WCG : OpenPandemics - COVID-19 : Mise à jour du projet 20/07/2020

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Écrit par : franky82

Catégorie parente: Actualités

Publication : 24 juillet 2020

Au cours des derniers mois, l'équipe a travaillé très dur pour lancer une nouvelle initiative en collaboration avec l'initiative IBM World Community Grid: le projet OpenPandemics: COVID-19.

L'objectif du projet est de cribler virtuellement de très grandes collections de composés chimiques pour identifier les inhibiteurs potentiels du virus SARS-CoV2 qui peuvent fournir un point de départ pour le développement de nouveaux outils thérapeutiques pour COVID-19.

Après avoir fait face à plusieurs défis, nous avons finalement lancé le projet et nous avons déjà recueilli de nombreux résultats qui sont actuellement analysés. Chaque composé que nous identifierons dans nos criblages virtuels sera testé expérimentalement dans des tests in vitro par nos collaborateurs (chez Scripps et ailleurs), et nous espérons évoluer pour devenir des antiviraux COVID-19.

Notre projet est l'un des nombreux efforts actifs qui tentent de trouver de nouveaux médicaments potentiels pour lutter contre cette pandémie. Ce qui est unique dans notre projet, c'est que nous utilisons de nouveaux protocoles d'amarrage moléculaire, ainsi que des approches plus conventionnelles, qui nous permettent de cibler des résidus et des régions spécifiques des protéines virales d'une manière très difficile pour le virus de s'échapper.

Jusqu'à présent, nous avons été très occupés à mettre en place l'infrastructure logicielle, à préparer les données d'entrée à traiter par les volontaires et à nous préparer à recevoir et à analyser l'énorme quantité de données qui va être retournée.

Merci à tous pour votre contribution !

Cet article est un résumé ( attendu depuis longtemps! ) Pour tous les volontaires, couvrant la stratégie de dépistage virtuel et les détails sur les cibles du SRAS-CoV-2 qui ont été considérées jusqu'à présent pour le projet OpenPandemics: COVID-19. Il s'agit d'un travail continu et d'autres structures seront ciblées et nous vous tiendrons au courant des nouvelles structures incluses et des premiers résultats à venir.

 

Bibliothèques Ligand (Diogo, Matthew)

Les calculs effectués par les volontaires du World Community Grid (WCG) simulent des millions de composés chimiques pour aider à identifier ceux qui peuvent interagir avec les protéines du SRAS-CoV-2. Bien qu'il existe plusieurs sources commerciales de composés, nous avons décidé de simuler non seulement des molécules disponibles à l'achat, mais également des molécules pouvant être fabriquées en modifiant celles existantes. En particulier, nous avons envisagé des réactions chimiques qui insèrent une ogive chimique suffisamment réactive pour réagir avec les protéines virales, mais pas trop pour devenir dangereusement toxique. Le but de l'ogive réactive est de former une liaison covalente avec les protéines virales, rendant l'événement de liaison irréversible. Nous n'avons considéré que de simples réactions chimiques pouvant être réalisées par nos collaborateurs en peu de temps. En ce moment, Les volontaires de WCG simulent une bibliothèque de 37 millions de composés contenant l'ogive d'acrylamide qui est spécifique aux résidus de cystéine. De nouveaux composés seront ajoutés à la bibliothèque dans les mois à venir.

 

Structures cibles (Jerome, Giulia, Batuu, Paolo, Martina, Christina)

Dans la phase initiale du projet, nous concentrons nos efforts sur 3 cibles protéiques du SRAS-CoV-2: les protéases de type papaïne (PLpro ou nsp3), la protéase principale (Mpro ou nsp5) et l'endoribonucléase (nsp15 ). Après l'analyse des poches médicamenteuses sur chaque structure, les résidus de cystéine les plus prometteurs, ainsi que les cystéines catalytiques, ont été sélectionnés comme sites covalents potentiels.

1. La première cible que nous considérons est la protéase de type papaïne (PLpro ou nsp3) , qui fait partie de la protéine multi-domaine nsp3. Il est responsable de la maturation des polyprotéines virales et impliqué dans la répression de la réponse immunitaire innée de l'hôte. Dans cette protéine, nous ciblons un résidu spécifique, la cystéine 111, situé dans le site actif et qui joue un rôle clé dans l'activité catalytique. À l'heure actuelle, nous envisageons deux formes différentes de la protéine, l'une de SARS-CoV2 et l'autre de SARS-CoV1 (ID de la banque de données de protéines: 6w9c et 4mm3 ). Pourquoi, demandez-vous? Eh bien, au moment où nous avons commencé ce projet, en mars, peu de structures de SARS-CoV2 étaient disponibles, et une seule (ID PDB: 6w9c) avec la caractéristique clé recherchée: un modèle du résidu cystéine 111 suffisamment accessible pour être ciblé par des liants covalents. Heureusement pour nous, le site actif ne diffère pas beaucoup entre les deux virus SARS-CoV1 et CoV2, ce qui nous permet également d'exploiter une autre structure (PDB id: 4mm3) avec la bonne conformation plus adaptée aux projections virtuelles. Et plus c'est certainement mieux! Depuis, de nombreuses autres structures de nsp3 du SRAS-CoV2 ont été résolues avec d'autres variations structurelles très intéressantes dans le site actif. Et bien sûr, ces conformations seront incorporées dans les prochaines projections !

Cela représente également un défi intéressant car nous pouvons tester une hypothèse clé: pouvons-nous identifier des inhibiteurs viraux à large spectre qui agissent contre plusieurs souches virales? Le savoir est essentiel pour estimer à quel point il sera difficile de lutter contre les futures pandémies.

Pour plus de détails sur PLpro, consultez le billet de blog de nos collaborateurs scientifiques du Coronavirus Structural Task Force en Allemagne, qui fournissent un excellent service à la communauté en améliorant la qualité des structures.

Tous les calculs en cours actuellement visent les différentes conformations de PLpro.

2. La principale protéase (MPro ou nsp5), qui est la cible principale de nombreuses études d'autres laboratoires, est responsable de la maturation de la polyprotéine virale au cours de l'infection. Actuellement, nous envisageons 5 structures pour prendre en compte différentes conformations de la protéine ( ID PDB : 6y84 , 5re9 , 5ren , 6lu7 et 6w63 ). Bien sûr, ils se ressemblent tous de loin, mais quand vous regardez de plus près, certaines petites variations structurelles peuvent faire une énorme différence !

Pour cette protéine, 3 cystéines ont été choisies comme sites de liaison covalente: la cystéine 145 située dans le site actif, la cystéine 156 et la cystéine 300 situées dans des sites de liaison alternatifs, qui n'ont pas encore été explorés. Pour la cystéine 145 principale, les 5 conformations sont utilisées, mais une seule pour la cystéine 156 et la cystéine 300 (ID PDB: 6y84 ). À la fin, nous avons décidé de consacrer plus de temps de calcul à la cystéine active pour laquelle nous savons avec certitude qu'elle peut réagir avec des liants covalents.

Ce sera le prochain objectif sur lequel nous concentrerons nos efforts.

3. L' endoribonucléase spécifique de l'uridylate à ARN nidoviral (NendoU ou nsp15) est une endoribonucléase conservée dans plusieurs familles de virus à ARN, y compris les coronavirus. Bien qu'initialement suspecté de participer directement à la réplication de l'ARN, ses rôles exacts dans le cas du SRAS-CoV et du SARS-CoV-2 sont encore débattus même si plus récemment, il a été suggéré d'interférer avec la réponse immunitaire de l'hôte contre l'ARN double brin intermédiaires, qui sont générés pendant le processus de réplication. Après quelques recherches sur la structure cristalline de NendoU (PDB id: 6vww ), les résidus cystéine 293 (situés dans le site actif) et cystéine 103 ont été choisis comme sites covalents potentiels pour les ogives acrylamide. Une fois les deux premiers objectifs atteints, nous aborderons nsp15.

Concernant la glycoprotéine de pointe externe, qui est la protéine responsable de la fusion et de l'entrée dans les cellules hôtes humaines, nous savons que beaucoup d'entre vous ont demandé pourquoi nous ne ciblons pas actuellement cette protéine. Le principal défi de cette protéine réside dans sa grande flexibilité intrinsèque. Nous savons que la protéine de pointe peut exister principalement dans deux états différents: ouvert ou fermé. Alors pourquoi ne prenons-nous pas simplement ces deux structures? Eh bien, les choses sont plus compliquées car en plus d'être très flexible, cette protéine est également recouverte d'un réseau de sucre complexe qui la protège du système immunitaire de l'hôte et rend difficile la cible directe avec de petites molécules. Nos collaborateurs travaillent à la mise en place de leurs dosages biologiques, nous sommes donc vraiment intéressés à leur fournir des molécules à tester.

 

Méthode d'amarrage: amarrage réactif (Giulia)

La principale innovation de notre approche réside dans les protocoles d'amarrage que nous utilisons. En plus des protocoles d'amarrage classiques, dans lesquels nous essayons de prédire quelles molécules peuvent se fixer de manière transitoire (c'est-à-dire réversible) à la surface des protéines, nous utilisons un nouveau protocole, appelé "amarrage réactif", pour trouver des liants irréversibles : des molécules qui peuvent se fixer de manière plus serrée et irréversible. L'un des avantages de cette classe de molécules est qu'une fois qu'elles s'accrochent à leur cible, elles la désactivent jusqu'à ce que la protéine soit dégradée, ce qui est clairement une excellente caractéristique à avoir dans un médicament ! et si elles sont bien conçues, elles peuvent être très sélectives. Par exemple, la pénicilline, probablement l'antibiotique le plus connu, fonctionne exactement de cette manière, en réagissant spécifiquement avec les protéines de la paroi des bactéries sans interagir avec les protéines humaines. Le "reactive docking" est un protocole que nous avons développé dans notre laboratoire qui nous permet de simuler la réaction entre le ligand et un résidu covalent spécifique de la protéine. Essentiellement, chaque fois que les atomes "réactifs" du ligand et du résidu se trouvent à une distance de liaison, nous supposons que la réaction est susceptible de se produire. D'un point de vue technique, cela représente un avantage important car nous espérons que cela réduira considérablement les taux de faux positifs (c'est-à-dire les molécules dont on a prédit à tort qu'elles seraient actives), puisque nous pouvons filtrer tous ceux qui n'ont pas réagi. À ce jour, c'est la seule méthode d'arrimage qui permet de réaliser de telles expériences de criblage virtuel sur de très grandes bibliothèques de composés.

