WCG - Smash Childhood Cancer - Mise à jour de novembre

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Écrit par : franky82

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Publication : 24 novembre 2020

Récapitulatif

Les unités de travail pour la dernière cible de cancer infantile sont presque terminées, et le projet s'arrêtera pendant que les chercheurs détermineront leur prochain domaine d'intérêt.

 

Contexte

Au cours des 20 dernières années, seul un petit nombre de nouveaux médicaments conçus pour traiter le cancer de l'enfant ont été approuvés par la Food and Drug Administration des États-Unis. La moitié de tous les traitements de chimiothérapie utilisés pour les enfants atteints de cancer existent depuis 25 ans ou plus.

L'équipe de recherche Smash Childhood Cancer a identifié des protéines et d'autres molécules qui jouent un rôle clé dans certains cancers infantiles. L'enjeu est désormais de trouver des candidats-médicaments chimiques qui ciblent spécifiquement ces molécules clés et contrôlent donc les cellules cancéreuses.

 

En voie d'achèvement du dernier objectif sur World Community Grid

Le cycle de travail actuel sur World Community Grid se concentre sur un gène appelé EWSR1. Ce gène est important dans le développement du sarcome d'Ewing, un cancer infantile rare qui commence généralement dans un os ou dans les tissus mous autour d'un os et peut se propager aux poumons ou à d'autres os.

Le travail a été achevé plus rapidement que prévu (voir ci-dessous le dernier Reste-à-faire estimé). Nous estimons maintenant que le travail actuellement disponible pour téléchargement sera envoyé aux bénévoles dans les prochains jours et qu'il faudra jusqu'à deux semaines pour le traiter.

Une fois toutes les unités de travail de l'EWSR1 terminées, le projet s'arrêtera pendant que l'équipe de recherche finalisera sa décision sur une autre nouvelle cible et construira de nouvelles unités de travail. Nous n'avons pas encore de calendrier pour le redémarrage, mais nous le ferons savoir à tout le monde car nous aurons plus d'informations de la part des chercheurs.

Merci à tous ceux qui ont contribué à la puissance de calcul des calculs pour aider à comprendre le gène EWSR1.

 

État actuel des unités de travail

- Disponible en téléchargement : 2 lots
 - En cours : 100 lots (10 000 000 unités de travail)
 - Terminé : 3967 lots
                  41 lots au cours des 30 derniers jours
                  Moyenne de 1,36 lots par jour
 - Reste-à-faire estimé: 2-3 jours (au 19 novembre)

 

19 nov. 2020 

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=667

 

Création : 24 novembre 2020

Mis à jour : 24 novembre 2020

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WCG - OpenPandemics - COVID-19 : Mise à jour de novembre

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Écrit par : franky82

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Publication : 24 novembre 2020

Récapitulatif

L'équipe de recherche a identifié 70 composés prometteurs pour les tests en laboratoire.

 

Contexte

OpenPandemics - COVID-19 a  été créé pour aider à accélérer la recherche de traitements potentiels contre la COVID-19 et également pour créer une boîte à outils open source à réponse rapide qui aidera tous les scientifiques à rechercher rapidement des traitements en cas de futures pandémies.

 

Commande de composés pour les tests en laboratoire

Comme les chercheurs l'ont mentionné dans leur mise à jour du projet il y a quelques semaines, ils ont identifié 70 composés à tester expérimentalement par leurs collaborateurs de laboratoire. Ils travaillent avec un fournisseur de produits chimiques appelé Enamine pour commander ces composés. (C'est un processus qui peut parfois prendre quelques mois.) Nous informerons tout le monde une fois que les composés auront été reçus et que les tests en laboratoire auront commencé.

 

OpenPandemics pour GPU

Les unités de travail pour le GPU ont fait l'objet de revues techniques, d'une revue Open Source et sont actuellement en cours de révision de sécurité. Le portage du code sur le GPU est un processus long, mais ces étapes sont toutes nécessaires pour s'assurer que tout fonctionne bien et en toute sécurité avant que les unités de travail ne soient envoyées aux volontaires.

