WCG : Help Stop TB - Mise à jour d'août

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Écrit par : franky82

Catégorie parente: Actualités

Publication : 25 août 2020

Récapitulatif

Les chercheurs de Help Stop TB ont récemment accueilli un nouveau membre de l'équipe et continuent de rechercher des étudiants supplémentaires pour aider au projet.

 

La vidéo ci-dessus illustre l'écran de veille du projet Help Stop TB.

 

 Contexte

Le projet Help Stop TB a été créé pour étudier la gaine de la bactérie responsable de la tuberculose, afin d'aider les scientifiques à rechercher de meilleurs traitements.

En 2018, environ 10 millions de personnes ont contracté la tuberculose et 1,5 million de personnes sont décédées. Et dans une publication récente, l'Organisation mondiale de la santé a  déclaré : «Entre 2020 et 2025, 1,4 million de décès supplémentaires par tuberculose pourraient être enregistrés comme conséquence directe de la pandémie de COVID-19».

 

Recherche de nouveaux membres de l'équipe

L'équipe de recherche a accueilli un nouveau membre plus tôt cette année, que vous pouvez rencontrer dans la dernière mise à jour de projet. Ils continuent à chercher des étudiants supplémentaires pour aider le projet. Le processus de recherche peut prendre des mois dans des circonstances normales, et ces dernières années, les candidatures des doctorants à leur université ont diminué d'environ 75%. Récemment, le processus de recherche a été encore entravé par la pandémie mondiale en cours.

 

Formatage des données

Les chercheurs commencent à réfléchir à la manière de partager leurs données, conformément à la politique de données ouvertes de World Community Grid. Ils disposent d'un stockage adéquat pour les données dont ils disposent déjà - et suffisamment pour les données supplémentaires qu'ils s'attendent à recevoir - mais ils souhaitent concevoir une meilleure interface utilisateur que celle dont ils disposent actuellement, afin que les données soient plus accessibles et utiles pour d'autres scientifiques.

 

État actuel des unités de travail

 - En cours: 44 lots (1085 unités de travail)
 - Terminé: 23541 lots (75 lots au cours des 30 derniers jours avec une moyenne de 2,5 lots par jour)

Remarque :  pour ce projet particulier, les chercheurs doivent souvent analyser les lots que nous leur renvoyons avant de pouvoir construire d'autres unités de travail. Cela peut parfois conduire à une alimentation intermittente des unités de travail.

 

19 août 2020

 

traduit du site de WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=637&messageId=175292.1002.1598364333918

 

 

Création : 25 août 2020

Mis à jour : 25 août 2020

Affichages : 964

Nokia : Combattre la COVID-19 en utilisant la capacité de calcul de la R&D 5G

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Écrit par : franky82

Catégorie parente: Actualités

Publication : 14 août 2020

Trouver des traitements contre la COVID-19 est un travail difficile et complexe qui prendrait normalement des années. Alors que les infections continuent de monter en flèche dans le monde, la course à la recherche devient de plus en plus urgente. Le temps n'est pas du côté des scientifiques.

Une façon d'accélérer la recherche consiste à exécuter des simulations informatiques d'expériences pour prédire dans quelle mesure les composés chimiques inhibent la COVID-19. Plus les scientifiques disposent de puissance de calcul, plus les simulations peuvent être exécutées, ce qui augmente les chances de trouver rapidement un traitement.

Une initiative mettant à la disposition des chercheurs une vaste capacité de calcul est le World Community Grid . Des volontaires du monde entier rejoignent le Grid pour donner de la capacité de réserve sur leurs appareils afin d'exécuter des calculs de recherche. Après avoir installé un logiciel sécurisé, l'utilisateur continue simplement comme d'habitude, à taper des courriels et des documents ou à naviguer sur Internet. Lorsque l'ordinateur n'est pas à pleine capacité ou est inactif, il exécute automatiquement une simulation en arrière-plan. Une fois terminé, l'ordinateur renvoie les résultats et demande la simulation suivante. Tout se passe discrètement sans interrompre les utilisateurs.

Le Grid combine les résultats de millions d'appareils et les envoie aux équipes de recherche pour analyse. Les scientifiques obtiennent des résultats en quelques mois au lieu de décennies en identifiant les domaines les plus importants à étudier en laboratoire.

 

NESC - l'un des plus grands clouds OpenStack au monde, se joint à l'effort

Le World Community Grid est un moyen simple et efficace d'aider les chercheurs en santé et un moyen que Nokia Enterprise and Services Cloud (NESC) soutient en apportant sa puissance de calcul supplémentaire. Les machines virtuelles utilisées pour le développement de logiciels 5G sont désormais également utilisées dans la lutte contre la COVID-19.