 

Architecture de données (Andreas)

Avant que les premiers résultats ne commencent à arriver, nous nous sommes préparés à pouvoir recevoir tous les résultats, les stocker et les rendre disponibles pour le filtrage et l'analyse. Chacune de vos exécutions crée environ 300 Ko de données dans deux fichiers de résultats - l'un avec l'extension DLG et l'autre un fichier XML simple pour une indexation plus facile. L'extension de fichier DLG est le fichier de résultat principal de notre programme (AutoDock4.2) stockant les coordonnées et les énergies des ligands candidats ancrés ( D ocking L o G ).

Alors que 300 Ko par exécution en moyenne peuvent ne pas sembler beaucoup, lorsque vous le multipliez par le nombre d'exécutions que WCG envoie par paquet d'entrée (environ 10000 exécutions), il en ressortira en fait à environ 3 Go. Nous avons commencé à préparer plus de 10 000 colis et espérons aller bien au-delà à terme. Avec la compression (bon vieux Gzip!), Nous sommes en mesure d'abaisser un seul paquet à environ 400 Mo. Sur la base des premières estimations du nombre d'exécutions, nous nous retrouverions avec plusieurs dizaines de TB de données ainsi créées.

Afin de réduire l'utilisation du disque pour stocker une si grande quantité de données, nous avons conçu une méthode pour ramener un seul paquet à environ 85 Mo, soit environ 20% de sa taille compressée, en utilisant la description interne des solutions d'accueil utilisées dans notre logiciel. Typiquement, dans les dockings, il y a une cible fixe (le soi-disant récepteur, c'est-à-dire une protéine donnée du COVID-19) et une molécule flexible à ancrer (le soi-disant ligand, c'est-à-dire un médicament potentiel). Le ligand est déplacé, tourné et sa géométrie est déterminée par des rotations de liaison entre ses atomes. Nous appelons l'ensemble de paramètres qui décrit les propriétés susmentionnées «génome» (puisque nous utilisons un algorithme génétique pour exécuter nos recherches… c'est pour un autre poste…), et comme dans la vie réelle, un génome de ligand peut être utilisé pour le décrire complètement. En stockant uniquement les «informations génétiques» du ligand, nous avons pu réduire la taille des données à environ 20% de leur taille compressée à l'origine. Ces génomes «séchés» réduisent considérablement la quantité de données à transférer et à stocker dans notre base de données.

Alors qu'il vous faut jusqu'à 2,8 années CPU pour trouver le résultat optimal du génome pour un seul paquet, il ne nous faut qu'environ 30 minutes pour régénérer les coordonnées et les énergies d'origine (puisque nous connaissons déjà la solution). Nous disposons de deux serveurs dédiés pour recevoir et stocker les données, et effectuer les opérations de traitement.

Alors, qu'arrive-t-il aux données pendant le traitement ? Il y a deux choses fondamentales qui se produisent dès que nous recevons un fichier de résultats: premièrement, les génomes «séchés» dans les résultats sont «réhydratés», ce qui signifie que les coordonnées de toutes les poses pour chaque course sont calculées dans l'espace tridimensionnel; puis chaque pose est analysée individuellement.

Un script d'analyse recueille les informations sur le type d'interactions (par exemple, polaires / non-interactions, électrostatiques, etc.) et les résidus cibles avec lesquels chaque pose interagit (c'est-à-dire la cystéine 111). Il vérifie également si la molécule a réagi ou non (selon les paramètres d'amarrage réactif). Ces informations sont collectées de manière très efficace et stockées dans notre base de données. Il s'agit d'une étape essentielle dans la phase de traitement car elle nous permet d'effectuer des requêtes très complexes qui nous permettent à terme de rechercher les quelques centaines «d'aiguilles» prometteuses dans une botte de foin contenant des milliards de poses en quelques secondes. Les composés les plus prometteurs seront inspectés visuellement un par un et sélectionnés pour passer à la phase de test. Merci à tout votre soutien, au moment de la rédaction de la base de données en contient environ 3.

 

traduction de l'article du ForliLab : https://forlilab.org/opn-update-7-20/?linkId=94724376

 

 

Création : 24 juillet 2020

Mis à jour : 28 juillet 2020

Affichages : 990

WCG : Un composé synthétique peut être utile pour développer un traitement contre le virus Zika

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Écrit par : franky82

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Publication : 24 juillet 2020

Récapitulatif

Alors que l'équipe de recherche d'OpenZika terminait ses travaux sur le World Community Grid, ils ont identifié un composé prometteur dans la recherche continue de traitements contre le Zika.

Membres de l'équipe OpenZika Brésil (de gauche à droite): Melina Mottin, Carolina Andrade, Bruna Souza et Paulo Ramos.

 

Membres de l'équipe OpenZika US de Collaborations Pharmeceuticals (de gauche à droite): Dr Sean Ekins, Daniel Foil, Kimberley Zorn, Ana Puhl Rubio, Jennifer Klein, Maggie Hupcey, Thomas Lane, Andrea Barry (conseiller commercial)

 

Contexte

Le projet OpenZika a été créé pour identifier les traitements potentiels pour les personnes infectées par le virus Zika. Plus précisément, le projet ciblait des protéines clés que le virus utilise pour survivre et se propager dans le corps, sur la base de ce que l'on sait de maladies similaires, telles que la dengue et la fièvre jaune. Afin de développer des traitements, les chercheurs ont cherché à identifier lesquels de millions de composés chimiques pourraient être efficaces pour interférer avec ces protéines clés.

Les chercheurs ont examiné quels composés chimiques pourraient être efficaces contre la structure cristalline de l'hélicase apo NS3 (apo signifie que la protéine n'était liée à rien d'autre, comme un cofacteur, un inhibiteur ou un acide nucléique). L'hélicase NS3 est importante car c'est un composant du virus Zika (ZIKV) qui lui permet de se répliquer.
Vous pouvez en savoir plus sur les hélicases ici (traduit dans l'encadré 1).

 

Un traitement potentiel

Fin 2019, les chercheurs d'OpenZika ont publié un article dans Scientific Reports qui décrivait leurs travaux montrant qu'un composé synthétique appelé FAM E3 peut inhiber l'infection par le ZIKV en bloquant le stade de réplication du génome. Grâce à des travaux d'amarrage moléculaire sur World Community Grid, les chercheurs ont pu prédire une éventuelle interaction entre FAM E3 et l'hélicase ZIKV NS3.
Sur la base des résultats de l'ancrage moléculaire, les chercheurs ont étudié l'interaction  in vitro  et ont démontré que FAM E3 pouvait se lier et stabiliser NS3.

Vous pouvez lire l'article ici (extrait traduit encadré 2).
Les résultats peuvent être utiles pour le développement ultérieur des antiviraux Zika, ainsi que pour une meilleure compréhension de la manière exacte dont ce composé synthétique inhibe la réplication virale.

 

Autres nouvelles

Comme de nombreux scientifiques possédant une vaste expérience de la recherche sur les maladies infectieuses, l'équipe d'OpenZika mène actuellement des travaux liés au SRAS-CoV-2. En mai, l'équipe a publié une perspective dans Drug Discovery Today (extrait traduit encadré 3) concernant les projets de découverte de médicaments pour le SRAS-CoV-2. Cet article mentionne ce qu'ils ont appris grâce à leurs expériences avec des projets précédents, y compris le projet OpenZika.

L'équipe de recherche a également commencé à rédiger un nouvel article sur les résultats du criblage virtuel du projet de l'hélicase NS3 et de la protéase NS2B-NS3, avec les résultats in vitro dans le ZIKV et aussi dans les protéines.

Merci aux nombreux bénévoles du monde entier qui ont soutenu ce projet pendant son passage sur World Community Grid.

 

Par : L'équipe de recherche OpenZika
23 juil. 2020

 

traduction de l'article de World Community Grid : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=630&linkId=94850960

 

 

Hélicase
Les hélicases sont des enzymes qui se lient et peuvent même remodeler des complexes d'acide nucléique ou de protéine d'acide nucléique. Il existe des hélicases à ADN et à ARN. Les hélicases d'ADN sont essentielles lors de la réplication de l'ADN car elles séparent l'ADN double brin en simples brins permettant à chaque brin d'être copié. Pendant la réplication de l'ADN, les hélicases d'ADN déroulent l'ADN à des positions appelées origines où la synthèse sera initiée. L'ADN hélicase continue de dérouler l'ADN en formant une structure appelée fourche de réplication, qui porte le nom de l'aspect fourchu des deux brins d'ADN lorsqu'ils sont décompressés. Le processus de rupture des liaisons hydrogène entre les paires de bases nucléotidiques dans l'ADN double brin nécessite de l'énergie. Pour briser les liaisons, les hélicases utilisent l'énergie stockée dans une molécule appelée ATP, qui sert de monnaie énergétique aux cellules. Les hélicases à ADN fonctionnent également dans d'autres processus cellulaires où l'ADN double brin doit être séparé, y compris la réparation et la transcription de l'ADN. Les hélicases à ARN sont impliquées dans la formation de la forme des molécules d'ARN, au cours de tous les processus impliquant l'ARN, tels que la transcription, l'épissage et la traduction.