 

État actuel des unités de travail

- Disponible pour téléchargement: 7 304 lots
 - En cours: 3 937 lots (15 329 9549 unités de travail)
 - Terminé: 15737 lots
                   3598 lots au cours des 30 derniers jours
                   Moyenne de 119,9 lots par jour
 - Reste-à-faire estimé: 60,9 jours

 

17 nov. 2020 

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=666

 

Création : 24 novembre 2020

Mis à jour : 24 novembre 2020

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Les supercalculateurs fabriqués à Jülich établissent de nouvelles normes

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Écrit par : franky82

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Publication : 18 novembre 2020

Le Centre de Recherche Jülich et ses partenaires ont conçu un supercalculateur incomparablement flexible et économe en énergie - c'est l'ordinateur le plus rapide d'Europe.

Jülich, 16 novembre 2020 - Le supercalculateur Jülich JUWELS a été agrandi au cours des derniers mois. Grâce à un nouveau module booster, 85 pétaflops sont désormais possibles, ce qui correspond à 85 quadrillions d'opérations arithmétiques par seconde ou à la puissance de calcul de plus de 300 000 PC modernes. JUWELS peut étendre massivement les limites des simulations et offre également la plate-forme la plus puissante d'Europe pour l'utilisation de l'intelligence artificielle (IA). L'ordinateur que le Centre de Recherche Jülich, la société franco-allemande Atos et le spécialiste du superinformatique munichois ParTec ont développé avec le constructeur américain NVIDIA est actuellement le système le plus rapide d'Europe.

Le supercalculateur Jülich, financé par le Centre national Gauss pour le calcul intensif, a atteint la 7e place sur la liste TOP500 des ordinateurs les plus rapides au monde. JUWELS se classe troisième sur la liste Green500 actuelle et est le système le plus écoénergétique de la classe de performance la plus élevée.

 

Vidéo: Supercalculateur flexible fabriqué à Jülich (durée: 4:01 min.)
(en allemand - l'article original est en allemand)

"Nous considérons le calcul intensif non seulement comme un objet de notre recherche, mais surtout comme un outil puissant avec lequel nous pouvons répondre à des questions de recherche complexes avec nos partenaires de la science et de l'industrie", déclare le professeur Wolfgang Marquardt, PDG du Centre de Recherche Jülich (Jülich Forschungszentrum).

Avec le système JUWELS entièrement étendu, le Centre de Recherche Jülich permet aux scientifiques d'une grande variété d'institutions et de disciplines scientifiques d'accéder à des capacités de calcul haute performance au plus haut niveau. Dans le même temps, cependant, avec le système, nous démontrons également la gestion responsable de la demande d'énergie toujours croissante pour la fourniture de puissance de calcul. "

 

Un plus grand réalisme

"Un exemple très actuel de la crise actuelle du COVID-19 est le soutien au développement de médicaments sur ordinateur», explique le professeur Thomas Lippert, directeur du Jülich Supercomputing Center. "Seule la puissance de calcul du booster permet à nos chercheurs de simuler les processus avant, pendant et après qu'un ingrédient actif potentiel rencontre un récepteur ou une protéine de manière réaliste."

 
Un autre exemple est la simulation détaillée des mouvements de surface, de la terre et des eaux souterraines. Avec le nouveau booster JUWELS, les chercheurs peuvent pour la première fois effectuer des simulations pour l'Allemagne et l'Europe avec la résolution fine requise, par exemple de pentes individuelles ou de couloirs fluviaux.

 

Applications Eary Access : les premières applications sur le booster JUWELS

Le temps de calcul sur le booster JUWELS est précieux. Les premières applications fonctionnaient déjà sur le système lors de la première phase de test à la fin de l'été et à l'automne de cette année. Les «applications à accès anticipé» fournissent des informations précieuses pour optimiser le code et fournissent les premiers résultats scientifiques tangibles.