NESC est l'un des plus grands clouds basés sur OpenStack au monde avec 484 000 cœurs de capacité de calcul et 40 Po (pétaoctets) de stockage. Il est distribué dans le monde entier sur trois continents dans six centres de données de niveau 3 et est utilisé par Nokia pour héberger des charges de travail de recherche et développement critiques, et commencera bientôt à alimenter le parcours de transformation numérique des entreprises. Certifié ISO 27001, le NESC a déjà consacré environ 100 ans de temps de calcul à la recherche sur le COVID-19, le plaçant parmi les principaux contributeurs en cette période de besoin.

Espérons que le World Community Grid aidera à trouver un traitement efficace contre la COVID-19, mais son travail ne s'arrêtera pas là. Les scientifiques veulent être préparés à la prochaine urgence. Les futures pandémies pourraient provenir de mutations conduisant à une nouvelle variante du virus. Pour être prêts, les chercheurs ont besoin d'un accès rapide à des outils qui peuvent être déployés dès qu'une maladie menace. Le Grid peut aider à évaluer la difficulté de concevoir des molécules pour surmonter ces mutations inévitables.

Nokia est fier de soutenir le Grid dans la recherche de pointe sur les questions humanitaires telles que la COVID, la prévision des précipitations, le cancer infantile, le sida, etc. Aider à résoudre les plus grands problèmes mondiaux de santé et de développement durable est une cause proche des valeurs de Nokia.

Partagez vos réflexions sur ce sujet en rejoignant la discussion Twitter avec @nokia ou @nokianetworks en utilisant # 5G #cloud #CES #core

 

par Ashish Nainwal
5 août 2020

 

A propos d'Ashish Nainwal
À la tête du marketing Global Service Delivery, Ashish est enthousiasmé par la façon dont la numérisation, l'automatisation robotique et l'intelligence artificielle transforment la prestation de services chez Nokia.
Fort de plus de deux décennies de savoir-faire en matière de télécommunications, il aime également garder le doigt sur le pouls de l'innovation et des tendances technologiques.
Et son autre passion qui améliore la vie est la musique.
Il tweete souvent via : @NainwalAshish

 

 

traduction de l'article de Nokia : https://www.nokia.com/blog/fighting-covid-19-using-5g-rd-computing-capacity/

 

Création : 14 août 2020

Mis à jour : 14 août 2020

Affichages : 1147

WCG : OpenPandemics - COVID-19 : Mise à jour d'août

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Écrit par : franky82

Catégorie parente: Actualités

Publication : 13 août 2020

Récapitulatif

OpenPandemics - COVID-19 lancé en mai, et les travaux ne font que commencer. Apprenez-en davantage sur les progrès des scientifiques jusqu'à présent, ainsi que sur les collaborations qui aideront à faire avancer la recherche dans les semaines et les mois à venir.

L'équipe de recherche OpenPandemics
En haut : Stefano Forli, Paolo Governa, Andreas Tillack, Jérôme  Eberhardt
Au milieu : Giulia Bianco, Batuujin Burendei, Diogo Santos-Martins, Martina Maritan
En bas : Matthew Holcomb, Christina Garza
Cliquez ici pour en savoir plus sur l'équipe.

 

Contexte

OpenPandemics - COVID-19 a été créé pour aider à accélérer la recherche de traitements COVID-19.
Vous pouvez en savoir plus sur les détails des travaux sur le site Web de l'équipe de recherche.

L'analyse des données
Depuis le lancement d'OpenPandemics - COVID-19 en mai, le projet a examiné des millions de composés chimiques qui pourraient être des traitements potentiels pour la maladie. Le dépistage est toujours en cours, mais l'équipe de recherche a analysé les résultats obtenus jusqu'à présent (45,7 millions de pistes et 2,3 milliards de questions posées) et a réduit le groupe initial à environ 1500 composés (0,00003% du total des ligands amarrés ! ) qui ont été sélectionnées pour leurs interactions avec les protéines cibles et qui justifient une analyse plus approfondie.

À partir du groupe actuel de 1 500 composés, les chercheurs effectueront une analyse manuelle pour identifier environ 100 des plus prometteurs, qui seront ensuite transmis à leurs collaborateurs pour des tests en laboratoire supplémentaires.
(Vous pouvez voir une liste de collaborateurs vers le bas de la page Participants à la recherche.)

Pendant que ces tests se poursuivent, ils continueront d'analyser les données qu'ils reçoivent de notre part et continueront à nous envoyer de nouveaux travaux.