 

Une diarylamine dérivée de l'acide anthranilique inhibe la réplication du ZIKV
Extrait
Le virus Zika (ZIKV) est un flavivirus transmis par les moustiques, initialement identifié en Ouganda en 1947 et récemment associé à une importante épidémie en Amérique du Sud. Malgré des efforts considérables, il n'existe actuellement aucun composé antiviral approuvé pour le traitement de l'infection par le ZIKV. Nous décrivons ici l'activité antivirale des diarylamines dérivées de l'acide anthranilique (FAM) contre le ZIKV. Un FAM synthétique (E3) a démontré un potentiel anti-ZIKV en réduisant la réplication virale jusqu'à 86%. Nous avons analysé les mécanismes d'action possibles de FAM E3 en évaluant l'intercalation de ce composé dans l'ARNdb viral et son interaction avec l'ARN polymérase du bactériophage SP6. Cependant, FAM E3 n'a pas agi par ces mécanismes. In silicoles résultats ont prédit que FAM E3 pourrait se lier à l'hélicase ZIKV NS3 suggérant que cette protéine pourrait être une cible possible de ce composé. Pour tester cela, la stabilité thermique et l'activité ATPase du domaine de l'hélicase ZIKV NS3 (NS3 Hel ) ont été étudiées in vitro et nous avons démontré que FAM E3 pouvait en effet se lier et stabiliser NS3 Hel .

 

Stimuler la découverte de médicaments ouverts pour le SRAS-CoV-2

Points forts
Nous décrivons nos efforts antérieurs dans la découverte ouverte de médicaments pour le virus Ebola et Zika .
• Nous résumons la littérature actuelle sur le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).
• Nous détaillons les efforts et les résultats de réutilisation des calculs pour le SRAS-CoV-2.
• Pour nous préparer à de futures épidémies, nous soutenons que nous avons besoin de nouveaux antiviraux à large spectre.
• Les limites de ces efforts incluent le financement de la validation expérimentale, ce qui est en retard sur le travail de calcul.

Au cours de la dernière décennie, nous avons vu deux épidémies majeures de virus Ebola en Afrique, le virus Zika au Brésil et dans les Amériques et la pandémie actuelle de coronavirus (COVID-19), causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2 ). Il y a un fort sentiment de déjà vu car il n'y a toujours pas de traitements efficaces. Dans la pandémie de COVID-19, bien qu'il s'agisse d'un nouveau virus, il existe déjà des médicaments suggérés comme actifs dans les tests in vitro qui sont réutilisés dans les essais cliniques. Des cibles virales prometteuses du SRAS-CoV-2 et des approches informatiques sont décrites et discutées. Ici, nous proposons, sur la base d'approches ouvertes de découverte de médicaments antiviraux pour les épidémies précédentes, qu'il pourrait encore y avoir des lacunes dans notre approche de la découverte de médicaments.
...

 

 

Création : 24 juillet 2020

Mis à jour : 24 juillet 2020

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WCG : FightAIDS@Home - Les chercheurs de la phase 1 ont identifié de nouvelles cibles potentielles pour les antiviraux

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Écrit par : franky82

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Publication : 1 juillet 2020

Récapitulatif

Une protéine appelée capside du VIH-1 (CA), qui est cruciale pour la réplication du VIH, peut avoir des vulnérabilités récemment découvertes.
[Rappel : FightAIDS = lutte contre le SIDA]

 

Contexte de FightAIDS@Home - Phase 1

De nombreuses personnes vivent avec le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) et ne tombent pas malades pendant de nombreuses années. Cependant, parce que le corps humain ne peut pas générer d'anticorps qui peuvent éradiquer le VIH, il peut infecter lentement les cellules clés du système immunitaire et altérer leur fonction ou même les détruire. Finalement, l'infection par le VIH entraîne une déplétion progressive du système immunitaire d'une personne, conduisant au syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA). On dit que le système immunitaire est déficient lorsqu'il ne peut plus remplir son rôle de lutte contre les infections et les cancers.

Le VIH est difficile à arrêter car lorsqu'il se réplique, il ne le fait pas parfaitement et évolue donc continuellement. Les scientifiques étudient intensivement le VIH pour trouver des moyens de stopper l'apparition du SIDA. Le projet FightAIDS@Home a été créé pour rechercher des médicaments qui peuvent désactiver une étape clé du cycle de vie du VIH - en particulier en bloquant la protéase du VIH-1.

 

Bloquer la protéase du VIH

Les protéines sont les éléments de base de toutes les fonctions de la vie. Les protéines sont de longues chaînes de petites molécules appelées acides aminés. Les enzymes sont des types particuliers de protéines qui accélèrent les réactions biochimiques. Une protéase est une enzyme qui est capable de séparer les protéines à un certain point le long de la chaîne d'acides aminés. Bien que seulement un petit pourcentage de toutes les protéines d'un organisme soient des protéases, elles sont très importantes dans le bon fonctionnement de ses processus biologiques.

Toutes les protéases ne sont pas bonnes. Le VIH fabrique et utilise une protéase particulière, la protéase du VIH-1, qu'il utilise pour fabriquer les différentes protéines du virus.

C'est là que les ligands jouent un rôle important. Les ligands sont de petites molécules qui viennent de l'extérieur de la cellule et qui se lient ou se «plient» aux replis des protéines. Vous pouvez penser à un ligand se liant à son récepteur comme une clé s'insérant dans une serrure. Le projet FightAIDS@Home a spécifiquement recherché des ligands (médicaments), qui peuvent se fixer au récepteur de la protéase du VIH-1 d'une manière qui bloque sa capacité à fonctionner comme une enzyme. Cela empêche le virus de se propager davantage dans le corps et de se transformer en SIDA. Les molécules qui bloquent la protéase du VIH sont appelées «inhibiteurs de protéase».

 

Nouvelles cibles potentielles pour les antiviraux

Une protéine appelée capside du VIH-1 (CA) est une protéine structurelle cruciale pour le cycle de réplication virale car elle renferme le génome viral. Son implication aux stades précoce et tardif de l'infection a conduit à des efforts de développement d'antiviraux ciblant l'AC.

Structure et assemblage du noyau de capside du VIH-1. La protéine de capside se replie pour former deux domaines reliés par un lieur flexible (A) et forme des hexamères (B) et des pentamères (rouges) dans le noyau mature (C), qui renferme l'ARN viral et abrite finalement la transcription inverse (D).

Dans un article récent, l'équipe de recherche de FightAIDS@Home a détaillé ses découvertes sur de nouvelles régions intéressantes et potentiellement médicamenteuses à la surface de la protéine de capside du VIH-1, qui ont ensuite été ciblées par des projections virtuelles sur World Community Grid pour rechercher des composés capables de se lier sur ces régions.

La caractérisation structurale, les analyses biochimiques et virologiques discutées dans l'article montrent que le site identifié pourrait être susceptible de ciblage antiviral.

Les 5 meilleurs composés à partir d'un écran virtuel du repli NDI. 
Les résultats d'amarrage sont présentés comme la superposition de cinq molécules différentes (bâtons jaunes) se liant dans le repli NDI à partir de la structure cristalline aux rayons X de l'AC native (PDB ID: 4XFX).

L'article, que vous pouvez lire ici (PDF en anglais), présente l'analyse des données et les détails des résultats des chercheurs.

Merci à tous ceux qui ont soutenu ce projet.

 

Par : L'équipe de recherche FightAIDS@Home
1 juil. 2020

 

traduction de l'article de WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=629

 

Création : 1 juillet 2020

Mis à jour : 1 juillet 2020

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WCG : C'est ainsi qu'une communauté mondiale s'unit pour trouver des biomarqueurs du cancer

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Écrit par : franky82

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Publication : 18 juin 2020

Récapitulatif

Sawyer a créé une équipe World Community Grid pour aider à accélérer la recherche après le diagnostic de cancer du cerveau de son père. Au cours de ce processus, il a trouvé une communauté mondiale de bénévoles qui aident les scientifiques du Krembil Research Institute à trouver des biomarqueurs du cancer, ce qui pourrait conduire à de meilleurs diagnostics et traitements.

 

Rencontrez Sawyer

Sawyer aime vraiment les ordinateurs. Il a construit son premier ordinateur à l'âge de huit ans et en quelques années, il a fondé sa propre entreprise, où il a construit et vendu plus de 20 ordinateurs. À l'âge de 11 ans, il a commencé à construire des cryptomineurs.

Ensuite, son père, Brett, a été diagnostiqué d'un cancer du cerveau.

 

Faits en bref sur le cancer et les biomarqueurs

Le cancer est la deuxième cause de décès dans le monde, représentant environ 9,6 millions de décès, soit un décès sur six, en 2018 (voir le site Web de l'Organisation mondiale de la santé  pour plus de statistiques et de faits sur le cancer).

Le cancer commence en raison de changements génétiques ou environnementaux qui interfèrent avec les mécanismes biologiques qui contrôlent la croissance cellulaire. Ces changements peuvent être détectés dans des échantillons de tissus grâce à la présence de leurs indicateurs chimiques uniques, tels que l'ADN, les protéines ou les métabolites, qui ensemble sont appelés «biomarqueurs». Un groupe de ces biomarqueurs est appelé signature.