Recherche sur les médicaments

Amber - enquête sur les substances médicinales à des échelles de temps biologiquement pertinentes
La question du lien entre la liaison médicamenteuse et la cinétique du signal devient de plus en plus au centre de la recherche pharmaceutique. L'évolution temporelle de la liaison de certaines substances à un récepteur est particulièrement intéressante. Les performances du module booster JUWELS permettent désormais des simulations sur des échelles de temps biologiquement pertinentes.
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Recherche atmosphérique et climatique

DeepACF - apprentissage en profondeur pour les prévisions météorologiques à haute résolution
Les prévisions météorologiques jouent un rôle important dans de nombreux domaines économiques et sociaux, par exemple dans la lutte contre les catastrophes, l'aérospatiale et l'agriculture. Dans le cadre du projet DeepACF, les scientifiques du Forschungszentrum Jülich adoptent donc une nouvelle approche pour affiner davantage les prévisions dans l'espace.
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ICON - modèles météorologiques et climatiques physiques de nouvelle génération
Avec le booster JUWELS, les ressources sont disponibles pour la première fois pour simuler des formes de nuages ​​de convection dite peu profonde à l'échelle mondiale. Une condition préalable importante pour cela est un développement actuel du modèle ICON. Cela permet désormais d'utiliser en grand nombre de puissants processeurs graphiques (GPU), tels que ceux intégrés au JUWELS Booster.
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MPTRAC - Calcul de trajectoire massivement parallèle des émissions volcaniques
Les chercheurs utilisent le code MPTRAC pour identifier les sources de dioxyde de soufre (SO2) et pour reconstituer le trajet du gaz à effet de serre dans la haute atmosphère en termes de temps et d'espace en 3D. Les simulations sont basées sur l'évaluation des mesures satellitaires globales du SO2 dans l'atmosphère, qui proviennent pour la plupart d'usines industrielles et de volcans.
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Terre et environnement

ParFlow - simulation des mouvements de surface, de la terre et des eaux souterraines
Le code ParFlow simule les mouvements de surface, de la terre et des eaux souterraines, en tenant compte des influences anthropiques, par exemple l'extraction des eaux souterraines et l'irrigation. Les propriétés spéciales et la taille du module d'appoint JUWELS permettent désormais pour la première fois des simulations terrestres pour l'Europe avec une résolution si fine que les pentes individuelles et les couloirs fluviaux peuvent être résolus. Ceci est à son tour la condition préalable pour déterminer les différences locales dans le cycle de l'eau, qui sont d'un grand intérêt pour les scientifiques et les parties prenantes, par exemple.
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Astrophysique

GPU NBODY6 ++ - Amas d'étoiles denses et ondes gravitationnelles
Depuis qu'il a été possible de détecter les ondes gravitationnelles avec des détecteurs comme LIGO et Virgo, les scientifiques ont prévu d'utiliser des ondes gravitationnelles pour étudier les objets astronomiques. Avec l'aide du booster JUWELS et du code GPU NBODY6 ++, des simulations complètes de sources typiques d'ondes gravitationnelles dans des amas d'étoiles denses dans l'univers dit local sont possibles pour la première fois - à des distances qui peuvent être enregistrées par LIGO et Virgo.
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Traitement quantique de l'information

JUQCS-G - simulation d'un ordinateur quantique universel
Comprendre les étapes de calcul d'un ordinateur quantique sur des ordinateurs numériques conventionnels est un grand défi. Les calculs avec des quantités de données aussi importantes et un nombre proportionnellement élevé de processeurs ne sont possibles qu'avec un logiciel qui fonctionne efficacement sur les architectures parallèles des supercalculateurs actuels. Pour cette raison, le logiciel de simulation quantique massivement parallèle JUQCS-G a été développé, avec lequel les ressources des supercalculateurs actuels, la mémoire existante, la puissance de calcul et le réseau de communication peuvent être pleinement exploités.
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Recherche de matériaux

SOMA - Recherche sur la cinétique des nanomatériaux
Le code SOMA permet de simuler la soi-disant micro-séparation de phases de matériaux polymères. La particularité: l'outil de simulation peut résoudre les détails des molécules de polymère et en même temps enregistrer des échelles de longueur qui sont pertinentes pour des applications techniques, par exemple pour la production de nanomembranes.
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Neuroscience

