7- Conclusion
Les technologies distribuées de pointe, tels que le cloud computing et le calcul bénévole, permettent de fournir aux scientifiques un moyen efficace et évolutif pour effectuer des simulations de calcul d’accueil coûteux à un rythme jamais vu auparavant. Dans cet article nous utilisons Docking @ Home, un projet de calcul bénévole, pour exécuter ce type de simulations. Plus précisément, D @ H utilise 30.000 ordinateurs volontaires pour simuler le comportement de petites molécules (appelées ligands) lors de l'ancrage à une protéine pour contrôler ses fonctions.
Soutenu par les capacités de D H @ nous avons cherché dans le grand espace des conformations protéine-ligand d'accueil pour trois protéines majeures et 56 ligands. Lorsque nous utilisons les méthodes basées uniquement sur l'énergie, dans 35% (pire scénario) et 55% (meilleur scénario) des cas nous avons pu identifier une conformation ligand quasi-native. Nous avons considérablement amélioré cette précision de pointage à l'aide de notre nouvelle méthode qui permet une analyse automatique des résultats d'amarrage protéine-ligand, même en présence de l'incertitude des données. Notre méthode est basée sur une classification probabiliste hiérarchique qui organise efficacement les données dans un nombre variable d'ensembles en fonction de leur géométrie. Chaque jeu a une solution unique ainsi, les conclusions scientifiques peuvent être atteintes dans un délai court, en analysant seulement un nombre réduit de solutions. En utilisant notre procédé et un ligand généré de façon aléatoire comme notre conformation de départ, nous avons pu identifier les conformations ligands quasi-native dans 75% (pire) et 89% (meilleur scénario) des cas. En commençant d'une conformation impartiale comme un ligand dont la conformation est > 5°A de la structure correcte de cristal, notre méthode surpasse toujours la sélection à base d'énergie : nous avons identifié des conformations ligand quasi-native dans 98% des cas pour les trois protéines considérée, alors que la méthode basée sur l'énergie trouve une telle conformation que dans 55% des cas pour le même ensemble de données.