Le schéma des biomarqueurs peut déterminer si un individu est susceptible de développer une forme spécifique de cancer et peut également prédire la progression de la maladie, ce qui aide à suggérer le meilleur traitement pour un individu donné. Par exemple, deux patients atteints de la même forme de cancer peuvent avoir des résultats différents et répondre différemment au même traitement en raison de leur profil génétique unique, en combinaison avec des modes de vie potentiellement différents.

Bien que plusieurs biomarqueurs soient déjà connus pour être associés à certains cancers - principalement pour identifier les patients à risque (par exemple, les mutations BRCA1 ou BRCA2 pour le cancer du sein et de l'ovaire), il y en a beaucoup d'autres à découvrir. La recherche informatique peut aider à accélérer le processus de découverte, mais les chercheurs ont besoin d'énormes quantités de puissance de calcul pour rendre cela possible.

 

Aider les patients atteints de cancer et trouver une communauté

Sawyer n'avait que 11 ans lorsque son père (photo ci-dessus à gauche) a commencé le traitement du cancer du cerveau, mais il a fait quelques recherches, a trouvé le  projet Mapping Cancer Markers de World Community Grid  et s'est rendu compte qu'il avait le pouvoir d'aider. "J'avais ces puissants cryptomineurs dans mon sous-sol et j'ai réalisé que je pouvais exécuter World Community Grid sur eux pour aider les personnes atteintes de cancer, comme mon père", dit-il.

Voici comment cela fonctionne: des personnes du monde entier rejoignent World Community Grid en téléchargeant un logiciel sécurisé sur leurs ordinateurs ou appareils Android. Et lorsque leurs appareils ont une puissance de traitement inutilisée, ils effectuent automatiquement des comparaisons de données pour identifier les biomarqueurs potentiels en arrière-plan pour le Dr Igor Jurisica au Krembil Research Institute de Toronto.

En quelques mois, Sawyer avait non seulement fourni une quantité importante de temps de calcul à partir de ses propres machines pour aider à trouver des biomarqueurs du cancer, mais il avait également créé une équipe World Community Grid appelée Sawyer's Cancer Fighting Network.

«Sawyer a lancé le site Web de l'équipe lui-même. Il ne m'a même pas laissé entrer dans la pièce pendant qu'il y travaillait», explique Brett. "C'était quelque chose d'assez étonnant. Le cancer peut faire en sorte qu'une personne se sente très seule, mais maintenant, au lieu d'être juste pour moi, il s'agit de tous ceux qui ont le cancer."

Au début, Sawyer prévoyait d'inviter uniquement des amis et de la famille dans son équipe. L'objectif initial de l'équipe était de donner 100 ans de temps de calcul au projet Mapping Cancer Markers. Mais ensuite, d'autres volontaires du World Community Grid se sont impliqués. Par le biais du forum en ligne de World Community Grid, Sawyer a rencontré deux bénévoles ("OldChap" du Royaume-Uni et "petite sirène" du Danemark) qui ont aidé à faire connaître le Réseau de lutte contre le cancer de Sawyer et rassemblé leurs propres contacts pour se joindre à eux. En quelques mois à peine, le réseau de lutte contre le cancer de Sawyer a atteint son objectif initial et s'est fixé des objectifs plus élevés; ils visent désormais à donner 1000 ans de puissance de calcul à Mapping Cancer Markers d'ici septembre 2020.

"J'ai commencé à l'origine l'équipe pour aider à soutenir la recherche sur le cancer, mais en chemin j'ai trouvé une communauté." dit Sawyer.

Brett, sa femme Susan et Sawyer sont restés en contact avec leurs nouveaux amis en ligne alors que le réseau de lutte contre le cancer de Sawyer continue de croître. Leur relation est particulièrement importante maintenant qu'OldChap a commencé son propre traitement contre le cancer. "Notre plus profond souhait, c'est d'aider OldChap dans sa bataille contre le cancer", dit Susan. "Être en contact avec ces deux bénévoles du World Community Grid et voir le soutien de l'équipe de Sawyer a fait des merveilles pour le moral de notre maison."

«Nous sommes reconnaissants à tous les bénévoles du Réseau communautaire mondial et de cartographie des marqueurs du cancer», déclare le Dr Igor Jurisica, chercheur principal pour la cartographie des marqueurs du cancer. «Sans leur aide, notre recherche serait impossible. C'est humiliant de se connecter avec eux et d'en apprendre davantage sur leur vie et les raisons de soutenir la recherche de cette manière. "Bien que nous soyons enthousiasmés par nos progrès et ceux de nos collègues, la défi de la recherche en traitements et en prévention plus efficaces prendra un certain temps."

(Cliquez ici pour les noms des membres du Jurisica Lab.)

 

Sawyer a maintenant 14 ans. En plus de sa maîtrise des ordinateurs, il aime les mathématiques. Il pratique le basket-ball et le tennis, fait du cross-country et joue du piano, de la guitare et du saxophone. Il a également hâte de jouer bientôt le rôle de Malvolio dans une production de Twelfth Night au Folger Theatre de Washington DC.

Au cours des deux années qui ont suivi la première chirurgie cérébrale de Brett, il a subi une deuxième chirurgie ainsi qu'une radiothérapie et une chimiothérapie. Son traitement est en cours, mais il dit: «Mon médecin dit que mon état est« stable et en cours de régression », ce qui est une nouvelle formidable.»

Au moment d'écrire ces lignes, l'équipe de Sawyer a atteint plus de 40% de son objectif de 1 000 ans de temps informatique Partagé.
«Le World Community Grid m'a vraiment donné un sentiment de communauté», explique Sawyer. "J'ai l'impression que les gens se soucient vraiment de moi."

Toute personne disposant d'un ordinateur ou d'un appareil Android et d'une connexion Internet peut rejoindre le réseau de lutte contre le cancer de Sawyer (rejoindre la team) et donner de la puissance de calcul à la recherche de biomarqueurs du cancer.

 

17 juin 2020 

 

 

traduction de l'article de WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=628&linkId=91097418

 

 

Création : 18 juin 2020

Mis à jour : 18 juin 2020

Affichages : 1222

WCG : Les chercheurs de Help Stop TB accueillent un nouveau membre dans leur équipe

Détails

Écrit par : franky82

Catégorie parente: Actualités

Publication : 11 juin 2020

Récapitulatif

Rencontrez le nouveau membre de l'équipe de recherche Help Stop TB, qui aidera à l'analyse des données du projet.

 

Contexte

Le   projet Help Stop TB a été créé pour étudier la gaine de la bactérie responsable de la tuberculose, afin d'aider les scientifiques à rechercher de meilleurs traitements.

En 2018, environ 10 millions de personnes ont contracté la tuberculose et 1,5 million de personnes sont décédées. Et dans une publication récente, l' Organisation mondiale de la santé (*traduction en bas de l'article) a déclaré: "Entre 2020 et 2025, 1,4 million de décès supplémentaires par tuberculose pourraient être enregistrés comme conséquence directe de la pandémie de COVID-19".

 

Bienvenue, Marko !

Depuis notre dernière mise à jour, nous avons eu un nouveau dans notre équipe de projet !

Marko Hanževački nous est arrivé de la belle Croatie via Erlangen en Allemagne, où il a récemment terminé sa thèse de doctorat. Il possède une expertise de haut niveau en dynamique moléculaire et en méthodes d'échantillonnage améliorées, y compris une gamme d'expertises analytiques computationnelles qui seront utiles pour les prochaines étapes du projet Help Stop TB.

Il a déjà commencé à travailler ici et est montré ci-dessous en train de participer à l'un de nos récents événements de sensibilisation, "Science in the Park", avec l'un de nos t-shirts du groupe de recherche "Technologies des procédés durables".

 

La recherche de nouveaux membres d'équipe continue

Nous recherchons toujours activement de nouveaux membres de l'équipe. Nos opportunités incluent des bourses de doctorat disponibles pour les candidats talentueux au Royaume-Uni / UE (résidents du Royaume-Uni), ainsi que des opportunités via nos bourses ciblées sur l'Union européenne. Dans un avenir proche, de plus amples détails sur les bourses 2021 seront disponibles sur  https://www.nottingham.ac.uk/pgstudy/funding/vc-scholarship-for-research-excellence-eu

Nous sommes également heureux d'aider les candidats qualifiés à soutenir nos processus de bourses. Il s'agit notamment des candidatures aux prestigieuses bourses Marie Skłodowska-Curie financées par l'UE et aux bourses locales de recherche de Nottingham ou aux bourses Anne-McLaren ,aux côtés de celles des sociétés savantes.

Si vous avez le dynamisme et les compétences nécessaires pour nous rejoindre, veuillez nous contacter.

 

Par : L'équipe Help Stop TB
Université de Nottingham
11 juin 2020

 

traduction de l'article :https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=627&linkId=90639480

 

 

Traduction du PDF de l'OMS :

Note d'information de l'Organisation mondiale de la santé (OMS)
Tuberculose et COVID-19
Date : 11 mai 2020

COVID-19 : Considérations pour les soins de la tuberculose (TB) 
Alors que le monde se rassemble pour lutter contre la pandémie de COVID-19, il est important de veiller à ce que les services et opérations essentiels pour traiter les problèmes de santé de longue durée les problèmes continuent à protéger la vie des personnes atteintes de tuberculose et d'autres maladies ou conditions de santé. Les services de santé, y compris les programmes nationaux de lutte contre la tuberculose, doivent être activement engagé à assurer une réponse efficace et rapide à la COVID-19 tout en veillant à ce que les services de lutte contre la tuberculose soient maintenus.