E-train - comprendre les processus d'apprentissage dans le cerveau
Comment le cerveau apprend-il exactement à résoudre des tâches complexes et exigeantes? Malgré des recherches intensives, cette question reste largement sans réponse. Le module booster du supercalculateur JUWELS, grâce au matériel extrêmement puissant qui y est utilisé et aux réseaux haute performance utilisés, offre d'excellentes conditions pour cartographier les processus d'apprentissage dans de grands modèles de colonnes dites corticales et d'aires cérébrales.
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Physique du plasma

PIConGPU - simulations plasma pour accélérateurs de particules de la prochaine génération
PIConGPU est un environnement de simulation open source dans le domaine de la physique des lasers et des plasmas. Il est utilisé pour développer de puissants accélérateurs de particules qui sont utilisés, par exemple, pour la radiothérapie dans le traitement du cancer, la physique des hautes énergies et la recherche avec des photons. Le code calcule la dynamique relativiste des électrons, des protons et des ions dans les champs électriques et magnétiques, en tenant compte de l'ionisation, des collisions de particules et du rayonnement.
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Physique élémentaire des particules

HotQCD - Explorer les états extrêmes de la matière
Le programme de recherche HotQCD vise à mieux comprendre la structure des phases et les propriétés caractéristiques de la matière en interaction forte.

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Baryons avec charme
Il existe quatre interactions fondamentales, également appelées les quatre forces fondamentales de la physique: l'électromagnétisme, l'interaction faible et forte et la gravité. Les trois premiers forment le modèle standard de la physique élémentaire des particules. Cependant, ce modèle - qui est en fait une théorie - est incomplet. Les chercheurs espèrent donc développer une nouvelle physique au-delà du modèle standard en comparant des prédictions théoriques de plus en plus précises et des données expérimentales.
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Structure Flavor-Singulet des hadrons - une question fondamentale en physique des particules
Ce projet traite de la distribution des quarks et des gluons dans les protons et les neutrons ainsi que dans d'autres états liés, les soi-disant hadrons, qui sont décrits par la QCD. Les résultats de ces recherches sont d'une grande pertinence théorique, mais sont tout aussi importants pour les expériences en cours telles que celles menées au CERN.
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SignQCD - simulation de la forme la plus chaude de la matière
SignQCD simule la forme de matière la plus extrême qui puisse être créée en laboratoire: le plasma quark-gluon. C'est un état fluide de la matière qui est déterminé par les interactions entre les composants élémentaires du noyau atomique - les quarks et les gluons. Les particularités du module booster JUWELS permettent pour la première fois d'étudier cette forme de matière grâce à des simulations directes avec des densités de quarks finies - quoique faibles. Cela ouvre des perspectives complètement nouvelles pour les investigations informatiques et de nouvelles connaissances sur le diagramme de phase QCD peuvent être obtenues.
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 Répartition intelligente des tâches - efficacité énergétique maximale

JUWELS est basé sur une architecture modulaire hautement flexible développée par le Centre de Recherche Jülich avec des partenaires européens et internationaux. «Avec ses processeurs graphiques puissants et très efficaces, le nouveau module booster est spécialement conçu pour les applications extrêmement gourmandes en calcul qui peuvent facilement être traitées en parallèle sur un grand nombre de cœurs de calcul», explique Dr. Dorian Krause, qui est responsable de la mise en place et de l'exploitation du système extraordinairement complexe de Jülich. "De plus, JUWELS fait partie des 10 ordinateurs les plus rapides au monde, leader en matière d'efficacité énergétique."

Le supercalculateur Jülich est l'un des premiers à être équipé de GPU NVIDIA A100 Tensor Core basés sur l'architecture NVIDIA Ampere. Le booster combine environ 12 millions de cœurs CUDA (FP64) sur ses plus de 3700 processeurs graphiques, qui sont connectés les uns aux autres via un réseau haute performance NVIDIA Mellanox HDR Infiniband avec 200 Gb / s. Le booster à lui seul atteint une performance maximale de 73 pétaflops. Surtout pour les applications d'IA qui imposent des exigences différentes au matériel, même jusqu'à 2,5 exaflops sont possibles: cela correspond à 2,5 billions d'opérations arithmétiques par seconde. Le module est ainsi la plateforme la plus puissante d'Europe pour l'utilisation de l'intelligence artificielle (IA).

