforme plus long, à savoir 140 heures contre 60 heures utilisées pour FU1. Environ 1 candidat sur 5 qui étaient examinés avec FU2 méritait d'être inspecté minutieusement durant la troisième étape de suivi (FU3).
La troisième et dernière étape utilise des segments de données de 140 heures de temps d'observation uniforme (comme FU2) mais avec une grille plus fine dans un espace paramétrique, agrandissant et augmentant la sensibilité. Selon nos études, cela devrait nous donner au moins une augmentation de 40 % du rapport signal bruit. Cela est suffisant pour séparer en toute confiance un possible signal de bruit de fond. En fait, nous nous attendons à n'avoir que quelques candidats sortant de FU3, lequel pourrait être confirmé ou rejeté en se basant sur des études spécifiques de candidats adaptés.
FU3 est un court essai, de l'ordre de quelques semaines, et qui s'est terminé fin Septembre. Si nous voyons quelque chose, ce sera extrêmement excitant ! Sinon, nous pourrons fixer une limite supérieure plus contraignante sur l'amplitude des ondes gravitationnelles continues. Et enfin, les détecteurs plus sensibles et améliorés de l'Advanced LIGO ont été branchés ces jours, et nous ne pouvons plus attendre pour examiner cette nouvelle donnée.
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Informations sur le projet WCG: Help Fight Childhood Cancer
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| Par le Dr. Akira Nakagawara, MD, PhD |
| CEO of the Saga Medical Center KOSEIKAN and President Emeritus, Chiba Cancer Center |
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| traduction: Maugou |
La phase 2 de HFCC (lutte contre le cancer chez les enfants) approfondira les découvertes révolutionnaires de la phase 1. De nouveaux collaborateurs, de nouvelles cibles thérapeutiques et de nouvelles options de traitement, se traduiront par un nouvel espoir pour encore plus de patients pédiatriques atteints de cancer.
L'année dernière, notre équipe (HFCC) a annoncé une découverte révolutionnaire ayant le potentiel d'améliorer les traitements pour le neuroblastome - l'un des types de cancers de l'enfance les plus communs et les plus meurtriers. Nous avons commencé à préparer une deuxième phase de notre projet qui va enquêter sur les traitements possibles pour les autres types de tumeurs qui se produisent chez les enfants. Il y a plusieurs nouveaux développements dans le projet, dont chacun augmente sa portée, son efficacité et ses avantages potentiels pour certains patients pédiatriques les plus vulnérables.
Nouvelle structure de projet
La phase 1 de HFCC était une initiative conjointe du personnel à l'Institut Chiba Cancer Research Center (que je dirigeais auparavant) et l'Université de Chiba, dirigé par le Dr Hoshino et le Dr Tamura. En raison de ma nouvelle position, la responsabilité principale du projet est en train de passer à l'Institut de recherche Saga Medical Center KOSEIKAN (que je dirige maintenant). La phase 2 accueillera également plusieurs nouveaux collaborateurs, y compris des équipes de l'Université de Hong Kong (dirigée par le Dr Godfrey CF Chan) et de l'Hôpital pour enfants du Texas (dirigée par le Dr Ching C. Lau), qui sont tous deux oncologues pédiatriques.
De nouvelles cibles de la maladie
Avec le succès de la phase 1 HFCC dans l'identification des candidats prometteurs pour le neuroblastome, nous appliquons notre approche de recherche éprouvée à élargir considérablement la portée de notre travail. Dans la phase 2, nous allons examiner un large éventail de cible de cancers infantiles, pour inclure d'autres cancers du foie et des os. Donc nos efforts initiaux de la phase 2 cibleront l'hépatoblastome et le sarcome de Ewing ainsi que le neuroblastome. D'autres cancers seront ajoutés plus tard en tant que cibles lorsque les protéines spécifiques seront identifiées et leurs structures découvertes.
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Interview d'un administrateur de SETI@home
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- Écrit par : Christian
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Par Ben Knight 
| site internet Geekquinox –Mardi 29 octobre 2015
traduction pour l'AF: ElGrande
Pendant trois décennies fascinantes, SETI (le Search for Extra-Terrestrial Intelligence - La recherche d'intelligence extraterrestre ) a scruté le ciel, à la recherche de signaux radio indicateurs qui nous annonceraient l'existence de vie intelligente, prouvant que nous ne sommes pas seuls dans l'univers .
Ils ne les ont pas trouvé .