Les travaux de modélisation suggèrent que si la pandémie COVID-19 entraînait une réduction globale de 25 % de détection de la tuberculose attendue pendant 3 mois - une possibilité réaliste compte tenu des niveaux de les perturbations des services de lutte contre la tuberculose observées dans plusieurs pays - on pourrait alors s'attendre une augmentation de 13 % des décès dus à la tuberculose, ce qui nous ramène aux niveaux de mortalité dus à la tuberculose que nous avions il y a 5 ans. Il s'agit peut-être même d'une estimation prudente car elle ne tient pas compte des autres les effets possibles de la pandémie sur la transmission de la tuberculose, les interruptions de traitement et des résultats moins bons chez les personnes atteintes de tuberculose et d'infection par COVID-19. Entre 2020 et
2025, 1,4 million de décès supplémentaires dus à la tuberculose pourraient être enregistrés comme conséquence directe
la pandémie COVID-19.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) conseille les États membres qui gèrent la pandémie COVID-19 en cours. Le programme mondial de lutte contre la tuberculose de l'OMS, avec les bureaux régionaux et nationaux de l'OMS, a élaboré une note d'information, en la collaboration avec les parties prenantes. Cette note est destinée à aider les programmes nationaux de lutte contre la tuberculose et le personnel de santé pour maintenir d'urgence la continuité des services essentiels pour les personnes de la tuberculose pendant la pandémie de COVID-19, sous l'impulsion d'un programme novateur centré sur les personnes ainsi que l'optimisation du soutien conjoint pour lutter contre ces deux maladies. Il est important que les progrès réalisés dans la prévention et le traitement de la tuberculose ne soient pas annulés par la COVID19. Trouver et traiter les personnes atteintes de tuberculose restent les piliers fondamentaux de la lutte contre la tuberculose la prévention et les soins et ceux-ci nécessiteraient une attention soutenue.

La pandémie de COVID-19 a provoqué une stigmatisation sociale et des comportements discriminatoires contre les personnes de certaines origines ethniques ainsi que contre toute personne perçue comme ayant ont été en contact avec le virus. La stigmatisation peut saper la cohésion sociale et inciter l'isolement social des groupes, qui pourrait contribuer à une situation où le virus et la tuberculose sont plus susceptibles de se propager.
Cela peut :
- pousser les gens à cacher la maladie pour éviter la discrimination
- empêcher les gens de se faire soigner immédiatement
- les décourager d'adopter des comportements sains. 

La stigmatisation et la peur entourant les maladies transmissibles comme la tuberculose entravent la réponse de la santé publique. Ce qui fonctionne, c'est d'instaurer la confiance dans des services et des conseils de santé fiables, en montrant l'empathie avec les personnes touchées, la compréhension de la maladie elle-même et l'adoption des mesures efficaces et pratiques pour que les gens puissent s'aider à se maintenir ainsi que ceux qui leur sont chers. Les gouvernements, les citoyens, les médias et les communautés ont un rôle important à jouer dans la prévention et l'arrêt de la stigmatisation. Nous devons tous réfléchir lors de la communication sur les médias sociaux et autres moyens de communication, montrant des comportements de soutien autour de la COVID-19, ainsi que des maladies plus anciennes comme la tuberculose. 

1. Les personnes atteintes de tuberculose sont-elles susceptibles d'être exposées à un risque accru d'infection à la COVID-19, d'autres maladies et de décès
Bien que l''infection par COVID-19 chez les patients tuberculeux reste limitée, il se peut que les personnes atteintes à la fois de tuberculose et de COVID-19 puissent avoir des résultats de traitement moins bons, surtout si le traitement contre la tuberculose est interrompu. Les patients tuberculeux doivent prendre les précautions recommandées par les autorités sanitaires pour être protégés de la COVID-19 et de poursuivre leur traitement contre la tuberculose comme prescrit. Les personnes atteintes de COVID-19 et de tuberculose présentent des symptômes similaires, tels que la toux, la fièvre et difficulté à respirer. Les deux maladies s'attaquent principalement aux poumons et bien que les deux agents biologiques se transmettent principalement par contact étroit, la période d'incubation de l'exposition à la maladie dans le cas de la tuberculose est plus longue, souvent avec une apparition lente.

2. Que devraient faire les autorités sanitaires pour assurer la durabilité des services essentiels de lutte contre la tuberculose pendant la pandémie COVID-19 ?
Quels services peuvent être mis à profit pour les deux maladies ?
Toutes les mesures doivent être prises pour assurer la continuité des services aux personnes qui ont besoin de traitement préventif et curatif de la tuberculose. Les autorités sanitaires devraient maintenir leur soutien aux services essentiels de lutte contre la tuberculose, y compris lors de situations d'urgence telles que COVID-19. La fourniture de services de prévention, de diagnostic, de traitement et de soins de la tuberculose centrés sur la personne devrait être assurée en tandem avec la réponse COVID-19.

Prévention : Des mesures doivent être mises en place pour limiter la transmission de la tuberculose et du COVID-19 dans les milieux et les établissements de soins de santé, conformément aux lignes directrices de l'OMS (5),(6). Bien que les modes de transmission des deux maladies soient légèrement différents, les mesures de protection de l'environnement et des personnes s'appliquent aux deux (par exemple, infection de base, prévention et contrôle, analyse de la toux, triage des patients). La fourniture de traitement de prévention de la tuberculose doit être maintenu autant que possible.

Le diagnostic : Des tests de diagnostics précis sont essentiels pour la tuberculose et la COVID-19. Les tests pour les deux maladies sont différents et doivent être mis à la disposition des particuliers avec des symptômes respiratoires, qui peuvent être similaires pour les deux maladies.
Des réseaux de laboratoires de tuberculose ont été mis en place dans les pays avec le soutien de l'OMS et de partenaires internationaux. Ces réseaux ainsi que les mécanismes de transport de spécimens pourrait également être utilisés pour le diagnostic et la surveillance de la COVID 19.

Traitement et soins : Le personnel du programme de lutte contre la tuberculose, avec son expérience et ses capacités, y compris dans la recherche active de cas et la recherche de contacts, sont bien placés pour partager des connaissances, de l'expertise et de fournir un soutien technique et logistique.

Les soins ambulatoires et communautaires centrés sur les personnes doivent être fortement privilégiés sur le traitement hospitalier des patients tuberculeux (sauf si des affections graves nécessitent une hospitalisation) pour réduire les possibilités de transmission.

La fourniture d'un traitement antituberculeux, conformément aux dernières directives de l'OMS, doit être garanti pour tous les patients tuberculeux, y compris ceux qui sont en quarantaine COVID-19 et ceux dont on a confirmé la maladie COVID-19. Des stocks suffisants de médicaments antituberculeux doivent être fournis à tous les patients pour les ramener chez eux afin de garantir la fin du traitement sans avoir à se rendre dans des centres de traitement pour collecter inutilement des médicaments.

L'utilisation des technologies de santé numériques devrait être intensifiée pour aider les patients et les programmes par l'amélioration de la communication, du conseil, des soins et de la gestion, entre autres avantages. Conformément aux recommandations de l'OMS, des technologies telles que les moniteurs électroniques de médicaments et des thérapies assistées par vidéo peuvent aider les patients à terminer leur traitement contre la tuberculose.

Planification, approvisionnement, fourniture et gestion des risques proactifs :
La planification et le suivi sont essentiels pour garantir que l'achat et la fourniture de médicaments et des diagnostics TB ne sont pas interrompus.

L'OMS surveille l'approvisionnement en médicaments au niveau mondial, tandis que le Fonds mondial, le partenariat Stop TB - Global Drug Facility (GDF), USAID, Unitaid et d'autres donateurs jouent un rôle essentiel pour aider les pays à assurer un approvisionnement adéquat et durable de médicaments et de diagnostics pour la tuberculose. Il est conseillé aux pays de passer leurs commandes pour 2020 le plus rapidement possible compte tenu des retards de transport et de livraison prévus
.
Les ressources humaines : Médecins pneumologues, personnel de pneumologie de tous grades, spécialistes de la tuberculose et personnels de santé au niveau des soins de santé primaires peuvent être des points de référence pour les patients présentant des complications pulmonaires de COVID-19. Ils doivent se familiariser avec les recommandations les plus récentes de l'OMS pour le traitement et le confinement du COVID-19. Détection et soutien efficace peuvent réduire la morbidité et la mortalité dues à la fois à la COVID-19 et à la plupart des formes de la tuberculose.

Renforcement des capacités : La réponse à la COVID-19 peut bénéficier du renforcement des capacités des efforts développés pour la tuberculose au cours de nombreuses années d'investissement par les autorités nationales et les donateurs. Il s'agit notamment de la prévention et du contrôle des infections, de la recherche des contacts, de la tenue de maison et des soins de proximité, ainsi que les systèmes de surveillance et de contrôle.

3. Quelles mesures devraient être mises en place pour protéger le personnel travaillant dans les laboratoires et les établissements de soins de santé de la tuberculose, à propos de l'infection par COVID-19 ?
Les établissements de soins de santé, y compris ceux qui diagnostiquent et soignent la tuberculose et les maladies pulmonaires, sont destinés à recevoir des patients atteints de COVID-19, dont beaucoup ne sont peut-être pas diagnostiqués.
Des mesures supplémentaires peuvent être nécessaires pour éviter que le personnel de ces centres ne soit exposé
à l'infection par COVID-19.