«Le point fort de JUWELS est que les deux modules, l'ancien« module de cluster », qui fonctionne avec des processeurs rapides (CPU), et le module booster avec ses GPU, sont très étroitement interconnectés», déclare Bernhard Frohwitter, PDG de Münchner Spécialistes en supercalcul ParTec. La collaboration entre les modules contrôle le système logiciel modulaire de ParTec ParaStation Modulo, un développement mondial de premier plan en Allemagne. «Avec ParaStation Modulo, JUWELS peut accéder de manière dynamique à tous les CPU et GPU d'un code et ainsi optimiser le calcul.»

«Les deux modules proviennent d'Atos et sont basés sur notre infrastructure BullSequana X, dont la solution DLC (Direct Liquid Cooling) hautement efficace, refroidie par eau et brevetée contribue de manière significative à la faible consommation d'énergie du système», explique Agnès Boudot, Senior Vice President, Head of HPC & Quantum chez Atos. "La conception d'Atos garantit que la puissance de calcul du processeur et des lames GPU peut être pleinement utilisée par les applications."

 

 

 

Préparé pour les technologies futures

Pour le professeur Thomas Lippert, le système JUWELS est une étape importante sur la voie de l'ordinateur européen exascale, qui doit être mis en service à partir de 2023. La construction et l'exploitation d'un tel supercalculateur sont considérées comme la prochaine grande étape du supercalculateur dans le monde. Avec une puissance de calcul d'au moins un exaflops, soit 1 billion d'opérations en virgule flottante par seconde, il serait au moins douze fois plus rapide que le supercalculateur JUWELS.

«L'architecture modulaire de JUWELS, la conception de ses nœuds de calcul, le réseau, l'infrastructure et le refroidissement ainsi que l'architecture logicielle peuvent être facilement transférées vers un ordinateur exascale, où les coûts et la consommation d'énergie restent justifiés», explique Thomas Lippert.

JUWELS est également parfaitement préparé pour l'avenir du calcul intensif à d'autres égards. La conception modulaire permet d'intégrer de futures technologies qui font également l'objet de recherches intensives au Forschungszentrum Jülich: il s'agit par exemple de modules informatiques quantiques ou de modules neuromorphiques qui fonctionnent sur le modèle du cerveau humain.

 

 Financement fédéral et étatique

L'achat du booster JUWELS est financé par le gouvernement fédéral et le Land de Rhénanie du Nord-Westphalie. JSC exploite JUWELS en tant que membre du Gauss Centre for Supercomputing (GCS), l'association des centres nationaux de supercalcul en Allemagne, qui comprend les trois centres de calcul du Forschungszentrum Jülich (JSC), de l'Académie bavaroise des sciences (LRZ) et de l'Université de Stuttgart (HLRS).

Le temps de calcul est alloué après l'application et l'évaluation scientifique au niveau national et européen. Le GCS et le Forschungszentrum Jülich sont soutenus par le ministère fédéral de l'Éducation et de la Recherche (BMBF) et le ministère de la Culture et des Sciences de l'État de Rhénanie du Nord-Westphalie ainsi que le ministère de la Science, de la Recherche et de l'Art du Bade-Wurtemberg et le ministère de la Science et de l'Art de Bavière.

 

Concept du Jülich
Le concept modulaire mis en œuvre au Jülich Supercomputing Center (JSC) a été développé au cours de nombreuses années de coopération avec la société de logiciels munichoise ParTec. Il fournit un supercalculateur composé de plusieurs composants spécialisés qui peuvent être combinés dynamiquement selon les besoins à l'aide d'un logiciel standardisé. Depuis 2011, des partenaires européens de l'industrie et de la recherche ont développé et testé les premiers systèmes modulaires sous la direction de Jülich, et ont continuellement élargi le concept dans les projets de recherche DEEP financés par l'UE .