Collaborations additionnelles
Le chercheur principal est en contact avec l'équipe de scientifiques européens du Coronavirus Structural Taskforce pour aider à améliorer la qualité des résultats de toutes les recherches fondamentales sur le SRAS-CoV-2. L'équipe recueille et conserve les données structurelles des protéines disponibles sur les virus SARS-CoV et SARS-CoV2 qui sont constamment produites par des chercheurs du monde entier. Ils affinent les données publiées et effectuent des validations statistiques et des diagnostics sur les structures pour corriger les erreurs ou fluctuations expérimentales.


Attribution des subventions
Le laboratoire Forli a récemment reçu un prix du jeune chercheur de la Fondation Baxter pour l'identification de nouveaux composés chimiques en tant que candidats prometteurs pour le développement de médicaments.


Version GPU
L'équipe de développement de World Community Grid commence à créer des unités de travail pour les premiers tests alpha. Leur problème actuel est de créer des unités de travail qui peuvent fonctionner à la fois sur le CPU et le GPU, plutôt que de devoir créer deux versions différentes, ce qui ajouterait de la complexité au projet. La prochaine étape au sein d'IBM sera une revue de sécurité de la nouvelle version. Les travaux sont en cours et il n'y a actuellement aucune estimation de la date à laquelle ils seront terminés.


Publications potentielles
Les chercheurs travaillent sur plusieurs articles. L'un des articles concerne l'histoire d'AutoDock (le logiciel qui exécute OpenPandemics, qui a été créé par Scripps Research). Si l'article est accepté, il sera publié au début de 2021.

Ils ont également soumis un article décrivant le développement et l'application de protocoles pour l'étude des inhibiteurs covalents (y compris le protocole d'amarrage réactif utilisé dans l'OpenPandemics).

Un autre article a été soumis décrivant leur travail de collaboration avec l'équipe du Oak Ridge National Laboratory et NVIDIA pour exécuter des simulations afin d'identifier de nouvelles molécules contre le virus SARS-CoV2.


État actuel des unités de travail

• Disponible pour téléchargement: 4882 lots
• En cours: 2 052 lots (16 101 394 unités de travail)
• Terminé: 5459 lots (2587 lots au cours des 30 derniers jours, soit une moyenne de 86 lots par jour)
• Reste-à-faire estimé: 56 jours 

 

 Cliquez ici pour en savoir plus sur les mises à jour mensuelles des projets de World Community Grid.

 

13 août 2020

 

traduit de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=635&linkId=97049398

 

Création : 13 août 2020

Mis à jour : 13 août 2020

Affichages : 972

WCG - Mise à jour d'août : Africa Rainfall Project

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Écrit par : franky82

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Publication : 10 août 2020

Récapitulatif

L'équipe du World Community Grid a eu une rapide réunion mensuelle avec les chercheurs du projet Africa Rainfall, dont vous pouvez lire le compte-rendu dans cet article.

 

Contexte du projet

95% de l'agriculture en Afrique dépend des précipitations. L'Africa Rainfall Project utilise une puissance de calcul massive, des données de The Weather Company et d'autres données pour fournir des prévisions de précipitations plus précises, ce qui aidera les agriculteurs à mieux cultiver.

 

Recherche d'un membre supplémentaire de l'équipe

Les chercheurs recherchent un membre supplémentaire de l'équipe pour aider au post-traitement des données. La recherche d'une personne qualifiée prendra probablement quelques mois.

 

Prochaines conférences

L'équipe de recherche a soumis un résumé pour faire une présentation à la conférence America Geophysical Union, qui doit avoir lieu en décembre. En raison de la pandémie en cours, la conférence sera virtuelle, cette année.

 

État actuel des unités de travail

Nous envoyons actuellement les générations 18 et 19.
(Une génération est un ensemble de travaux - dans ce cas, un ensemble de simulations informatiques de précipitations en Afrique subsaharienne.)
L'équipe technique de World Community Grid augmente le taux quand nous envoyons du travail.
Nous publierons à propos de cette augmentation dans le forum African Rainfall Project dès sa mise en œuvre.

 

Cliquez ici pour en savoir plus sur les mises à jour mensuelles des projets de World Community Grid.

 

10 août 2020

 

traduction de l'article World Community Grid : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=633&linkId=96668123

 

Création : 10 août 2020

Mis à jour : 10 août 2020

Affichages : 763

Dans les coulisses des projets actifs de World Community Grid

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Écrit par : franky82

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Publication : 27 juillet 2020

Récapitulatif

Vous souhaitez en savoir plus sur nos appels mensuels avec les chercheurs pour chaque projet World Community Grid actif? Vous pouvez obtenir des mises à jour sur notre site Web, dans notre forum et par e-mail.