Le personnel doit se familiariser avec les recommandations de l'OMS pour le confinement de la COVID-19. Les réseaux de laboratoires de tuberculose que les pays ont mis en place dans ces dernières années sont l'un des atouts importants qui doivent être mis à profit dans la réponse à la COVID-19. Les leçons tirées de nombreuses années de prévention et de contrôle de la tuberculose, la recherche, l'enquête et la gestion des contacts peuvent être bénéfiques aux efforts visant à mettre fin à la propagation de la COVID-19. Les recommandations existantes de l'OMS pour la prévention des infections et le contrôle de la tuberculose et des COVID-19 devraient être strictement mis en œuvre, notamment l'équipement de protection individuelle. Les mesures supplémentaires et temporaires suivantes devraient
être envisagé pendant la pandémie COVID-19 pour minimiser les risques d'infection du personnel et vice versa :
- En fonction des circonstances locales, des dispositions alternatives devraient être prises pour réduire les visites pour le suivi de la tuberculose, par exemple en répartissant les rendez-vous sur des jours précis ou pour éviter l'exposition à d'autres participants de la clinique ; utiliser des technologies de communication pour maintenir l'aide au traitement ; limiter quand des tests de suivi sont nécessaires
- Un nombre suffisant de médicaments contre la tuberculose devra être délivré au patient ou au soignant pour durer jusqu'à la prochaine visite - ou jusqu'à la fin du traitement si aucune autre visite n'est prévue. Celà limitera les interruptions ou les visites inutiles à la clinique pour la collecte de médicaments.
- Des précautions particulières sont nécessaires pour la collecte et le transport des échantillons de crachats et de liquide de lavage bronchoalvéolaire, ainsi que la réception et le déballage dans le laboratoire, pour éviter d'exposer le personnel, les patients et d'autres personnes à la fois COVID-19 et TB. La collecte des crachats pour la tuberculose à domicile doit être encouragée par des instructions spécifiques (par exemple, à faire dans un espace ouvert à l'extérieur de la maison et loin des autres). Si cela n'est pas possible, les crachats doivent être collectées dans un espace ouvert et bien ventilé - de préférence en dehors de la zone de santé et le personnel ne doit pas se tenir près du patient pendant le prélèvement.
- Lors du dépistage de la tuberculose, il est essentiel que toutes les mesures de prévention et de contrôle recommandées par l'OMS soient observées et suivies par les opérateurs lors de la manipulation d'expectorations et de tout autre spécimen infectieux, y compris l'utilisation
des enceintes de biosécurité (lorsqu'elles existent), utilisation systématique du respirateur N95, le lavage des mains, l'utilisation de gants, de lunettes ou d'un bouclier de protection, de tabliers imperméables, la décontamination régulière des surfaces, l'éloignement du personnel dans les laboratoires, des lieux de travail ventilés et des transports sûrs. Le personnel chargé du transport des échantillons vers le site d'essai et les opérateurs des machines doivent suivre également les exigences existantes pour le traitement des échantillons COVID-19.

Le personnel de santé a l'obligation éthique de fournir des soins aux patients. Les droits et responsabilités des travailleurs de la santé dans le cadre de la COVID-19 sont énumérés ailleurs. Les gouvernements et les responsables des organisations qui fournissent des soins de santé ont l'obligation éthique de veiller à ce que les travailleurs de la santé puissent fonctionner selon les normes de sécurité recommandées qui sont fournies. Les personnels de santé doivent suivre toutes les recommandations pour se protéger et protéger les autres personnels de santé, les patients et les autres soignants.

4. Comment pouvons-nous protéger les personnes cherchant à se faire soigner pour la tuberculose pendant la pandémie de COVID-19 ?
L'augmentation soudaine de la demande de soins pour les patients atteints de COVID-19 pose un défi aux services de santé dans le monde entier. Pendant cette période exceptionnelle, il est important que la prévention et les soins de la tuberculose se poursuivent de manière ininterrompue. Les urgences passées, comme la grippe et Ebola, ont eu un impact négatif sur les soins de la tuberculose en exigeant, par exemple, une réaffectation du personnel et des installations d'hospitalisation pour les patients atteints de complications respiratoires graves.

Des mesures similaires sont déjà prises par plusieurs pays dans le cadre de cette pandémie. Les perturbations prolongées de la production de consommables dans les pays sous verrou et de transport international et local attendus ont un impact sur les stocks de médicaments et de fournitures de laboratoire dans de nombreux endroits.
Dans de nombreux pays, la restriction de la circulation a été imposée pour une grande partie de la population en réponse à la pandémie. L'isolement des individus présentant une présomption ou une exposition confirmée à la COVID-19 ou atteints de la maladie. Des conseils sur la quarantaine pour les personnes atteintes de COVID-19 ont été publiées par l'OMS. La communication avec les services de santé doit être maintenue afin que la tuberculose des patients, en particulier les plus vulnérables, bénéficie de services essentiels en cas de besoin, tels que la gestion des effets indésirables des médicaments et des comorbidités, le soutien sanitaire et le réapprovisionnement en médicaments. Des écanismes de fourniture des médicaments à domicile et même pour prélever des échantillons en vue de tests de suivi de la tuberculose - comme la COVID - peut devenir opportun. Comme les visites dans les centres de santé seront réduites au minimum, Le traitement de la tuberculose à domicile est appelé à devenir la norme. Les agents de santé communautaires deviennent plus critiques à mesure que les traitements, y compris pour la tuberculose résistante aux médicaments, sont plus décentralisé. Davantage de patients atteints de tuberculose commenceront probablement leur traitement à domicile et, par conséquent, limiteront le risque de transmission de la tuberculose aux ménages au cours des premières semaines. Dans ces circonstances, il est important que les personnes vulnérables et marginalisées, les populations qui ont un mauvais accès aux services de santé ne soient pas plus désavantagés à la suite de cet épisode.

Malgré les différences entre les modes de transmission de la tuberculose et de la COVID-19 (encadré), certaines sont pertinentes pour les deux maladies. Les mesures de lutte contre l'infection pour les soins de santé et les installations mentionnées à la question 3 ci-dessus peuvent également limiter la transmission aux patients.
Les précautions habituelles de protection contre la tuberculose doivent être maintenues et des mesures supplémentaires doivent être prises pour protéger les personnels contre la COVID-19. Un certain nombre de ces précautions s'appliquent également aux soins de la tuberculose
dans des institutions comme les prisons et les établissements de soins de longue durée où la réduction des visiteurs, les dispositions spéciales de traitement et de suivi et d'autres mesures peuvent être nécessaire pour éviter la propagation explosive de COVID-19.

Transmission de la tuberculose et de la COVID-19 Si la tuberculose et la COVID-19 se propagent par contact étroit entre personnes, le mode de transmission diffère, ce qui explique certaines différences dans les mesures de lutte contre l'infection pour atténuer les deux maladies. Les bacilles de la tuberculose restent en suspension dans l'air dans des noyaux de gouttelettes pendant plusieurs heures après qu'un tuberculeux a toussé, éternué, crié ou chanté, et les personnes qui les inhale peut être infectée. La taille de ces noyaux de gouttelettes est un facteur clé pour déterminer leur infectiosité. Leur concentration diminue avec la ventilation et l'exposition à la lumière directe du soleil. La transmission de COVID-19 a été principalement attribuée à la respiration directe des gouttelettes expulsées par une personne atteinte de COVID-19 (les personnes peuvent être infectieuses avant que les caractéristiques cliniques ne deviennent apparentes). Les gouttelettes produites par la toux, les éternuements, l'expiration et la parole peuvent se poser sur des objets et des surfaces. Les contacts peuvent être infectés par le COVID-19 en les touchant, puis en touchant leurs yeux, le nez ou la bouche. Le lavage des mains, en plus des précautions respiratoires, est donc important dans le contrôle de la COVID-19. Les procédures hospitalières qui génèrent des aérosols prédisposent à l'infection de ces deux affections et ne devraient être menées que dans les garanties recommandées.

Dans les circonstances actuelles, le déploiement rapide de mesures qui réduisent la nécessité des rencontres quotidiennes avec le personnel de santé devient plus critique. Il s'agit notamment des traitements antituberculeux recommandés par l'OMS, entièrement oraux, pour la tuberculose multirésistante et la tuberculose ultrarésistante ; le traitement préventif de la tuberculose avec des schémas thérapeutiques plus courts recommandés et l'augmentation des tests pour trouver davantage de cas de tuberculose "manquants" ou non diagnostiqués.
Pour en savoir plus : une expérience sera acquise dans l'utilisation efficace des technologies numériques pour les patients comme la déclaration des effets indésirables. Néanmoins, tout redéploiement de personnel concerné dans le traitement de la tuberculose et de la tuberculose résistante aux médicaments pour travailler sur la COVID-19 devrait envisager à long terme les conséquences que cela peut avoir sur le bien-être des patients atteints de tuberculose et sur les prévisions.

5. Toutes les personnes testées pour la tuberculose devraient-elles également être testées pour la COVID19 et vice-versa ?
Le dépistage simultané de la tuberculose et de la COVID-19 chez un même patient pourrait généralement être indiqué pour trois raisons principales, sous réserve du contexte spécifique du pays :
1. des caractéristiques cliniques communes aux deux maladies ; ou
2. l'exposition simultanée aux deux maladies ; ou
3. présence d'un facteur de risque de mauvais résultats pour l'une ou l'autre des maladies.

Même si la tuberculose et la COVID-19 impliquent toutes deux couramment les poumons et présentent des symptômes similaires comme la toux, la fièvre et les difficultés respiratoires, les caractéristiques cliniques diffèrent dans certains aspects. Alors que la fièvre et la toux de la COVID-19 ont une apparition rapide et une incubation d'environ une à deux semaines, les manifestations cliniques de la tuberculose se développent généralement sur une période beaucoup plus longue. La toux de la tuberculose est généralement accompagnée d'expectorations et même de sang, alors que dans le cas de la COVID-19 non avancée, il s'agit plus souvent d'une toux sèche. Lorsque l'essoufflement se produit dans le cadre de la COVID-19, il se développe tôt. Dans la tuberculose, cela se produit généralement à un stade beaucoup plus tardif ou comme une séquelle à long terme.
Les flambées de COVID-19 dans un même foyer ou dans un cadre collectif se manifestent généralement en une ou deux semaines, tandis que dans la tuberculose, la progression est rarement abrupte et peut ne se manifester qu'après plusieurs mois.