Le booster est né d'une collaboration entre les experts JSC et le fabricant de supercalculateurs Atos (France), le spécialiste du logiciel ParTec (Allemagne) et le fabricant de processeurs graphiques NVIDIA (USA). Le spécialiste des réseaux israélien Mellanox, également impliqué, a été repris par NVIDIA au printemps de cette année.

 

 Caractéristiques :

 

Supercalculateur pour les grandes tâches arithmétiques et l'IA
Grâce à un nouveau module booster, JUWELS a considérablement augmenté sa puissance de calcul. Ces derniers mois, des chercheurs de toute l’Europe ont adapté et développé des programmes pour qu’ils fonctionnent massivement en parallèle sur plus de 3 700 processeurs graphiques (GPU) du booster.
                                                        Lire plus >  

 

 Prof. Dr. Dr. Thomas Lippert
Directeur du Jülich Supercomputing Center

Dr. Dorian Krause
Jülich Supercomputing Center

 

traduction de l'article (en allemand) du Jülich : https://www.fz-juelich.de/portal/DE/Presse/Pressemitteilungen/2020/2020-11-16-juwels-booster-pm/_node.html

 

Création : 18 novembre 2020

Mis à jour : 18 novembre 2020

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WCG - Help Stop TB : Mise à jour de novembre

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Écrit par : franky82

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Publication : 17 novembre 2020

Récapitulatif

Dans cette mise à jour, rencontrez un nouveau membre de l'équipe de recherche étudiante qui contribuera à l'analyse des données au cours des prochaines semaines.

 

Contexte

Le projet Help Stop TB a été créé pour étudier la gaine de la bactérie responsable de la tuberculose (TB), afin d'aider les scientifiques à rechercher de meilleurs traitements.

Le 14 octobre, l'Organisation mondiale de la santé a publié les statistiques mondiales les plus récentes sur la tuberculose, notamment les suivantes :
 - En 2019, environ 10 millions de personnes ont contracté la tuberculose.
 - 1,4 million de personnes sont décédées de la tuberculose en 2019.
 - La tuberculose reste l'une des 10 principales causes de décès dans le monde et la principale cause d'un seul agent infectieux (au-dessus du VIH / SIDA).

 

Article à venir

L'un des anciens membres de l'équipe de recherche, le Dr Athina Meletiou, a rédigé une ébauche de document sur les résultats du projet avant de déménager dans une nouvelle institution. Le chercheur principal, le Dr Anna Croft, et le dernier membre de l'équipe permanente, le Dr Marko Hanževački, examinent ce projet et feront des mises à jour si nécessaire. Nous informerons tout le monde une fois qu'ils auront terminé et soumettrons l'article à des revues académiques pour qu'il soit examiné pour publication.

 

Bienvenue, Connor

Dans la mise à jour du mois dernier, nous avons mentionné qu'un nouvel étudiant fera partie de l'équipe de recherche pour une rotation de huit semaines, et il a rejoint l'appel de recherche de ce mois-ci.

Connor McGee est doctorant dans le programme de formation doctorale en biosciences  de l'Université de Nottingham. Pour l'une de ses rotations de projet, il a rejoint l'équipe de recherche Croft sous la supervision d'Anna Croft et de Christof Jager pour étudier les propriétés structurelles des acides mycoliques dans la paroi cellulaire de la tuberculose.

Auparavant, Connor a terminé sa maîtrise en psychologie, en se concentrant sur la modélisation mathématique des systèmes neuronaux et gliaux. Son principal intérêt de recherche concerne l'utilisation de méthodes de calcul pour étudier les relations structure-fonction dans une gamme de sujets biologiques, y compris les neurosciences, la biologie cellulaire et les systèmes moléculaires. Il s'intéresse également au développement de méthodologies à la fois en analyse de données et en modélisation mathématique.