Création : 27 juillet 2020

Mis à jour : 27 juillet 2020

Affichages : 970

Lire la suite : Dans les coulisses des projets actifs de World Community Grid

Deux articles récents ont publié des résultats de GPUGRID

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Écrit par : franky82

Catégorie parente: Actualités

Publication : 25 juillet 2020

Deux articles récents ont publié des résultats de GPUGRID :

 

PlayMolecule CrypticScout :
Prédire les sites cryptiques de protéines à l'aide de la simulation moléculaire à solvant mixte

Gerard Martinez-Rosell, Silvia Lovera, Zara A. Sands, and Gianni De Fabritiis
Journal of Chemical Information and Modeling 2020 60 (4), 2314-2324 DOI: 10.1021 /acs.jcim.9b01209

Dans cet article (et le système live correspondant), les calculs de GPUGRID sont utilisés pour alimenter une recherche de poches insaisissables (transitoires) qui peuvent devenir des cibles de médicaments.

Merci pour les contributions !

Les poches cryptiques sont des cavités protéiques qui restent cachées dans les structures apo résolues et nécessitent généralement la présence d'un ligand co-cristallisé pour devenir visible. La découverte de nouvelles poches cryptiques est cruciale pour la découverte de médicaments basés sur la structure afin d'identifier de nouvelles façons de moduler l'activité des protéines et d'élargir ainsi l'espace médicamenteux. Nous présentons ici une nouvelle méthode et une application Web associée exploitant des simulations de dynamique moléculaire à solvant mixte (MD) utilisant le benzène comme sonde hydrophobe pour détecter les poches cryptiques. Notre flux de travail basé sur MD tout atome a été systématiquement testé sur 18 systèmes différents et 5 kinases supplémentaires et représente la plus grande étude de validation de ce type. CrypticScout identifie les points chauds de liaison de sonde de benzène sur une surface de protéine en cartographiant l'occupation de la sonde, le temps de séjour et l'occupation de benzène repesé par le temps de séjour.

 

 

GPCRmd dévoile la dynamique du 3D-GPCRome

Rodríguez-Espigares, I., Torrens-Fontanals, M., Tiemann, JKS et al.
Méthodes Nat (2020). 10.1038 / s41592-020-0884-y

Ici, vos calculs ont été utilisés pour construire une base de données de configurations pour la plupart des types et sous-types de protéines de classe GPCR. Les GPCR sont des récepteurs «à tout faire» - il existe de nombreux sous-types, chacun avec des activateurs et des inhibiteurs. La base de données GPCRmd fournit pour la première fois une couverture *systématique* de leur dynamique.

 Les récepteurs couplés aux protéines G (GPCR) sont impliqués dans de nombreux processus physiologiques et sont les cibles les plus fréquentes des médicaments approuvés. L'explosion du nombre de nouvelles structures moléculaires tridimensionnelles (3D) des GPCR (3D-GPCRome) au cours de la dernière décennie a considérablement fait progresser la compréhension mécaniste et les opportunités de conception de médicaments pour cette famille de protéines. Les simulations de dynamique moléculaire (MD) sont devenues une technique largement établie pour explorer le paysage conformationnel des protéines au niveau atomique. Cependant, l'analyse et la visualisation des simulations MD nécessitent des ressources de stockage efficaces et des logiciels spécialisés. Nous présentons ici GPCRmd (http://gpcrmd.org/), une plate-forme en ligne qui intègre des capacités de visualisation Web ainsi qu'une boîte à outils d'analyse complète et conviviale qui permet aux scientifiques de différentes disciplines de visualiser, analyser et partager les données GPCR MD. GPCRmd est le fruit d'un effort mené par la communauté pour créer une base de données ouverte, interactive et standardisée de simulations GPCR MD.

 

La ressource en ligne pour les simulations GPCR
GPCRmd est une plate-forme en ligne avec des capacités de visualisation Web et une boîte à outils d'analyse complète qui permet aux scientifiques de n'importe quelle discipline de visualiser, d'inspecter et d'analyser la dynamique moléculaire du GPCR. Il s'agit d'une initiative communautaire dont le but final est d'accélérer la recherche fondamentale et au-delà de la découverte de thérapies plus efficaces et plus sûres.

 

traduit depuis le forum GPUGrid :
- https://www.gpugrid.net/forum_thread.php?id=5148&nowrap=true#55110
- https://www.gpugrid.net/forum_thread.php?id=5149&nowrap=true#55111

 

 

 

Création : 25 juillet 2020

Mis à jour : 25 juillet 2020

Affichages : 998