À mesure que la pandémie progressera, de plus en plus de personnes et de patients tuberculeux de tous âges auront été exposés au COVID-19 lorsqu'ils se présentent pour la première fois pour un diagnostic. Un résultat positif à l'infection par COVID19 n'exclut pas la possibilité d'une tuberculose concomitante, en particulier en cas de para mètres de charge de tuberculose élevée. Les personnels de santé doivent envisager la possibilité d'une tuberculose chez un patient avec COVID-19 si l'évolution de la maladie après les premières semaines le suggère, par exemple évolution vers une hémoptysie, une fièvre persistante, des sueurs nocturnes ou une perte de poids. Un des antécédents d'exposition à la tuberculose ou même un épisode passé de tuberculose chez le même patient ou dans la famille peut confirmer le diagnostic. La radiographie ou l'imagerie thoracique peut aider à différencier la tuberculose d'autres pathologies.

Un diagnostic précoce de la tuberculose et de la COVID-19 est important pour les personnes qui sont vulnérables à des résultats défavorables, y compris la mort. L'âge avancé et certaines des comorbidités comme le diabète sucré et la bronchopneumopathie chronique obstructive augmentent la probabilité d'une COVID-19 grave et la nécessité de soins intensifs avec ventilation mécanique. Ces facteurs de risque sont également des facteurs de mauvais pronostic de la tuberculose. Les patients qui présentent des lésions pulmonaires dues à des séquelles de tuberculose ou à des maladies pulmonaires obstructives peuvent souffrir de maladies plus graves si elles sont infectées par la  COVID-19. Il y a donc des arguments plus forts en faveur de tests simultanés pour les deux maladies chez ces personnes, même si le tableau clinique est atypique. La compréhension de la façon dont la COVID-19 a un impact sur l'évolution de la tuberculose chez les personnes présentant d'autres facteurs de risque - tels que la malnutrition, l'insuffisance rénale et la maladie du foie - est toujours en développement. Alors que le VIH non traité est un important facteur de risque de progression vers la tuberculose ou de mauvais résultats chez les patients tuberculeux, son influence sur le pronostic des patients atteints de COVID-19 n'est pas claire. Néanmoins, d'autres  précautions à prendre pour toutes les personnes atteintes d'un VIH avancé ou mal contrôlé sont recommandé par l'OMS. Des mises à jour seront publiées par l'OMS au fur et à mesure que les preuves s'accumuleront sur ces interactions.

Il est conseillé aux pays d'adopter des algorithmes de diagnostic conformes aux recommandations de normes de l'OMS pour les tests de dépistage de la tuberculose ou de la COVID-19 en fonction des caractéristiques cliniques et l'historique du patient et la charge locale de tuberculose. Les programmes doivent veiller à ce que les besoins en diagnostics des patients tuberculeux ne soient pas négligés lors de l'introduction du test COVID-19.

6. La tuberculose et le COVID-19 peuvent-ils être testés sur le même type d'échantillon ?
Les méthodes de diagnostic de la tuberculose et de la COVID-19 sont bien distinctes et les individus étant testés pour les deux maladies nécessitent des échantillons qui sont généralement différents.

Les crachats, ainsi que de nombreux autres échantillons biologiques, peuvent être utilisés pour diagnostiquer la tuberculose en utilisant des techniques de culture ou des techniques moléculaires.

Les tests pour COVID-19 sont effectués le plus souvent par des tests nasopharyngés ou oropharyngés en faisant un prélèvement ou un lavage chez les patients ambulatoires, mais cracher ou aspirer par voie endotrachéale ou le lavage bronchoalvéolaire peut être utilisé chez les patients souffrant d'une maladie respiratoire grave.

Les tests moléculaires sont la méthode actuellement recommandée pour l'identification de la COVID-19 infectieuse et, tout comme pour la tuberculose, les tests sérologiques ne sont pas recommandés pour le diagnostic de routine de COVID-19.

En quelques mois, la filière des diagnostics COVID-19 a connu un essor impressionnant (les tests disponibles dans le commerce ou en cours de développement sont compilés par FIND, un  des centres collaborateurs de l'OMS pour le diagnostic. Parmi ceux-ci, on trouve la cartouche SARS-Cov-2 Xpert® Xpress pour utilisation sur les machines GeneXpert. La FDA américaine utilise l'autorisation de la cartouche Xpert® Xpress SARS-CoV-2 délivrée en mars 2020 pour les écouvillons nasopharyngés et/ou les échantillons de lavage nasal/aspiration ; il n'a pas encore été évalué pour détecter le COVID-19 dans les crachats. L'OMS évalue actuellement cette cartouche ainsi que d'autres tests. Au 11 mai 2020, cinq tests étaient admissibles à la passation de marchés sur la liste d'utilisation d'urgence de l'OMS pour les produits de diagnostic in vitro du SRAS-CoV-2.

Les instructions sur la manière de se procurer les fournitures essentielles pour la réponse à la pandémie sont maintenant disponible via la plate-forme des partenaires COVID-19. Plus de détails sur l'utilisation de l'équipement existant pour le dépistage du SRAS-CoV-2 et le multiplexage potentiel est également disponible via la Facilité mondiale pour les médicaments du partenariat STOP TB.

Des ressources supplémentaires pour le déploiement du test COVID-19 devraient être mobilisées au cours de cette pandémie plutôt que de compter uniquement sur les ressources existantes qui sont utilisées pour la tuberculose, afin de garantir que la couverture du diagnostic de la tuberculose soit maintenue si nécessaire.

7. Le traitement de la tuberculose est-il différent chez les personnes qui ont à la fois la tuberculose et la COVID19 ?
Dans la plupart des cas, le traitement de la tuberculose n'est pas différent chez les personnes avec ou sans infection à la COVID-19. L'expérience en matière de gestion conjointe de l'infection par COVID-19 et de la tuberculose reste limitée. Cependant, la suspension du traitement de la tuberculose chez les patients sous COVID-19 devrait être exceptionnel. Le traitement préventif de la tuberculose, le traitement des personnes sensibles aux médicaments ou résistantes aux médicaments de la tuberculose doit se poursuivre sans interruption car il est important de préserver la santé du patient.

Les traitements efficaces pour prévenir la tuberculose et pour traiter la tuberculose active ont été étendus et sont utilisés dans le monde entier. Il est essentiel que les personnes qui ont besoin d'un traitement continuent à le prendre pendant la pandémie, même s'ils acquièrent le COVID-19, pour augmenter les chances de guérison et réduire la transmission et le développement de la résistance aux médicaments. Le risque de décès pour les patients atteints de tuberculose approchent les 50 % s'ils ne sont pas traités et peuvent être plus nombreux chez les personnes âgées ou dans les présence de comorbidité.

Le soutien au traitement préventif ininterrompu de la tuberculose et au traitement de la maladie tuberculeuse devrait être assuré parallèlement à la réponse COVID-19. Il est essentiel que les services de lutte contre la tuberculose ne soient pas perturbé lors de la réponse à COVID19.

Bien que des essais de traitement soient en cours, aucun médicament n'est actuellement recommandé pour la COVID-19 et, par conséquent, aucune mise en garde sur les interactions médicamenteuses n'est indiquée à présent. Il faut néanmoins demander aux patients tuberculeux sous traitement s'ils prennent tout médicament, y compris les remèdes traditionnels, qui pourrait interagir avec leurs médicaments (par exemple, risque de cardiotoxicité additive).

Il sera très important de recueillir des preuves au fur et à mesure du déroulement de cette pandémie, tout en maintenant les normes de conduite professionnelle et de confidentialité des patients dans le cadre de la gestion desdétails.

 

 

Création : 11 juin 2020

Mis à jour : 12 juin 2020

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ForliLab et WCG : OpenPandemics - COVID-19

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Écrit par : franky82

Catégorie parente: Actualités

Publication : 26 mai 2020

En collaboration avec IBM, nous (ForliLab) rejoignons le World Community Grid pour ancrer des millions de petites molécules à différentes protéines qui jouent un rôle dans le cycle de vie du SRAS-CoV2. Des molécules prometteuses seront testées expérimentalement par nos collaborateurs de Scripps et évolueront, espérons-le, pour devenir des antiviraux COVID-19.

Pour cela, nous allons cribler les liants conventionnels ainsi que les inhibiteurs covalents (c'est à dire irréversibles). En utilisant des réactions chimiques simples, de nombreuses molécules disponibles dans le commerce peuvent être modifiées pour porter un groupe réactif. Nous avons identifié des dizaines de millions de ces molécules dans la base de données ZINC. Maintenant, nous utilisons notre protocole Reactive Docking (voir encadré) pour trouver des molécules qui peuvent se fixer de manière covalente à la protéine. Les nouvelles molécules actives fourniront non seulement de nouveaux outils pour lutter contre l'infection, mais également des sondes moléculaires pour approfondir notre compréhension des nombreux aspects obscurs et encore inconnus de la biologie virale.

Grâce à l'infrastructure du World Community Grid et aux bénévoles qui font don de la puissance de calcul de leurs postes de travail, ordinateurs portables, téléphones portables et autres appareils, nous accosterons un très grand nombre de molécules, probablement le plus grand criblage covalent jamais réalisé.