 

État actuel des unités de travail

- En cours: 34 lots (3369 unités de travail)
 - Terminé: 23 660 lots
                         74 lots au cours des 30 derniers jours
                         Moyenne de 2,67 lots par jour

Remarque : pour ce projet particulier, les chercheurs doivent souvent analyser les lots que nous leur renvoyons avant de pouvoir construire d'autres unités de travail. Cela peut parfois conduire à une alimentation intermittente des unités de travail.

 

13 nov. 2020 

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=665

 

Création : 17 novembre 2020

Mis à jour : 17 novembre 2020

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WCG - Microbiome Immunity Project : Mise à jour de novembre

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Écrit par : franky82

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Publication : 10 novembre 2020

Récapitulatif

L'équipe de recherche et l'équipe technique de World Community Grid continuent de collaborer sur un nouveau type d'unité de travail pour le projet.

 

Qu'est le microbiote humain et pourquoi est-il important ?

 

Contexte

Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul du World Community Grid (BOINC) pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela aide les scientifiques à comprendre le rôle du microbiote dans la maladie.

Jusqu'à présent, les chercheurs ont exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans leur filiaire, et ils ont encore plus de séquences à exécuter à l'avenir.

 

Nouveau type d'unité de travail potentiel

Comme nous l'avons mentionné dans la mise à jour du mois dernier, l'équipe de recherche souhaite apporter des modifications aux unités de travail qu'elle soumet à World Community Grid. Ces changements pourraient potentiellement accélérer leurs recherches.

L'équipe technique de World Community Grid a testé le premier ensemble de ces nouvelles unités de travail. Ils travaillent actuellement avec les chercheurs sur les points suivants :
 - normaliser la longueur des nouvelles unités de travail,
 - décider s'ils auront besoin de plus de mémoire physique que la normale,
 - modification des graphiques de l’économiseur d’écran.

À ce stade, l'équipe technique estime que les changements de code requis pour les nouvelles unités de travail ne nécessiteront pas un examen de sécurité distinct. (Nous informerons tout le monde si cela change.)

Nous continuerons de fournir des informations au fur et à mesure de l'avancement de ce travail. En attendant, il reste encore beaucoup de recherches à faire en utilisant le type actuel d'unités de travail.

 

Articles en cours

L'équipe de recherche poursuit ses travaux sur trois articles liés aux données traitées par World Community Grid. Un article a été soumis à une revue pour examen en octobre et est toujours en cours d'examen. Les deux autres articles en sont au stade de l'analyse des données, ce qui prendra probablement encore au moins quelques mois.

 

État actuel des unités de travail

  - Disponible pour téléchargement : 713 lots
  - En cours : 4 970 lots (7 006 135 unités de travail)
  - Terminées : 317650 lots (1959 lots au cours des 30 derniers jours, soit une moyenne de 65 lots par jour)
  - Reste-à-faire estimé : 10 jours (les chercheurs créent plus d'unités de travail et nous n'anticipons aucune pause dans le travail).

 

9 nov. 2020 

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=663

 

Création : 10 novembre 2020

Mis à jour : 10 novembre 2020

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WCG - Africa Rainfall Project : Mise à jour de novembre

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Écrit par : franky82

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Publication : 10 novembre 2020

Récapitulatif

Le chercheur principal du projet fera une présentation lors de deux conférences virtuelles avant la fin de 2020.

 

Africa Rainfall Project
95 % des fermes en Afrique dépendent de la pluie
mais le changement climatique siginifie que les précipitations de nombreuses régions d'Afrique pourraient diminuer de façon permanente.
Les scientifiques analysent les données de météorologie pour améliorer la prévision des précipitations en Afrique et aider les agriculteurs à planifier leurs futures cultures.
Vous pouvez aider en offrant votre puissance informatique :

fermiers
+ scientifiques (à l'université de Delft)
+ données et technologie (IBM)
+ volontaires comme vous
= Africa Rainfall Project

 

Contexte du projet

95% de l'agriculture en Afrique dépend des précipitations. L'Africa Rainfall Project utilise une puissance de calcul élevée, des données de "The Weather Company" et d'autres données pour fournir des prévisions pluviométriques plus précises, ce qui aidera les agriculteurs à mieux cultiver.