Mais ils ont été loin d'être seul dans leur recherche .
Toutefois en 1999, SETI a trouvé un moyen d'impliquer un nombre considérable de passionnés de l'espace, en reliant leurs ordinateurs pour créer une toile de traitement de données connue sous le nom de SETI@Home.
" Un des problèmes que nous avons avec SETI – et nous avons toujours ce problème, est que la capacité de recueillir de grandes quantités de données a toujours dépassé notre capacité à analyser les données, " a déclaré Eric Korpela, directeur de SETI@Home, du Centre de recherche Berkeley-SETI à l'Université de Californie .
A la fin des années 90, un gars intelligent du nom de David Gedye est venu avec l'idée d'utiliser les ordinateurs connectés à internet pour analyser les données SETI que nous avions recueillies à l'Observatoire de Radio d'Arecibo à Porto Rico. Son idée était que nous obtiendrions quelques milliers de personnes qui pourraient être intéressées par SETI et donneraient leur temps d'ordinateur pour nous, et nous serions en mesure d'analyser toutes les données dont nous avions besoin.
" Bien sûr, lorsque nous l'avons développée et tourner le bouton, nous avions plus d'1 million de bénévoles. "
Ces gens avaient tendance à être très intéressé par la recherche de vie extraterrestre. Et ils ne l'étaient pas passivement par celle-ci.
Beaucoup sont devenus des collaborateurs actifs, aussi.
" Nous avons effectivement fait beaucoup d'efforts pour essayer de créer un environnement accueillant, " a déclaré Korpela.
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Analyse d'une foule de données sur le monde naturel
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traduction: Maugou source: article UGM
Par: Wim Degrave, Ph.D.
Laboratorio de Genòmica Funcional e Bioinformática Instituto Oswaldo Cruz - Fiocruz
14 octobre 2015
Récapitulatif
Le projet "Découvrir les mystères du génome" (UGM) a déjà amassé des données sur plus de 200 millions de protéines, dans le but de comprendre les caractéristiques communes à la vie partout sur Terre. Il y a des dizaines de millions de calculs restant à effectuer, mais l'équipe se prépare également pour l'analyse et la publication éventuelle des données.
Depuis près d'un an maintenant, UGM a comparé les séquences de protéines dérivées des génomes de presque tous les organismes vivants analysés à ce jour. Merci à tous les bénévoles qui contribuent avec du temps d'ordinateur pour la World Community Grid, plus de 34 millions de résultats ont été retournés avec des données sur l'identification fonctionnelle et les similitudes des protéines. Avec nos collaborateurs en Australie, nous avons porté une attention particulière aux micro-organismes de différents écosystèmes, avec un accent particulier sur les organismes marins. Plus de 200 millions de protéines ont été comparées à ce jour, au cours de l'équivalent de 15000 années de calcul. Les données obtenues sont envoyées à nos serveurs informatiques à la Fondation Fiocruz de Rio de Janeiro, au Brésil, et maintenant également à l'Université de Nouvelle-Galles du Sud (Sydney, Australie). Un dernier ensemble d'environ 20 millions de séquences de protéines, déterminé sur la dernière année, est maintenant ajouté à l'ensemble de données et sera traité sur la World Community Grid dans les prochains mois.
Cependant, la tâche de cartographie fonctionnelle et la comparaison entre les protéines de tous ces organismes ne se termine pas là. Notre équipe de scientifiques, dans l'intervalle, investit plus d'efforts pour optimiser les algorithmes pour une analyse plus approfondie et la représentation des données générées par des bénévoles de la World Community Grid, et de préparer les systèmes de bases de données qui mettront les résultats à la disposition de la communauté scientifique. Une fois nos données publiques, nous nous attendons à ce que la compréhension de la communauté scientifique, du réseau complexe de la vie, acquière une perspective complètement nouvelle, et que les résultats contribueront également au développement de nombreuses nouvelles applications dans la santé, l'agriculture et les sciences de la vie en général.
Ce projet est une collaboration entre le World Community Grid, le laboratoire du Dr Torsten Thomas et son équipe de l'École de la biotechnologie et des sciences biomoléculaires et Centre de bio-innovation marine à l'Université de Nouvelle-Galles du Sud (Sydney, Australie), et notre équipe au Laboratoire de génomique fonctionnelle et bio-informatique, à la Fondation Oswaldo Cruz (Fiocruz), au Brésil.
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