Pour plus d'informations sur les laboratoires collaborateurs, les actualités, la FAQ et les statistiques, consultez la page OpenPandemics: COVID-19 Project (sur le site WCG) ou cette page du portail de L'Alliance Francophone.

 

La COVID-NineTeam (l'équipe COVID-19)

 

L'équipe est divisée en deux sous-équipes : l'équipe structure et l'équipe informatique.

L'équipe Structure organise et valide les structures protéiques cibles utilisées pour les amarrages. Ils analysent et préparent les structures à la recherche de poches de liaison potentielles ainsi que de résidus susceptibles d'être ciblés par les inhibiteurs covalents. Leur rôle est de garantir la qualité des structures cibles et de capter leur variabilité conformationnelle afin de garantir le succès des amarrages. L'équipe Structure travaille en collaboration avec Martina Maritan du Goodsell Lab pour construire des modèles à moyenne échelle du virus complet. Les images complètes du modèle viral ont été construites par Ludovic Autin.

L'équipe informatique est responsable de la préparation des ligands à ancrer, de la préparation de la structure des composés disponibles dans le commerce et de la réalisation des énumérations in silico qui génèrent de nouvelles bibliothèques de dérivés synthétiquement accessibles, élargissant ainsi l'échantillonnage de l'espace chimique. Ils gèrent également l'infrastructure matérielle et logicielle pour gérer les données d'entrée et de sortie, effectuer les étapes d'analyse automatisées des résultats et les stocker dans la base de données.

Pour plus de détails sur les personnes impliquées, consultez la page Membres du laboratoire.

Statistiques du projet OpenPandemics

 

- traduction de la page du site ForliLab : https://forlilab.org/openpandemics-covid-19/?linkId=89465168

 

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Recherche d'intérêts

L'objectif de nos recherches est d'utiliser des outils informatiques pour démêler et comprendre les règles physico-chimiques des processus biologiques.

Nous développons de nouvelles méthodes de calcul de pointe qui nous permettent de prédire et d'analyser les interactions de petites molécules organiques (synthétiques ou naturelles) avec des structures macromoléculaires biologiques telles que les protéines et l'ADN / ARN.

Nous appliquons ces outils en combinaison avec d'autres techniques de modélisation moléculaire pour étudier et interpréter la nature des événements biologiques d'un point de vue mécanistique et thermodynamique, et explorer rapidement l'espace chimique pour identifier les modulateurs moléculaires des cibles thérapeutiquement pertinentes. Nous avons un certain nombre de collaborations au sein de Scripps Research ainsi qu'avec des chercheurs d'autres institutions académiques et des industries pharmaceutiques.

 

Suite AutoDock

Nous développons des outils informatiques pour la conception de médicaments basés sur la structure, en particulier un logiciel d'ancrage moléculaire. AutoDock et AutoDock Vina sont des logiciels open-source et font partie de la suite la plus utilisée, précédemment développée dans le Molecular Graphics Lab, maintenant CCSB . Nous développons la prochaine génération de moteurs d'ancrage et les outils de dépistage virtuels, concevons des potentiels énergétiques améliorés, de meilleures estimations de l'énergie libre de liaison et de nouveaux protocoles pour la conception de médicaments.

L'objectif est de rendre l'ancrage plus précis et utile en le rendant plus rapide et plus significatif chimiquement. Nous améliorons la description des termes chimiques, physiques et thermodynamiques pour inclure les préférences de torsion des liaisons rotatives, une description plus précise des interactions non covalentes et, plus important encore, des effets de solvatation. Pour cela, nous nous tournons vers les champs de force modernes, les méthodes de structure électronique et les simulations de dynamique moléculaire. Dans le même temps, en conjonction avec le calcul GPU, nous explorons de nouveaux algorithmes de recherche pour naviguer dans le paysage énergétique.

 

Publications pertinentes

• Cartographie de l'anisotropie des liaisons hydrogène (JCTC, 2020)

• Amarrage computationnel protéine-ligand et criblage virtuel de médicaments avec la suite AutoDock (Nat.Protoc.2016)

• Un champ de force avec des eaux discrètes déplaçables et une entropie de désolvatation pour l'amarrage de ligands hydratés (JMedChem 2012)

• AutoDock4Zn: un champ de force AutoDock amélioré pour l'amarrage de petites molécules aux métalloprotéines de zinc (JChemInfMod 2014)

• AutoDock Bias: amélioration de la prédiction du mode de liaison et du criblage virtuel en utilisant les interactions connues protéine-ligand (Bioinformatics, 2019)

• Accélération d'AutoDock4 avec les GPU et la recherche locale basée sur les dégradés (2019)

• D3R Grand Challenge 4: prédiction de pose prospective des ligands BACE1 avec AutoDock-GPU (2019)

 

Les partenaires

Le développement de notre code est effectué en collaboration avec des partenaires de l'industrie du matériel et des logiciels.

 

 

 Ancrage à haut débit d'inhibiteur covalent

La modélisation des liants covalents n'est pas triviale, en particulier d'une manière à haut débit. Plusieurs méthodes covalentes sont maintenant disponibles, mais la majorité de ces approches sont efficaces lorsque l'information sur les structures cibles est connue (c'est-à-dire le site de liaison covalente).

Poussés par la nécessité de surmonter cette barrière, nous concevons la méthode Reactive Docking, une approche qui permet la prédiction prospective des sites de liaison covalente sur une protéine, à travers la simulation de l'événement de réaction entre le résidu covalent et l'ogive du ligand. De plus, Reactive Docking permet de modéliser différents résidus et différents types d'ogives.

Cette méthode a été appliquée avec succès à plusieurs cibles et elle convient au HTVS des modificateurs covalents pour la découverte de nouveaux sites de liaison covalente sur différentes protéines.

 

Publications pertinentes

• Découverte de ligands covalents à l'échelle du protéome dans des systèmes biologiques natifs (Nature, 2016)

• Stratégie de «découverte de médicaments inversés» pour identifier les protéines ciblées par les électrophiles latents, comme en témoignent les fluorosulfates d'aryle (JACS, 2018)

• Amarrage covalent à l'aide de l'autodock: méthodes d'attracteur à deux points et de chaîne latérale flexible (ProtSci 2018)

• Découverte agnostique activée par SuFEx d'inhibiteurs covalents de l'élastase des neutrophiles humains (PNAS 2019)

• Profilage global de la réactivité et de la ligandabilité de la lysine dans le protéome humain (NatChem 2017)

• Structure intégrative des rayons X et modélisation moléculaire pour la rationalisation de la puissance et de la sélectivité des inhibiteurs de la procaspase-8 (ACS ChemBio 2020)

• Cartographie accélérée du protéome ligandable à l'aide de paires de sondes énantiomères entièrement fonctionnalisées (NatChem 2019)

 

Cycle de vie du VIH-1

La recherche de médicaments pouvant interférer avec différentes étapes du cycle de vie du VIH-1 reste un sujet de grand intérêt, car les médicaments actuellement disponibles ne sont pas en mesure d'éradiquer l'infection. Nous ciblons la protéine Capside du VIH-1 en mettant en œuvre une stratégie basée sur l'ancrage conventionnel et réactif pour le criblage virtuel de petites molécules qui pourraient moduler l'assemblage viral. L'approche d'amarrage réactif est utilisée pour cribler de petites molécules avec une ogive SuFEx, qui pourraient se lier étroitement à la poche identifiée.

Le laboratoire Forli fait partie du HIV Interaction in Viral Evolution Center (HIVE).

Publications pertinentes

• Base structurelle pour la liaison de l'inhibiteur de transfert de brin aux intasomes du VIH (Science, 2020)

• Modélisation intégrative du complexe de ribonucléoprotéines VIH-1 (PLoS Comput.Bio.2019)

• Une nouvelle classe d'inhibiteurs de l'intégrase du VIH-1 allostérique identifiés par criblage de fragments cristallographiques du domaine du noyau catalytique (JBC 2016)

• Distinguer les liants des faux positifs par des calculs d'énergie gratuits: dépistage des fragments contre le site du volet de la protéase du VIH (J.Phys.Chem.B.2015)

• Prédiction aveugle de la liaison de l'intégrase du VIH à partir du défi SAMPL4 (JCAMD 2014)

• Découverte cristallisée de médicaments à base de fragments cristallins: utilisation d'une bibliothèque de fragments bromés ciblant la protéase du VIH (Chem.Biol.Drug Des, 2014)

• Modèles moléculaires 3D de virions VIH-1 entiers générés avec cellPACK (Faraday Discuss.2014)

• Une nouvelle interaction intersubunit critique pour l'assemblage de base du VIH-1 définit une poche de liaison d'inhibiteur potentiellement ciblable (mBio 2019)

 

Applications de modélisation moléculaire

Application de techniques de modélisation moléculaire, comme la dynamique moléculaire, les pharmacophores moléculaires et les criblages virtuels.

Publications pertinentes

• Base structurelle de la puissance et de l'efficacité modifiées affichées par un major in vivo du métabolite de la pioglitazone, un médicament PPARγ antidiabétique (J.Med.Chem 2019)

• Interaction humanisée du facteur GPIbα – von Willebrand chez la souris (Blood Adv.2018)

• L'acide anacardique produit naturel des noix de cajou stimule la production de pièges extracellulaires de neutrophiles et l'activité bactéricide (JBC, 2016)

• La Phosphorylation Directionnelle Et Le Transport Nucléaire Du Facteur D'épissage SRSF1 Est Régulé Par Un Motif De Reconnaissance D'ARN (JBC, 2016)

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- traduction de la page ForliLab :  https://forlilab.org/research/

 

 

Création : 26 mai 2020

Mis à jour : 26 mai 2020

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