 

Analyse des résultats

Dans la mise à jour du mois dernier, nous avons mentionné un étudiant qui travaillait avec les chercheurs pendant quelques semaines pour aider à l'analyse des données. L'étudiant a maintenant terminé son stage et les chercheurs continueront de se pencher sur son travail dans les semaines à venir. Ils partageront les résultats de l'analyse une fois qu'elle sera terminée.

 

Prochaines conférences

Le chercheur principal du projet, le professeur Nick van de Giesen, fera une présentation lors de deux conférences virtuelles avant la fin de 2020. Une présentation sera donnée à la réunion d'automne de l'American Geophysical Union (voir encadré), et la seconde sera pour la Société météorologique norvégienne. Les deux présentations seront centrées sur le projet Africa Rainfall.

 

État actuel des unités de travail

World Community Grid envoie actuellement les générations 35 et 36.
(Une génération est un ensemble de travaux - dans ce cas, un ensemble de simulations informatiques de précipitations en Afrique subsaharienne.)

 

African Rainfall Project : Modélisation météorologique haute résolution (1 km) à l'échelle continentale grâce au World Community Grid

Extrait :
L'objectif de l'African Rainfall Project (ARP) est de dériver des estimations précises des précipitations sur l'Afrique subsaharienne, à l'aide d'une application haute résolution (1 km) du Weather Research and Forecasting Model (WRF). Une telle résolution permettra au modèle de mieux représenter les précipitations, et en particulier les précipitations convectives. Il s'agit d'une expérience unique qui n'a jamais été réalisée à une telle échelle. Le modèle fonctionne sur IBM World Community Grid ( WCG - BOINC ).

ARP divise le continent africain en plus de 35609 domaines de modélisation WRF. Pour chaque domaine, WRF est exécuté sur un ordinateur personnel d'un volontaire, qui partage des ressources informatiques supplémentaires via le WCG. Il calcule les épisodes de deux jours de temps avec une sortie toutes les 15 minutes (193 pas de temps au total chacun). Chaque domaine WRF est triplement imbriqué. Par conséquent, il calcule d'abord à une résolution grossière de 9 km x 9 km couvrant une région de 468 km x 468 km avec des conditions aux limites historiques issues de l'analyse globale opérationnelle NCEP FNL (finale). Au centre de ce domaine, il calcule le nid suivant à la résolution intermédiaire de 3 km (156 km x 156 km) avec les conditions aux limites fixées par le calcul du domaine le plus grossier. Enfin, un domaine de 52 km x 52 km est calculé au centre du domaine intermédiaire. Verticalement, l'atmosphère est divisée en 51 couches de sorte que la sortie est produite sur une grille de 52x52x51. Le modèle est exécuté sur quatre grilles échelonnées pour être en mesure d'examiner la variabilité des résultats du modèle. La période couverte s'étend du 1er juillet 2018 au 30 juin 2019.

Tous les paramètres atmosphériques (vent, pression, etc.) sont calculés mais seulement une vingtaine de variables d'intérêt direct sont stockées et téléchargées dans l'installation centrale de WCG. La quantité de données produites est d'environ 0,5 Po ou, en termes plus nostalgiques, une pile de plus de 370 millions de disquettes de 3,5 pouces. Ce tas pèserait plus de 6700 tonnes et ferait plus de 1200 km de haut. Ces données seront stockées et rendues disponibles via un géo-portail interactif à SURFsara, une installation de calcul des universités néerlandaises. Les premiers résultats seront présentés ici, ainsi qu'une comparaison des résultats du modèle avec les données au sol de l'Observatoire hydrométéorologique transafricain ( TAHMO ).

Auteurs :
- Nick Van De Giesen (Université de technologie de Delft) 
 - Camille Le Coz (Université de technologie de Delft) 
 - Lloyd A. Treinish (Centre de recherche IBM Thomas J. Watson)

 

5 nov. 2020 

 

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=662

 

Création : 10 novembre 2020

Mis à jour : 10 novembre 2020

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